VASP使用手册

VASP使用手册（完善中）基础（前提）知识Linux系统文字界面的基础操作*会进一个特定的目录下，学会建立，删除，移动，复制目录和文件，掌握vim文字处理程序（可以理解成Windows下的文本文档（*.txt），但是功能更强，可以在里面编辑脚本程序，fortran或者C语言程序）建议参见网页里面的内容非常详尽还有很多例子，看时建议抓住重点看关于origin（用来画DOS图）和VESTA（用来显示几何结构和电子结构）都非常容易学，会基本操作就可，遇到问题可以上网查查或与同学交流在Linux系统下计算软件VASP的使用一、建好5个输入文件（POSCAR,INCAR,POTCAR,KPOINTS,一个提交文件）1，POSCAR手动建立，viPOSCAR…..还可以在MS的帮助下建立2，INCAR咱们组有公用标准的INCAR文件，进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以了3，POTCAR从cluster上的某个目录下面拷贝过来，放到要计算的目录里如果要算多个元素的体系，使用命令Eg:catPOTCAR-NiPOTCAR-PtPOTCAR4,KPOINTS文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可5，提交文件都可以用现成的，在老节点上（node1~node21）使用lsf.sub新节点上使用yzx8vasp(记不清了，用绿衬底标出)二、在服务器上编译vasp，一般管理员或别的用户以及编译过了，本平台编译好的目录在/public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2或/public/baoer/vasp.5.2，编译使用的mpi可能不同。将上面目录下的可执行文件vasp拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目录找到可执行文件vasp。三、提交任务使用命令qsublsf.sub或者qsubyzx8vasp之后会自动产生例如的字样，这个8026表示的就是你提交的这个任务的任务号码四、查看任务qstat–a或qstat-n一般只需要看3列第一列：任务序号第二列：使用者账户最后一列：计算消耗的时间五、杀某一个任务由于任务提错了或别的原因，不想要算某一个任务了。杀死（删除）这个任务使用命令：eg:qdel8024意思为删除任务号为8024的任务六、提取有用信息任务结束后，任务序列号就会消失，这时进入计算的目录可以删除的文件，计算完成后有用的文件为（OUTCAR，CONTCAR，CHG，OSZCAR，DOSCAR）1．在OUTCAR中看费米能级grep“Fermi”OUTCAR最后一个结果就是2．CHG是用来看电荷密度图的将CHG下载到电脑上，放到VESTA中看电荷密度图3．CONTCAR放到VESTA中看几何结构图4．从OSCAR中可以快速的查找到计算的总自由能最后一行，“F=”后面的值即是5．DOSCAR中存放的是态密度信息使用杨宗献老师编的fortran小程序处理DOSCAR，用命令trandos.xDOSCAR之后会产生一个total文件，将total文件下载到电脑中，导入到origin画图软件即可看到态密度信息。（前提是会使用origin的基本导入和画图功能）七、最常用的计算1．结构优化目的是找到最优结构对于晶胞，要找出能量最低的晶格常数，具体可以参照金刚石结构Si的那个例子对于表面，更加简单:在POSCAR中确定优化的原子层数，在INCAR中修改IBRION=2，POTIM=0.2，NSW=200三个参数即可，对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明就行了2．单点能自洽计算目的是得到CHG画电荷密度图，以及得到正确的费米能级值，以及体系的总能量。将结构优化的结果中使用命令copyCONTCARPOSCAR然后修改INCAR中令NSW=03．态密度计算4．震动频率的计算5．NEB求过渡态的计算关于金刚石结构Si的计算例子（包括结构优化，单点自洽计算，态密度，能带结构计算），网上有很多，大家练一练。对于VASP计算的整体过程有一个大概的理解。随着使用次数的增多，会越来越熟悉。