vector-nti-11-使用教程---附录A：如何取得序列

附录A：如何取得欲分析之序列223附录A　如何取得欲分析之序列透过网络抓取序列范例：首先，我们可以先进入NCBI网站()(图A.1)，在首页“Search”下拉式选单及“for”文字盒中选择及输入适当选项内容，例如SearchNucleotide；forcyp1A，然后按下”Go”按钮进行搜寻。A.1NCBI网站此时NCBI会传回如下之画面，目前NCBINucleotidedatabase已经分成三个独立数据库，适当选择所需内容，点选所显示之数字进入适当数据库并进行下一步选择。三个数据库分别为CoreNucleotidecontainsallNucleotiderecordsthatarenotinESTorGSS.Theyareofinteresttomostusers.ESTcontainsonlyExpressedSequenceTagrecords.GSScontainsonlyGenomeSurveySequencerecords.VectorNTI教育训练手册224A.2CoreNucleotide数据库例如点选图A.2中“81CoreNucleotide”之选项，可以进入更细部的选择，在CoreNucleotide数据库中总共含有81笔相关记录(图A.3)，可依使用者所需进行点选，于此我们选择斑马鱼(zebrafishDaniorerio)为范例进行说明，所以将点选第4笔数据NM_131879(DanioreriocytochromeP450,family1,subfamilyA(cyp1a),mRNA)并得到如下图A.4：A.3得到81笔斑马鱼的相关数据附录A：如何取得欲分析之序列225A.4点选NM_131879得到的结果可以在左上角“Display”下拉式选单中选取“FASTA”，并得到以下仅含序列内容的画面信息(A.5)。A.5NM_131879FASTA格式的数据VectorNTI教育训练手册226确定为所需之序列内容后，在“Display”下拉式选单右边“Sendto”的下拉式选单选取“File”，此时系统将启动档案下载对话窗口，按下“储存”进行档案(FASTA格式)下载。A.6下拉式选单，选择File，进行储存定序序列分析范例:实验结果送交定序完成后，我们会从定序的公司收到两个档案(图A.7)：一个是序列的文本文件(如.seq之类)，另一个是雷射图谱的档案(.abI)。这两个档案需要特定的软件才能开启，如果没有相关的软件，我们可以由下列的方法取得序列。首先我们将鼠标移至序列文本文件上方按下鼠标右键后，点选开启：附录A：如何取得欲分析之序列227A.7得到的两个附档名为seq及abI的档案接着点选从清单对话盒中选取要开启的程序(A.8)：可以选择用记事本(Notepad)或是用文本编辑器(WordPad)开启：如此一来我们就可以顺利的取得序列，接下来就可以将此序列汇入欲分析的软件内进行分析。A.8可以用记事本(Notepad)开启VectorNTI教育训练手册228NOTE：用记事本开启的档案可能会出现乱码（如下图所示），这是因为字型格式不同或是句柄所引起，我们只要调整字型格式就可以修正乱码(图A.9)。在此推荐使用WordPad开启档案，将会减少乱码出现的机会。A.9可利用WordPad，或其他可开FASTA格式的程序开启