Pymol教程4

关注此空间2011-05-3003:35【转】PyMOL用法（教程四）广场biolight退出南鱼嘴AFA的螺旋星云相遇相知是缘分，长相守是考验关于label在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。label的命令格式如下：Pymollabel[selection,[expression]]selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name,resn,resi,chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：Pymollabelselection,user-definedexpression在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的bindingpocket标注出来：首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。Pymolloadglucosyltransferase.pdb,tmpPymolextractupg,chainbPymolextractpro,chainaPymoldeletetmpPymolselectnear,prowithin4.5ofupgPymolhideallPymolshowsticks,upgPymolshowlines,nearPymollabelnear,(%s/%s)%(resn,resi)#(%s/%s):设定显示格式。上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本Page1of4【转】PyMOL用法（教程四）_南鱼嘴AFA的螺旋星云_百度空间2012-12-3身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）:Pymolsetlabel_shadow_mode,3文字颜色：Pymolsetlabel_color,color-name,selection标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：Pymolsetlabel_outline_color,[color-name,[selection]]字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的：Pymolsetlabel_font_id,5字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是Å：Pymolsetlabel_size,-0.5Pymolsetlabel_size,4设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：Pymolsetlabel_position,(x,y,z)昀后说说怎样用单个字母标注氨基酸。首先在$HOME/.pymolrc中加入：#start$HOME/.pymolrcmodificationsingle={'VAL':'V','ILE':'I','LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q',\'ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':'W','PHE':'F','TYR':'Y',\'ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':'T','MET':'M','ALA':'A',\'GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'}#endmodification用法，用single[resn]代替resn：Pymollabeln.CGandi.230+246,single[resn]下面是改进过的图片：是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：Pymolselectnear,resi139+229+230+233+246+499+519+520Pymolascartoon,proPymol鼠标操作：显示near的sidechainPymolset_colorgrey1,[224,224,224]Pymolsetcartoon_color,grey1Pymolsetcartoon_transparency,0.3Pymolsetcartoon_fancy_helices,1Pymollabeln.CBandnear,(%s%s)%(single[resn],resi)Pymol进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置Pymolsetcartoon_transparency,0.3Pymolsetlabel_font_id,13Pymolsetlabel_size,26Pymolbg_colorwhitePymol进入measurement模式测量我们所需要的距离Pymolsetdash_length,0.015Pymolsetdash_radius,0.015Page2of4【转】PyMOL用法（教程四）_南鱼嘴AFA的螺旋星云_百度空间2012-12-3分享到：举报浏览(459)评论转载逍儿的生日大聚（一）——搓饭乐乐的快乐周末，外加帽子秀萌动你的心(10P)现代教育国际集团的幼教专家告防治佝偻病的三个误区吃喝玩乐过周末星城春之曲Pymolsetdash_gap,0.6Pymolsetdash_color,grey在pymol中导入电子密度图假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就可以用fft(FastFourierTransform)命令生成electrondensitymap，以便在pymol中导入。fft的命令格式如下：fftHKLINprotein.mtzXYZINprotein.pdbMAPOUT2fofc.ccp4回车后进入fft环境，还需要指定一些参数：LABINF1=FWTPHI=PHWTGRIDSAMPLE5END上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是3，表示生成的“网格”大小是昀大分辨率的三分之一，以此类推。回车之后电子密度图就搞定了，名字叫2fofc.ccp4然后就可以在pymol中导入了。首先导入pdb文件glucosyltransferase.pdb，然后电子密度图：首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。Pymolloadglucosyltransferase.pdb,proPymolload2fofc.ccp4你会发现，还看不见density。打开Wizard--Density，怎么样，看见了吧。按住ctrl键和鼠标右键可以移动density，或者点击DensityMapWizard中的NextRes.和PreviousRes.。不过显示全部的densitymap并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。PymolremoveresnHOHPymolselectupg,chainbPymolascartoon,proPymolasstick,upgPymolorient,upgPymolisomeshupg-d,2fofc,2.0,upg,carve=1.5Pymolsetstick_radius,0.2Pymolsetmesh_radius,0.01#让电子密度图的网格细一点，好看效果图如下：上诉命令中，其余设置请见上一节label，和显示电子密度相关的就是isomesh了，它的用法如下：Pymolisomeshname,map,level[,(selection)[,buffer[,state[,carve]]]]name:给这个meshisosurface随便起个名字。map:就是刚才load的那个2fofc。level:轮廓值，越大轮廓越细。selection:要表达的对象buffer:没用过state:没用过carve:以selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的densityOK!搞定。byWeiLü-【转】PyMOL用法（教程四）_南鱼嘴AFA的螺旋星云_百度空间2012-12-3帮助中心|空间客服|投诉中心|空间协议©2012Baidu评论Page4of4【转】PyMOL用法（教程四）_南鱼嘴AFA的螺旋星云_百度空间2012-12-3