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》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab1/38PyMOL用户指南目录一、鼠标操作入门3(这个数字是超链接，ctrl+左键)1.启动31)通过鼠标32)通过命令行32.PyMOL窗口31)Virewer窗口42)外部GUI窗口53.下载PDB文件54.操控视图51)基本鼠标控制62)虚拟滚动球旋转63)移动截面74)改变旋转中心点85)简单回顾8二、命令行操作入门81.记录结果82.载入数据93.操控对象（Object）91)原子选择102)对象和选择的着色113)对象和选择的on/off114.改变视点125.保存工作121)脚本和日志文件122)图像文件133)会话文件136.命令行快捷键131)用TAB键完成命令132)用TAB键完成文件名143)自动推理147.其他命令和帮助14三、命令句法和原子选择141.语法141)选择表达152)原子选择命名153)单字选择符4)属性选择符175)选择代数18注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab2/386)宏指令202.从PyMOL中读取Python21四、卡通表示211.背景211)可达性212)美化和精确222.定制化241)卡通类型242)精美螺旋273.二级结构归属28五、光线追踪291.重要设置292.保存图片30六、立体效果301.支持的立体模式302.制作立体图片303.相关命令30七、动画301.概念302.重要命令311)Load2)Mset3)Mdo4)Mmatrix3.简单举例324.复杂举例325.预览ray-traced动画图片321)Cache_frames2)mclear6.保存动画33八、高级鼠标控制331.选择原子和键332.“pk”原子选择的应用举例343.“lb”和“rb”选择344.构象编辑34九、晶体应用341.晶体对称性341)Load》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab3/382)Symexp2.电子密度图351)Load2)Isomesh和isodot十、汇编图形对象（CGO）和Molscriptribbons351.简介352.Molscriptribbons351)Load2)UsingMolscript3.创建CGOs364.CGO参考37NOTES:本教程以PyMOLuser’sguide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆PyMOLwiki（）或咨询他人等途径解决疑难本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。一、鼠标操作入门1.启动1)通过鼠标打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。2)通过命令行在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：c:\programfiles\delanoscientific\PyMOL\PyMOLwin.exe如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。2.PyMOL窗口PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab4/38PyMOL的两个窗口GUI是图形用户界面（GraphicalUserInterface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。1)Viewer窗口PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。PyMOL的Viewer窗口和内部GUI（默认）窗口内右边的内部GUI可使用户对特定对象（object）和特定原子选择（atomselection注意：原子选择是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等，相对object而言）进行操作。从上到下，内部GUI包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画控制）。窗口底部还有一个命令输入区。在Viewer窗口也能查看PyMOL的文本输出（textoutput），任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。Viewer完全可以自己运行，它拥有PyMOL核心系统的全部功能。如果想这样的话，完全可去除命令和》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab5/38内部GUI。通过标准菜单和控制，许多任务能更简单高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。2)外部GUI窗口默认的Tcl/TK外部GUI默认状态下，外部GUI包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部GUI窗口的一个好处是能够对正文进行剪切和粘贴，而在Viewer中却没有此功能。另外，必须用Ctrl−X、Ctrl−C和Ctrl−V进行剪切、复制和粘贴操作，因为在标准编辑菜单中没有这些功能。3.下载PDB文件通过外部GUI菜单：默认的外部GUI在File菜单有Open选项，可由此打开选择的文件。通过命令：语法loadfilename#载入本地存在的PDB文件fetchobject#直接从网上下载，不用加后缀例如loadtest/dat/pept.pdbfetchpept载入pdb文件后的PyMOL4.操控视图在PyMOL中，鼠标是主要的控制设备，键盘的修饰按键（SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL）在调整按钮操作时使用。为了有效使用PyMOL，建议选择带有三个按键的鼠标。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab6/381)基本的鼠标控制鼠标的滚动轮的可当做中键使用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能：键盘鼠标左键中键右键旋转图像（虚拟滚动球rotate）在XY上移动图像（translate平移）在Z上移动图像（zoom变焦）Shift移动截面CtrlShift+Ctrl回到旋转起始2)虚拟滚动球旋转虚拟滚动球虚拟滚动球犹如在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，好像你的手指按在了球上进行相似的操作。如果在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab7/383)移动截面截面是在分子前后想象中的平面。截面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部。在复杂或大分子中截面非常有用。截面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）PYMOL的截面控制需要鼠标和键盘结合，如下图示：SHIFT+右键，当鼠标上下拖动时会调整前截面，左右拖动时调整后截面。截面的控制也可以对角线拖动改变截面的显示，如下图：》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab8/38对角移动截面改变可见的“wedge”4)改变旋转中心点观察分子图像时，常常需要改变旋转的中心点，快捷方式是“ctrl+shift+中键”点击目标原子。5)简单回顾至此，应该能够完成如下任务：载入PDB。旋转、平移、缩放图像。调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。二、命令行操作入门此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见《PYMOL命令》。PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。1.记录结果》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab9/38当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）：语法log_openlog-file-name例如PyMOLlog_openlog1.pml无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。2.载入数据从文件中载入PDB，命令如下语法loaddata-file-name例如PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命令输入后，PYMOL会打开读取“pept.pdb”，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象:语法loaddata-file-name,object-name例如PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb#对象命名为“pept”#文件扩展名不会出现在对象名中PyMOLload$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test#对象命名为“test”（“#”是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。3.操控对象(manipulatingobject)对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines到sticks，首先删除lines然后显示sticks：语法hiderepresentationhiderepresentation例如PyMOLhidelines#以lines显示的对象消失PyMOLshowsticks#以sticks显示的对象出现其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这》》》PyMOL用户指南《《《09.7.23山东大学生命科学学院lswanglab10/38个问题：语法asrepresentation例如PyMOLassticks#不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决：例如fetch1biw#载入对象1biw，它有一个配体ascartoon#配体存在但却没被显示然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单organicspheres，就可以看到配体了。1)原子选择原子选择（atomselections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放（zoom）选择的“onthefly”：语法zoomselection-expressions#选择原子进行缩放例如PyMOLzoomresi1-10#resi是选择符#