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TOPOS的常用操作流程Sample11.打开软件→2.导入。单击菜单栏中的Database下的import命令,导入cif文件,文件名不要改，单击打开，出现如下界面，这里名字可改，如改为1打开，单击Yes，在enteryourusercode中原来是0，必须改为1（下同）3.出现新的操作界面，为保险起见，可以右击界面上选中的对象，选择duplicate命令（可以不做）4.选取拓扑节点。单击图标，出现新的界面，再次单击新界面中的菜单栏以及各个图标的作用不做详述。在该界面中进行相应操作后找出节点，关闭该界面。（许多操作与Diamond中类似）选取拓扑节点的工作也可以在mercury当中完成。（这步工作主要就是熟悉化合物结构，对拓扑结构做到心中有数）5.读取原子信息。单击，出现如下界面单击option，并选中图示选项卡，单击OK单击Run，生成一张txt表格，读取完毕，关掉。6.计算。单击菜单栏中的Compound下的AutoDetermine中的SimplifyAdjacencyMatrix。不用改动，单击OK，新拓扑已经生成。7.查看新拓扑。操作与第4步相同，（也可以不做，查看主要是为了看一看拓扑是否正确）如下图8.生成新拓扑的报告。单击，单击option，如下选项卡单击Run，单击Yes，片刻后，出现下图，右击selectall，会发现字体变粗，单击OK，生成报告从报告中获取所要的信息。保存报告。Sample2对于一些较为复杂的结构，如Sample2是个多核结构，按照上述流程难以画出理想的拓扑，只需要增加或修改一些操作，主体部分仍然相同。详述如下（氢键模式）第1、2、3步完全一样，第4步选择节点时稍显麻烦，要确定将哪些键改为氢键，本例中为所有和金属原子相连的的O原子与对应的C原子之间的键，一共有11个O原子。第5步仍与上一例相同，下面开始有变化6.选择氢键模式。双击界面上的操作对象，选择AdjacencyMatrix拖动滚条至O原子部分，单击左侧的符号，右击O-C键，在changetype中修改为Hbond另外10个O原子用相同的操作完成修改，然后单击Save7.查看修改情况。单击，新界面中再次单击，会看到上一步改的键都已经断开（这一步可以不做）8.计算。单击，单击option，选项卡勾选如下，common中增选一下，并单击Yes；Topology中的Hbond从None改选为Mol，单击OK单击Run，单击Yes，输入1，右击选择selectall，单击WholeMolecule单击菜单栏中的Compound下的AutoDetermine中的SimplifyAdjacencyMatrix，不用改动，单击OK，新拓扑已经生成。9.查看新拓扑。与上述的查看操作相同（也可不做）10.生成新拓扑报告。单击，单击option，如下选项卡单击Run，单击Yes，片刻后，出现下图，右击selectall，单击OK生成txt文档保存报告，获取想要的信息。总结一下对Sample1与对Sample2的操作，不同之处就是Sample2无法如Sample1一样通过直接计算获得新拓扑，所以要增加一步修改键的模式和多做一次来更改其内部选项卡。前面的导入文件、读取原子信息以及后面的计算、生成报告都是同样的操作。Sample3还有一些结构可以通过二次（当然也可以多次）简化来获取理想拓扑第1步到第7步都与Sample相同，我们看一下现在Sample3的拓扑长一下从上面的图我们可以看出这明显不能作为最后的拓扑，但已经十分接近了。只需要将金属双核中的一个原子孤立出来，再将配体中心的三角形变为一个节点就行了，即通过断键操作完成二次简化该例中应该断开C2-C4键以及所有与Co1（或Co2）相连的键。双击主界面上的操作对象，修改如下图，类似Sample2中，只是将changetype改为Nobond然后再次单击菜单栏中的Compound下的AutoDetermine中的SimplifyAdjacencyMatrix，看一下简化结果（长过后的）后续操作和Sample1中就完全相同了，不再赘述。总结一下，Sample3与Sample1的不同之处就是多了一步断键操作以及多一次简化计算，其它步骤都完全相同。