Diamond晶体软件问题集锦

小木虫Diamond软件问题集锦小木虫Diamond软件问题集锦晶体版版主yanhualover2010年6月13日第1页共13页小木虫Diamond软件问题集锦1.Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？答:在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi.答:呵呵，发现在tools下拉菜单的option里.2.Diamond椭球图阴影画图如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版本.答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的，具体如下：picture-------atomsdesign-------styleandcolors-------style中选择octant即可。3.怎样建立氢键我这儿有一个cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。第2页共13页小木虫Diamond软件问题集锦答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。4.怎样建立单个分子diamond一打开cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是用以前的3.0，经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M,选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键delete,就ok了。如果分子连成片，就删吧。对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。答：diamond打开cif时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。5.请教diamond画C60遇到的问题（1）我这个C60在画多面体的时候，中间inset的atom的半径在每个面上都要自己一个一个去设定radium，有没有同类原子半径一起设置的？里面没有找到。（2）当我把中间的dummy原子（就是为了画多面体的时候新加入的）的半径设为0后，如果想改C60的每个面的颜色的画，这个怎么改的？（3）最后问一下，我保存的图片中背景的diamonddemonstrator如何去掉。另献上我第一幅diamond图，如下。答：1.可以在atom设置里找到假原子直接设置2.以假原子为中心画多面体3.你用的应该是未破解版本。6.diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。找到了这个文件，感谢原作者Crystalsnet，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了！答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别insertatoms,再连接心连接，insertbond,在按你的意思editthebond。7.如何去掉M-C,M-H连接打开一个晶体数据后，在connectivity中把M-C,M-H去掉后。再点completefragments第3页共13页小木虫Diamond软件问题集锦后，这些M-C,M-H又连上了，求助高手。答：点下connectnow再确定试试。8.diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价，然后使半径比例随之改变？？默认设置好像都是原子半径。答：问题解决了，在atomicparameter里面。9.diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了，是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度（配位环境没画完）原子就长不出来了，不知是怎么回事？请高手指点，谢谢！答：试试在“Typeofsphere”中把Rmax值设大一些。答：或者试试用小太阳符号“Fillcoordinationdirectly。10.修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为2了，也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元，在哪改回去吖？答：菜单栏的picture--guidance--picturecreationassistant--destroyallatoms,bonds项选勾，下一步--在fillcellrangewith项里选择需要的单胞数，按完成。OK！每次用diamond打开cif文件时，在引导项中注意选择单胞数，就可以控制显示的单胞数了。11.在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢?答：我这么做也不管用，后来就在读入cif之后先不生成图，先在connectivity里设定要的健长范围就可以了。答：那是没有设上，该了之后要再点一下需设原子才行。答：管用的，应该是你操作有问题。12.怎么取消透视图我用的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图，怎么取消啊？答：应该是用RepresentationSettings。答：用centralprojection命令！13.绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画？通过原子建立平面时，所得的矩形太大，不知道如何调整到所要的大小。答：好像Diamond里没法加这样的矩形框，这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的，或者不是用Diamond绘制的，比如，可以在Word里加矩形框，然后设置透明度或许可以。答：在Diamond里加平面是很大，因为平面是无限延伸的，像这种有限的平面实际是些多面体，通过共面的点建立的，像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况，就是这么做出来的，你可以尝试一下。答：不错，用加多面体的方法，借助哑原子可以做的。第4页共13页小木虫Diamond软件问题集锦14.Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的MS或Diamond做晶体的结构图，主要想参照一下颜色搭配！答：在polyhedradesigns和atomdesigns里面改成你想要的颜色就行了呀。第5页共13页小木虫Diamond软件问题集锦15.如何去掉Diamond中画的图Diamond背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样，如何去掉呀？答：你用的那个版本没有破解。16.溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图，可是溶剂水没加氢，用diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢键显示不出来，求助高手我应该怎么办啊?答：先加上氢了，或者你把所有的氢都删掉，直接把O-O之间用虚线连起来就可以了。答：不加H直接连接O。。。O键容易被审稿人质疑的。最好还是想办法加加H。答：给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的，然后再去固定住一般就可以的。答：我都是参照文献的氢键数值，直接在Diamond里设定D...A距离然后连接。实在想做的完美，可以在解析结构时，使用enviX2,找出原子X周围较为合理的H，然后将其固定，后者先在Diamond里找出形成氢键D...A的原子对，然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy，并将Dummy定义为H，然后对H进行固定，这样可能就合适了。答：具体的情况很复杂，加H的技巧很多，实在一言难尽。17.diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊？有机配体要怎么删除啊？答：啥样的堆积图？把原子半径改大一点不行吗？答：估计是你填充单胞不够。18.原子坐标图中的错误是怎么回事？怎样避免？谢谢。答：你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了，不能移开一点再贴上来吗？只能帮你猜谜了，估计是原子坐标没给，因为其它地方不会提示这个错误的。答：他好像不是从文件读入的结构信息，而是自己手动输入的，一般绘图软件都可以手动输入的。19.如想构造多面体请问如想构造多面体，中心原子有两个如CeVO4，中心原子为Ce和V以配位原子为第6页共13页小木虫Diamond软件问题集锦O来构造两套多面体用什么办法？答：先选中中心原子，然后在object里选polyhedra，然后选ligand做边,如此重复两次就能得到两个多面体。答：一般XP都是画配位环境图，基本上所有的图都能用Diamond做。答：CeVO4多面体骨架图：20.怎样美化diamond图实在没办法，自己对照着说明第一次画图，是LiYF4晶体。白钨矿型四方晶系，空间点群C64h-I41/a，晶胞参数a=5.167，c=10.794我自己画得不知道是什么，求哪位帮帮忙啊。第7页共13页小木虫Diamond软件问题集锦答：原子比例不太合适，原子小些棍粗些会比较美观；还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改大点，不然这样的图放到文章上字会看不清楚。画拓扑重在选择节点，看你选择什么作为结构单元，如果是选某种原子那很方便，在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长；如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心，那就需要在shelx程序中添加原子（cent/x命令），然后再在diamond中改变默认键长。首先自己要了解清楚你的结构，然后选择合适的节点，有的时候从不同角度理解结构，可能会选择不同的节点。答：画拓扑的话，做好用一下olex，可以自动简化节点。21.diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图，保存图片选择tif格式直接保存后，像素很低，感觉不清楚。diamond里可以设置，像素，分辨率，再保存吗？答：当然可以。在layout里设置一下，600最好。答：一般300就可以了。答：“当然可以。在layout里设置一下，600最好。”这个好象是对bmp起作用。22.关于diamond中氢键粗线设置问题如题，在diamond中，由build-createh-bond产生的氢键为较细的虚线，如何把氢键设置得粗一点我试了一下，如果在picture-bonddesign设置粗细，则氢键也会变成实线，与其他的化学键分不开。麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式？答：首先进入edit,选editbonds,然后选中你要设置的氢键类型，比如ＮＯ键，选中ｄｅｓｉｇｎ，通过调节ｒａｄｉｕｓ可以调节键的粗细，然后在ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ里输入大于１的数字线就成虚线了，我一般选４，你可以自己调节。答：你可以全选键然后加粗，点应用、不点确定。23.控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图，把CIF文件导入后，用grow命令的话，晶体的层状结构会一下长很多层，用什么命令才能实现我让它长两层就长两层？我想让它长三层就长三层？答：用对称操作一个一个加，对称操作码在platon里面。答;structure/fill/cellrange里面可以控制大小。24.使用diamond生成氢键在使用diamond画图时，craeteH-bonds总是不成功，没有氢键产生；实际上存在氢键，有哪位虫友也遇到过类似问题，帮小弟一把！答：你设置供体和受体之间的距离了吗？先设置好氢键的距离。答：必须有氢，否则无法craeteH-bonds。25.Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子？（除了destroy的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外）就像xp里面的uniq命令那样，谢谢。答：右键有一个“selectmolecule”。26.如何用diamond画C-H……pai和pai……pai堆积如何用diamond画C-H……pai和pai……pai堆积，请多指教。答：用假原子，可