imagej-常用功能教程

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ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Westernblot条带。step1.首先打开软件后,开启图档ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Westernblot条带。step1.首先打开软件后,开启图档step2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用UncalibrateOD,再按ok按下ok之后会出现校正的图形Step3.在要分析的第一条(firstlane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/selectfirstLane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/selectsecondLane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plotLanes快速键(Ctr+3)。Step4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。Step5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA的含量,同样也可以应用在westernblot或其它类似实验条带的分析上。使用ImageJ分析图像中的颗粒数[NanoUnion.Net]原创教程,转载请保留此行1,到本站资料下载-实用小工具栏目下载ImageJ并安装。2,打开ImageJ并打开要分析的图片。请看演示图片。3,把图像二值话或者设定阈值。选择Image-Adjust-Threshold...根据提示设定你需要的阈值。这一步非常重要,关系到结果的正确性。设定阈值的标准就是把是颗粒的地方都突出出来。示例中颗粒都被染成了红色。4,菜单Analyze-Anelyzeparticles...自动统计结果。示例图片中有2个1像素的点都被统计出来了。结果非常准确。ImageJ功能强大,其他功能请自学或者听下回分解!再见~~~使用ImageJ分析图像中的颗粒数#1使用ImageJ分析图像中的颗粒数[NanoUnion.Net]原创教程,转载请保留此行1,到本站资料下载-实用小工具栏目下载ImageJ并安装。2,打开ImageJ并打开要分析的图片。请看演示图片。3,把图像二值话或者设定阈值。选择Image-Adjust-Threshold...根据提示设定你需要的阈值。这一步非常重要,关系到结果的正确性。设定阈值的标准就是把是颗粒的地方都突出出来。示例中颗粒都被染成了红色。4,菜单Analyze-Anelyzeparticles...自动统计结果。示例图片中有2个1像素的点都被统计出来了。结果非常准确。ImageJ功能强大,其他功能请自学或者听下回分解!再见~~~附件:particle.JPG(9.26KB)adjust.JPG(26.63KB)adjust2.JPG(22.57KB)analyze.JPG(24.67KB)result.JPG(38.38KB)2007/4/621:53生物医学影像分析软件--ImageJ计算细胞数秒来源:未知浏览:522次相信许多朋友也许也在找一种影像软体,可以自动帮你计算细胞数,比方说常常用使用4'-6-Diamidino-2-phenylindole(DAPI),或是用其它的抗体在做免疫染色(ImmunohistochemistryStaining),要如何把影像的资讯数量化呢?最常用的就是计算染色的细胞数。那有没有软体可以自动帮你算细胞数呢?大概在90年中就有人在做这种影像分析,在2000年左右也有不少文章介绍各实验室自己开发的软体,也免费的提供下载。最近由猪排饭同学介绍一套软体ImageJ,是由NationalInstitutesofHealth(NIH)所开发免费且跨平台(windows、Mac、Linux都可用)的影像分析软体,试用一下觉得相当好用。请参考以下之教学:step1.下载安装ImageJ软体:或ImageJ下载请依据不同作业系统选择适合的版本step2.打开软体,再开启要分析的图片(File-Open)。step3.设定分析影像的阈值(Image-Adjust-Threshold,或快捷键Ctr+Shift+T)step4.调整阈值再按set决定。step5.选择analyzeparticle(Analyze-Analyzeparticle)并且记得要选择summarize,才会有分析的结果。step6.分析结果,可以看到原图像的视窗会出现电脑判读的数据,summary会显示个数及分析影像的区域大小UsingImageJtoQuantifyGelImagesThisisaquicktutorialabourusingImageJtoprocessgelimagestakenwiththeGelDoc.ImageJisafreeprogramthatwasoriginallywrittenatNIH.ImageJisusedtoanalyze/processallsortsofimagesinbiology-relatedresearch.YoucanuseImageJtocrop/invert/rotate/enhanceyourgelimages.Thereisevenawaytoquantifyyourbands.Rotating/CroppingGelImagesOpenImageJusingtheshortcutonthedesktop.YoucandragtheimageyouwanttoopenontotheImageJwindow.Oncethegelimageisopen,youcanzoominwithCtrl+andzoomoutwithCtrl-.Yourgelwilllooksomethinglikethis(seebelow).8/13/2009TutorialImageJC:/…/index.html1/10Nowyoucanrotatetheimageincaseit'scrooked.GotoImage/Rotate/Arbitrarily...Youwillgetthefollowingdialogwindow.Youcanadjusttherotationangle(positiveornegativevalues).Tomakeiteasy,makesurethatthePreviewboxischecked,thatwillshowyouhowyourimageisrotated,anditwillalsoshowyouvertical/horizontallinesfororientation.ClickOKwhenyou'redone.8/13/2009TutorialImageJC:/…/index.html2/10Nowit'stimetocropthegelimage.UsetheRectangularSelectiontool.AfterselectingtheregionofinterestgotoImage/Croptocroptheselection.Seebelowforscreenshots.EnhancingtheGelImageThisisatypicalstepwhendealingwithgelimages.Youneedtoadjustthehistogramoftheimage.Pleasemakesurenottoblow-out(saturate)thewhites.Youwanttomakesureyourimagehasenoughdynamicrange.Talktomeifyou'reconfused.Anyways,youcandothatwithImage/Adjust/Brightness-Contrast...,seetheBrightness&Contrastwindowandtheenhancementresultsbelow.ClickonApplyandclosethemenu.8/13/2009TutorialImageJC:/…/index.html3/10InvertingtheImageInmostcasesyouwillwanttoinverttheEtBrgelimagesforconvenientviewingandeconomicprinting.DothisbygoingtoImage/LookupTables/InvertLUTwhichwillgiveyoutheresultshownbelow.YoucanuseBrightness&Contrastenhancementonceagainifyouwish,butthisoneisgoodenoughtomoveon.8/13/2009TutorialImageJC:/…/index.html4/10QuantifyingGelLaneswithImageJWarning-thisisnotgoingtobeaccuratetothepercent.Itworksandyoucanputsomenumbersonyourresults,butdigitalcameraimagesarenotgoingtobenumericallyasaccurateasaTyphoonscan.Youneedtoselectyourlanesfirst.Iwilldohorizontalselections,butyoucanalsodoverticalselectionsifneeded.Firstofall,clickontheRectangularSelectiontoolDoatightselectionaroundthelaneofinterest.PressCtrl+1todesignatethefirstlane.Grabtheselectionanddragitdowntoselectthebackground(touselateforbackgroundsubtraction).PressCtrl+2todesignatethesecondlane,thenifyouselectathirdlane,youpressCtrl+2foranyadditionallane.Onceyou'redone,pressCtrl+3toplotthelanegrayscaledensity.Youcanaccess8/13/2009TutorialImageJC:/…/index.html5/10othergel-relatedfunctionsintheAnalyze/Gelsmenu.IfyouselecthorizontallaneslikeIdidhere,youwillbeaskedwhetheryoureallywantyourlaneshorizontal.Justsayyes.Ionlyhadtwolanes-thebandsofinterestandthebackgroundlane.SoImageJplotstwoseparategrayscaleprofiles.Youcanseethat

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