搜索
华中科技大学硕士学位论文神经系统相关生物信息二级数据库的构建姓名：王攀申请学位级别：硕士专业：生物医学工程指导教师：赵元弟20040508神经系统相关生物信息二级数据库的构建作者：王攀学位授予单位：华中科技大学参考文献(53条)1.参考文献2.ESLander.LMLinton.BBirrenInitialsequencingandanalysisofthehumangenome20013.CVenter.MDAdams.EWMyersThesequenceofthehumangenome2001(5507)4.ATChinwalla.LLCook.KDDelehauntyInitialsequencingandcomparativeanalysisofthemousegenome5.EMarshallRatGenomeSpursanUnusualPartnership2001(5510)6.JYu.SHu.JWangADraftsequenceoftheRiceGenome(OryzesativeL.sepindica)2002(5565)7.MYanagidaFunctionalproteomics:currentachievements20028.TYaoBioinformaticsforthegenomicsciencesandtowardssystemsbiology.Japaneseactivitiesinthepost-genomeera20029.DABenson.IKarsch-Mizrachi.DJLipmanGenBank200310.TKulikova.PAldebert.NAlthorpeTheEMBLNucleotideSequenceDatabase200411.MiyazakiHSugawara.TGojoboriDNADataBankofJapan(DDBJ)inXML2003(01)12.BBoeckmann.ABairoch.RApweilerTheSWISS-PROTproteinknowledgebaseanditssupplementTrEMBLin20032003(01)13.JWestbrook.ZFeng.LChenTheProteinDataBankandstructuralgenomics2003(01)14.WGilbertTowardsaparadigmshiftinbiology199115.SILetovsky.RWCottingham.CJPorterGDB:theHumanGenomeDatabase1998(02)16.DSRoosComputationalbiology.Bioinformatics--tryingtoswiminaseaofdata2001(5507)17.NDRawlings.EO'Brien.AJBarrettMEROPS:theproteasedatabase2002(01)18.IXenarios.LSalwinski.XJDuanDIP,theDatabaseofInteractingProteins:aresearchtoolforstudyingcellularnetworksofproteininteractions2002(01)19.NLNovère.JChangeuxLGICdb:theligand-gatedionchanneldatabase2001(01)20.ΦEdvardsen.ALReiersen.MWBeukerstGRAP,theG-proteincoupledreceptorsmutantdatabase2002(01)21.SGoto.YOkuno.MHattoriLIGAND:databaseofchemicalcompoundsandreactionsinbiologicalpathways2002(01)22.王建民.罗静初.李毅.曲红.吴光耀.顾孝诚水稻矮缩病毒基因组数据库的构建[期刊论文]-微生物学报2001(1)23.裴剑锋.雷静.彭涛.周家驹基于XML的海洋天然产物数据库[期刊论文]-计算机与应用化学2001(4)24.郑广勇.严明.周利.赵国屏.李亦学蛋白质组图谱数据库的建立[期刊论文]-生物化学与生物物理学报2002(2)25.钟伯雄五龄家蚕若干组织器官蛋白质数据库构建[期刊论文]-遗传学报2001(3)26.王尧.杜子威神经生物化学与分子生物学199727.SGNGrant.WPBlackstockProteomicsinNeuroscience:FromProteintoNetwork2001(21)28.HHusi.SGNGrantProteomicsofthenervoussystem2001(05)29.IBLevitan.LKKaczmarek.舒斯云.包新民TheNeuronCellandMolecularBiology200130.左明雪细胞和分子生物学200031.JHeaton.童兆丰.李纯.刘润杰ProgrammingSpiders,Bots,andAggregatorsinJava200232.Dpallmann.希望图书创作室ProgrammingBots,Spiders,andIntelligentAgentinMicrosoftVisualC++199933.许鑫.吕琦基于Web的自动获取信息研究[期刊论文]-计算机工程与应用2003(12)34.尚彤.张其鹏.张丹.刘贝.谭耀麟蛋白质、核酸序列信息的获取、管理和发布[期刊论文]-北京大学学报(医学版)2002(1)35.LSteinCreatingabioinformaticsnation200236.MBrett.孙兆林.汪东.王鹏JAVATMandXML200137.W3CXML1.0specification38.MJasnowski.盖江南.王勇Java,XML,andWebServicesBible200239.查看详情40.EMBurke.高伟.英宇JAVAandXSLT200341.JavaAPIforXMLProcessing42.查看详情43.王尧神经系统特异蛋白质1988(03)44.潘天虹.周孝达钙结合蛋白及其神经保护作用[期刊论文]-中风与神经疾病杂志1999(3)45.胡晓燕.周严.袁建刚.强伯勤神经细胞粘附分子的研究进展[期刊论文]-生命科学2001(5)46.王尧神经髓鞘蛋白的分子生物学1989(06)47.SBlackshaw.RLiveseyApplyinggenomicstechnologiestoneuraldevelopment200248.BSchwikowski.PUetz.SFieldsAnetworkofprotein-proteininteractionsinyeast200049.ZLuo.DHGeschwindREVIEWMicroarryApplicationsinNeuroscience200150.萨师煊.王珊数据库体统概论200051.JavaServletandJavaServerPages(JSP)Technologies200352.RCGeer.EWSayersEntrez:makinguseofitspower2003(02)53.TEtzold.AUlyanov.PArgosSRS:informationretrievalsystemformolecularbiologydatabanks1996相似文献(10条)1.学位论文赵炤人钙周期素结合蛋白基因的克隆和初步功能研究;神经系统发育及疾病相关基因数据库的构建2001该文通过对人的钙周期素结合蛋白基因全长cDNA的克隆、原核表达、蛋白纯化和初步功能分析,为进一步研究其在细胞周期中的调控和与钙周期素之间的相互作用提供了有益的线索.该文叙述了如何利用生物信息学方法收集并整理神经系统发育及相关疾病基因相关数据,建立一套完整的数据搜索及提交系统.2.学位论文于芳RNA结合蛋白QKI-5对FoxO1的转录后调控在维甲酸抑制乳腺癌细胞增殖中的功能研究及新基因Apr3参与维甲酸诱导细胞周期阻滞的功能研究2007QKI是一类RNA结合蛋白，在神经系统中表达含量很高，基因部分缺失小鼠由于神经髓鞘发育障碍，在出生后10天出现严重的震颤表型。尽管关于QKI的研究主要集中于在神经系统领域，但是在神经系统以外的器官，如心，肺，睾丸，也有广泛表达。在神经系统中的研究发现，QKI-6,7主要在细胞浆负责目的RNAs的运输及参与稳定性的调控。QKI-5可与目的转录本结合将其滞留在细胞核，但是关于其更多的功能研究却未见报道。除了在神经系统中对于髓鞘的形成发挥重要功能以外，QKI蛋白在血管发育，凋亡，细胞黏附，细胞生长及形态形成和器官发生等方面具有举足轻重的功能。根据RNA结合蛋白QKI-5对目的基因3’UTR的结合具有特异性以及到目前为止经实验验证的结合位点，我们在通过生物信息学预测的1430个靶基因中选择FoxO1作为我们的研究对象。主要基于以下几方面的原因。一、对转录因子FoxO1的功能研究发现，FoxO1主要参与细胞的新陈代谢、氧化应激、细胞周期调控、凋亡、衰老以及血管发育等生命过程，与QKI的功能存在某种程度的交叉。如在QKI-5以及FoxO1基因分别敲除的小鼠中，都观察到由于血管发育障碍导致的胚胎致死表型，进一步研究发现这两种敲除小鼠中都存在维甲酸通路功能障碍。二、对FoxO1的mRNA的3’UTR进行了生物信息学分析，发现在其3’UTR存在三个十分保守的QKI-5结合位点。同时软件预测发现FoxO1的3’UTR在物种间高度保守，且二级结构复杂度非常高，暗示它的3’UTR具有生物学功能，提示可能有转录后调控的存在。为了验证QKI-5对FoxO1存在转录后调控，我们首先构建含FoxO1的3’UTR的荧光素酶报告系统，发现QKI-5能够明显降低报告系统的活性，提示是一种转录后负性调控。通过RNA免疫共沉淀实验证实QKI-5可与FoxO1的3’UTR特异结合，提示二者之间在细胞内存在相互作用。在此基础上为了进一步验证它们之间的相关性，通过人为升高和降低QKI-5的表达，观察到FoxO1与QKI-5的表达存在负相关。提示QKI-5可能通过转录后水平参与调控FoxO1的表达。那么，QKI-5对FoxO1的这种转录后调控在何种情况下发生且具有什么生理意义呢？在RA诱导乳腺癌细胞周期阻滞的模型中，我们检测到QKI-5和FoxO1的表达均明显上升。运用siRNA技术特异沉默QKI-5之后，FoxO1及其相关细胞周期蛋白cyclinD1和P27均发生明显改变，使RA诱导后MCF-7细胞周期阻滞进程发展加快。进一步分析QKI对FoxO1的作用机理，特异沉默QKI-5表达组，FoxO1mRNA稳定性增强。提示QKI-5介导了RA引起FoxO1mRNA稳定性下降的过程。由于RA诱导之后，FoxO1的mRNA整体水平是升高的，QKI-5对FoxO1的负性调控具有什么意义呢？结合FoxO1的功能考虑，我们在RA抑制MCF-7细胞增殖模型中，通过SA-gal细胞衰老功能实验发现特异沉默QKI-5表达实验组，RA诱导后，细胞衰老的发生率与未沉默组比较明显增加，提示，正是由于QKI-5对FoxO1的负性调控延缓了FoxO1的快速升高所致的细胞衰老，从而使ATRA对细胞周期的精细调控朝着诱导分化或凋亡的途径进行。本实验不但证实QKI-5可与FoxO1的3’UTR结合，并且是通过影响了FoxO1的mRNA稳定性发挥转录后负性调控作用；更重要的是，在RA抑制MCF-7细胞增殖中，QKI-5对FoxO1的这种负性调控能够抑制细胞衰老，从而有利于RA更好地发挥调节细胞周期阻滞，诱导分化或凋亡的功能。维甲酸(All-trans-retinoicacid，ATRA)是一种经典的分化和凋亡诱导剂。在体外一些髓样细胞系中ATRA可以诱