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PipelinePilotChemistry培训资料单击此处编辑母版标题样式PipelinePilot中文培训资料单击此处编辑母版副标题样式PipelinePilot中文培训资料单击此处编辑母版副标题样式Copyright©2010,NeotridentTechnologyLtd.Allrightsreserved.Chemistry模块介绍Chemistry模块介绍Chemistry模块可以使您非常方便对包含化合物的信息进行处理和分析，包括建立化合物数据库子结构匹配和检索化学反应的分析处理等并且括建立化合物数据库、子结构匹配和检索、化学反应的分析处理等。并且，通过和其他软件联用，可以方便地进行材料结构和生物分子的模拟工作。单击此处编辑母版标题样式MOL、MOL2、SD、PDBSKC、SMI、RXN、ISIS单击此处编辑母版副标题样式多种格式读取单击此处编辑母版副标题样式多种形式查看分子性质计算•分子量•logSSAR分析•分子式•AlogP•logDK•氢键给体数•氢键受体数•分子表面积分子体积SAR分析•pKa•分子体积……通过反应式枚举产物Chemistry功能Chemistry功能•多种化学结构的输入和输出（不同格式的转换）•化合物数据库的整理和标准化•数据库的相似性搜索和子结构搜索单击此处编辑母版标题样式•组合化学库的设计•构效关系建模，最大公共子结构的查找单击此处编辑母版副标题样式•化学性质的计算（分子量、AlogP、pKa…）•SAR表分析和构建单击此处编辑母版副标题样式•分子结构指纹ECFP计算、建模•化合物数据库的筛选（HTS、类药五原则…）化合物数据库的筛选类药原则•分子结构和反应的标准化•化学结构和反应的输出显示化学结构和反应的输出显示ChemistryCollectionComponentsyp•Components按照功能放在不同Components按照功能放在不同的文件夹中.•寻找某一特定component时，可单击此处编辑母版标题样式寻找某特定component时，可以使用界面上方Explorer窗口的search功能单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式分子文件的Readers分子文件的eades•PP可以读入大部分常见的分子格式:–SD–MOL2SMILES单击此处编辑母版标题样式–SMILES–PDB–…….单击此处编辑母版副标题样式•从PPprofessionalclient中的protocol可以运行IsisDrawSketcher.单击此处编辑母版副标题样式•Webportprotocols可以使用ReportingCollection中的ChemistryS(可以使用Sketchercomponent(可以使用AccordDraw,ChemDraw,orISISDraw)ISISDraw)分子文件的Writers分子文件的es以输出大部分常的分•PP可以输出大部分常见的分子格式:单击此处编辑母版标题样式–SD–MOL2单击此处编辑母版副标题样式–SMILES–PDB单击此处编辑母版副标题样式–…….分子文件的Viewers分子文件的ees可以在client端运行分子•可以在client端运行分子Viewer，第三方Viewer应用程序需要安装在客户端机器上单击此处编辑母版标题样式序需要安装在客户端机器上（比如：Excel,InternetExplorerSpotfireDS单击此处编辑母版副标题样式Explorer,Spotfire,DSVisualizer,etc…）只能在客户端的单击此处编辑母版副标题样式•Viewers只能在客户端的protocols中被使用.分子文件的Manipulators分子文件的apuaos使用对分•使用manipulators对分子进行操作。比如2D和3D互转结构标准化等等单击此处编辑母版标题样式转、结构标准化等等。单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式分子性质的计算（Calculators）分子性质的计算（Cacuaos）•使用这些components可以使用这些components可以计算并添加分子的相关性质单击此处编辑母版标题样式质.•一般而言,计算分子性质的算法在中都有相单击此处编辑母版副标题样式算法在Helptext中都有相应的参考文献.单击此处编辑母版副标题样式•子结构的计算和匹配（mapping）属于分子性（mapping）属于分子性质的计算.分子的筛选（Filters）分子的筛选（es）使用各种筛选来•使用各种筛选component来对分子进行筛选（比如:筛选筛选条单击此处编辑母版标题样式HTS筛选、Lipinski筛选条件等）.单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式分子的搜索（Search）和分子相似性分子的搜索（Search）和分子相似性•分子的搜索和相似性基本都属于分子的筛选（filter）一单击此处编辑母版标题样式类.•相似性筛选基于Scitegic的单击此处编辑母版副标题样式相似性筛选基于Scitegic的分子指纹FCFP_4fingerprints和Tanimoto相单击此处编辑母版副标题样式fingerprints和Tanimoto相似性函数.反应（reaction）和枚举（Enumeration）反应（reaction）和枚举（Enumeration）•包括实现分子反应的components.单击此处编辑母版标题样式p•包括产生和使用Rgroups的component单击此处编辑母版副标题样式component.•产生SAR信息.可以枚举分子的不同的离子单击此处编辑母版副标题样式•可以枚举分子的不同的离子化状态，手型对映体.分子的转化（Converter）分子的转化（Coee）MoleculeFromText•MoleculeFromTextcomponents可以将其他的分子格式转化为的内置单击此处编辑母版标题样式分子格式转化为PP的内置分子格式单击此处编辑母版副标题样式•MoleculeToTextcomponents将PP内置的单击此处编辑母版副标题样式components将PP内置的分子格式转化为相应的其他格式他格式。单击此处编辑母版标题样式示例Ptl和练习单击此处编辑母版副标题样式示例Protocols和练习单击此处编辑母版副标题样式分子文件的读入和输出（转换）分子文件的读入和输出（转换）MOL(或SDF)toMOL2单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式Isis/DrawtoMOL(或SDF)单击此处编辑母版副标题样式Isis/baseDBtoSDF化学性质的计算和显示化学性质的计算和显示单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式数据在pipeline中的运算和传输数据在pipeline中的运算和传输14150000999V2000-1.00281.51320.0000C00-2.31550.74750.0000N00-2.3155-0.74750.0000C00-1.0028-1.51320.0000N000.29170.74750.0000C00单击此处编辑母版标题样式0.2917-0.74750.0000C001.7138-1.20330.0000N002.58890.01820.0000C001.71381.20330.0000N002.08252.34530.0000C00-0.9991-2.71320.0000C00-3.35601.34520.0000C00单击此处编辑母版副标题样式-3.3560-1.34520.0000O00．．．．．．MW=194.2MW=194.2AlogP=-0.1000单击此处编辑母版副标题样式MW=194.2AlogP=-0.1000从mol文件中读入一个分子计算该分子的分子量并添加到数据中计算该分子的AlogP值并添加到数据中输出分子结构图以及包含的性质数值通过PilotScript计算化学性质通过PilotScript计算化学性质•可以通过PilotScript计算化学性Calculate(‘molecularweight’);可以通过PilotScript计算化学性质，例如：–Molecular_Weight–AlogPCalculate(‘molecular_weight’);单击此处编辑母版标题样式AlogP–O_Count–Canonical_SmilesNumAtoms单击此处编辑母版副标题样式–Num_Atoms–Num_Bonds–Num_HydrogensNRttblBd单击此处编辑母版副标题样式–Num_RotatableBonds–Num_AromaticRings–Num_Chains–Num_StereoAtoms–Num_H_Acceptor–…可以在PilotScript编辑界面中按F4来选择可计算的性质练习3.1a练习3.1a从ChemistryData\NCI\ncidrugs.sd化合物中，计y_g算如下性质，并通过网页显示结果：a)Alogp单击此处编辑母版标题样式)gpb)LogDatpH4.5andpH7.4c)NumberofHAcceptorsandDonors单击此处编辑母版副标题样式c)ubeocceposadoosd)其它两种自选性质单击此处编辑母版副标题样式2D和3D的转换2D和3D的转换•2DCoords–把输入的结构转化成2D结构•2DCoords把输入的结构转化成2D结构3DCoords把输入的结构转化成3D结构单击此处编辑母版标题样式•3DCoords-把输入的结构转化成3D结构3DCfi把输入的3D结构通过化学键的旋转单击此处编辑母版副标题样式•3DConformations–把输入的3D结构通过化学键的旋转产生多个3D构象单击此处编辑母版副标题样式•MinimizeMolecule–通过Cleanforce-field的方法把输入的结构进行快速的能量最优化的结构进行快速的能量最优化2D和3D的转换和的转换单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式对结构进行标准化处理对结构进行标准化处理•StandardizeMolecule–Keep/Removelargest/smallestfragments–Add/Removeatomnumbers单击此处编辑母版标题样式–Add/Removehydrogens–AddheterohydrogensCentermolecule单击此处编辑母版副标题样式–Centermolecule–StandardizeStereo–StandardizeCharges单击此处编辑母版副标题样式g在需要进行不同数据源的结构比较前，最好先把结构进行统一的标准化处理合并相同的分子结构合并相同的分子结构•MergeMolecules•MergeMolecules–合并相同的分子结构，并可以输出Frequency–Frequency1表示该结构有重复单击此处编辑母版标题样式Frequency1表示该结构有重复单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式练习3.1b练习3.1b从ChemistryData\NCI\ncidrugs.sd化合物中，合y_g并相同的结构，并把有这些重复的结构通过下面的处理后以表格显示在网页上。单击此处编辑母版标题样式a)去除氢原子b)转为2D结构单击此处编辑母版副标题样式)转为结构单击此处编辑母版副标题样式筛选器的应用——Lipinski筛选筛选器的应用Lipinski筛选单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式筛选器的应用——子结构筛选筛选器的应用子结构筛选单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式筛选器的应用——子结构筛选筛选器的应用子结构筛选SubstructureFilterFromTag√单击此处编辑母版标题样式√×单击此处编辑