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Analyst软件基本操作培训教程第1页共104页Analyst软件基本操作培训教程美国应用生物系统中国公司Analyst软件基本操作培训教程第2页共104页关于本教程的说明：本教程为应用生物系统中国公司在中国使用的客户培训的辅助材料。本教程仅提供给经过应用生物系统中国公司培训合格的操作人员使用。本教程内容仅限于Analyst软件基本操作部分。本教程解释权在美国应用生物系统中国公司。版本号：AAnalyst软件基本操作培训教程第3页共104页目录I.PPG质量校准1手动质量校准1-1开软件，连机，进入手动调谐状态，调用己有的质量校准方法1-2进质量校准溶液，调离子源喷雾针位置1-3采集PPG标准品质谱数据1-4质量校准数据计算1-5手动调整分辨率1-6质量校准2自动质量校准2-1自动质量校准的设定2-2自动优化结果IIA.针泵进样ESI源MS-MS方法手动优化1．确定母离子：Q1单级质谱实验（Q1全扫描）2．ProductIonScan（碎片离子扫描）3．碎片离子扫描之CE单参数优化4．PrecursorIonScan（母离子扫描）5．NeutralLossExperiment（中性丢失扫描）IIB.针泵进样ESI源MRM定量方法手动优化1．先确定母离子：Q1单级质谱实验（Q1全扫描）2．检查信号稳定性3．确定子离子ProductIonScan（碎片离子扫描）4．优化MRM定量分析质谱参数4-1优化Q1参数使灵敏度昀高及稳定性良好4-2继续优化MRM离子对的CE与CXPIII.针泵进样ESI源MRM定量方法参数自动优化1．先确定母离子：Q1单级质谱实验（Q1全扫描）2．检查信号稳定性3．定量参数自动优化3-1MRM自动优化的设置3-2MRM参数自动优化的过程3-3MRM电压参数自动优化的例子Analyst软件基本操作培训教程第4页共104页IV.离子源TIS连液相用流动注射手动优化V.离子源TIS连液相用流动注射自动优化VI.带液相条件质谱采集方法和批文件的建立和使用1-1调节离子源位置1-2建立AcquisitionMethod采集方法1-3建立AcquisitionBatch采集批文件VII.定量分析方法的建立和数据分析1A：用Wizard导航器建立一个定量数据分析方法(手动方式)1B：用已建立的定量数据分析方法分析数据2查看和编辑定量结果表2-1查看和编辑结果列表中的各列,如何取消Audittrail(稽核跟踪)原因设定2-2查看校准曲线。2-3查看峰积分及更新积分方法2-4查看统计表2-5建立及执行一个query(质控表)2-6建立及执行结果列表的分类。2-7建立及执行Metricplot(度量图表)及使用公式VIII.质谱数据定性分析1．打开TIC数据文件,谱图及图块处理,使用图块工具栏图标2．使用图形信息窗口3．在色谱图的图块中使用鼠标右键。4．在质谱图的图块中使用鼠标右键。5．对Explore工具栏其余键的使用。IX.ImportandExportwithExcel教程X.3Q仪器维护简明手册1.死机处理的9个步骤2.机器主要电路模块图3.如何打开诊断软件4.如何确定喷雾口与ORIFICE的位置5.维护计划6.机械泵维护7.堵的判断及处理方法8.空气过滤网的清洗9.如何清洗CurtainPlate,Orifice,Skimmer和Q010.不定期做质量校正11.PPG标准试剂准备Analyst软件基本操作培训教程第5页共104页12.如何延长分子泵的寿命13.一些常用的部件号14.常用工具15.常用试剂XI.3Q仪器开关机步骤Analyst软件基本操作培训教程第6页共104页I.PPG质量校准本教程包括如何在Analyst软件中进行自动和手动质量校准.本教程所有校准工作选定在APIInstrumentproject下完成(质量校准可在任何一个Project下进行)。1手动质量校准1-1开软件，连机，进入手动调谐状态，调用己有的质量校准方法a.在project工具条中选择APIinstrumentb.在硬件配置HardwareConfigure菜单下Active激活massSpecOnly(只连质谱机)硬件配置表中massSpecOnly出现绿勾后，表示API质谱仪主机与计算机通讯正常，关闭HardwareConfigurationEditor。c.点击左边工具菜单NavigationBar的Tune进入调谐模式：Analyst软件基本操作培训教程第7页共104页d.然后按上方工具条中的T钮使仪器进入tuning状态：此时应听见“扑”开气的声音，Exhaust及Gas1/2在此时已打开，仪器处于可使用状态(ready)，软件右下角硬件图标为绿色：e.双击左边工具菜单NavigationBar中的ManualTuning，打开一个空白质谱参数设置及运行窗口，进入手动调谐模式：Analyst软件基本操作培训教程第8页共104页f.点击Fileopen钮选择AcquisitionMethod打开四极杆质量校准方法文件列表(如：Q1PosPPG.dam，Q1NegPPG.dam，Q3PosPPG.dam，Q3NegPPG.dam方法文件，文件名有可能不同)。根据要校准的目标(Q1正离子、Q1负离子、Q3正离子、Q3负离子)选择相应的方法打开。Analyst软件基本操作培训教程第9页共104页该方法会出现在TuneMethodEditor下替换现有的质谱参数设置及运行窗口内容：1-2进质量校准溶液，调离子源喷雾针位置质谱参数设置及运行窗口内容的显示值应为安装工程师设定的质量校准方法的值。a.对于不同仪器、测定极性，要用不同的质量校准溶液：a-1对于负离子校准：针泵流速为10uL/minAPI1XX、300、365及API2000、API3200、API3000、API4000，用PPG3000标准液；API5000用稀释10倍的PPG3000标准溶液；Analyst软件基本操作培训教程第10页共104页a-2对于正离子校准：针泵流速为5uL/minAPI1XX、300,365及API2000，用PPG标准溶液；API3000、API3200，用稀释10倍的PPG标准溶液；API4000用稀释50倍的PPG标准溶液；API5000用稀释60倍的PPG标准溶液。b.把配好的质量校准溶液吸入针筒，开针泵进行连续进样：b-1对API2000、API3200，用整合在仪器上的针泵，在Analyst软件中用syringepumpmethod进行设置，输入流速5或10，确认单位是uL/min，设定使用的针筒的内部直径尺寸：1mL针筒内径为4.61mm。点击StartSyringe，开针泵。b-2对API3000、API4000、API5000，用独立外置的针泵，设定流速5或10，确认单位是uL/min，设定使用的针筒的内部直径尺寸：1mL针筒内径为4.61mm。按Start开针泵。c.调整离子源喷雾针位置，保证喷雾流边缘距气帘挡板孔大于2mm，运行几分钟平衡。d.PPG稀释液的配制：准备二只烧杯：1、一杯中放49.9毫升水，加15.4毫克乙酸铵，轻摇使之完全溶解2、另一杯中放49.9毫升甲醇，加0.1亳升甲酸，再加0.1毫升乙腈3、确认乙酸铵己完全溶解后，把溶液1和溶液1混合在一起昀终浓度：50甲醇/50水0.1%甲酸0.1%乙腈2mM乙酸铵e.PPG3000稀释液的配制：准备二只烧杯：1、一杯中放49.9毫升水，加385毫克乙酸铵，轻摇使之完全溶解2、另一杯中放49.9毫升甲醇，加0.1亳升甲酸，再加0.1毫升乙腈3、确认乙酸铵己完全溶解后，把溶液1和溶液1混合在一起昀终浓度：50甲醇/50水0.1%甲酸0.1%乙腈50mM乙酸铵1-3采集PPG标准品质谱数据在质谱参数设置及运行窗口中回到MSmethod。点击Start，用MCAON方式采集10Cycles。数据采集时在窗口下部出现二个实时数据图：左边TIC(总离子流图)，右边质谱图。在右边质谱图中按鼠标右键出现一菜单，选菜单中Openfile：得到一张几个不同扫描区的独立质谱峰的质谱图：Analyst软件基本操作培训教程第11页共104页点亮其中一个PPG质谱峰的图(此图边上会加兰框)，然后在Tools菜单中选CalibrateFromSpectrum(或在工具条下点击Calibratefromspectrum钮）出现MassCalibrationOptions窗口：Analyst软件基本操作培训教程第12页共104页应保证PeakSearchParameters下的参数与上图相同。从Standard.选择合适的标准品类型PPGsPos(正离子)或PPGsNeg(负离子)，校准的目标Instrument是Q1还是Q3，目标分辩率Resolution是单位分辨率Unit(半峰宽0.7士0.1amu)、还是高分辨率high(半峰宽0.5士0.1amu)，正在校准的Polarity是正离子还是负离子，会自动与你的采样方法中的设定一致。右下部是这次要校淮的标准质谱峰的理论质量数，如果得到的数据峰个数或质量峰与此不符则要修改这个校准表：点击Edit出现ReferenceTableEdit窗口。此表列出了所有可用于校准的PPG峰的理论质量，右边打勾的表示选中用于作为校准点，允许你加选或去除表中的PPG校准点，重新选择后必须按UpdateRef，才能完成重建一个新的校准点表。Analyst软件基本操作培训教程第13页共104页1-4质量校准数据计算关闭ReferenceTableEdit窗口，回到MassCalibrationOption窗口。点击Start对已采集到的PPG数据进行校准计算，得到结果图：结果图中有三栏:上栏显示此次校准与理论值的质量偏差(massshift)，中栏显示所有PPG校准峰的半峰高宽度(FHWM)，下栏显示此次校准与上次校准所有PPG校准点峰强度变化的百分比。也可打印第二份更详细的校正表包含ExpectedMass、FoundMass、MassShift、PeakWidth、PeakWidthShift、IntensityChangeandDAC等信息。把此次与仪器安装期间的校准数据进行比较，看强度是否有明显变化。如果仪器运行正常，所有离子强度变化应在15%内，所有PPG离子的峰宽变化应在0.1内，若个别离子峰宽变化大于0.1，应进行手动调整：Analyst设定单位分辨率为0.7士0.1amu，高分辨率为0.5土0.1amu，以上两种分辨率均可达到同位素峰分离；低分辨率模式约为1.1amu，此时采集的数据是低同位素峰或无同位素峰分离。高分辨率和单位分辨率必须分别做质量校准。低分辨率质量校准曲线同单位分辨率一样，不用单独做质量校准。1-5手动调整分辨率如果某些PPG峰宽超出分辨率范围，应进行手动调整。关闭质量校准窗口回到质谱参数设置及运行窗口。点击Resolution标签，找到Advanced按钮，出现ResolutionTable含有校正的PPG离子质量数和相应的DCOffsets值（下图），调整Offset值会影响分辨率，如增加offset值，会增加离子在四极杆中的循环数、离子强度会降低，但峰形更窄、分辨率更好。对Offset值进行细微调整如每步变化0.003，分辨率偏小减小offset,分辨率偏大增加offset。改变offset值以后按Apply钮，并在开始采数据时按Yes确认要保存这些修改。再采集数据（10scans，MCAON）然后再校准，确定分辨率是否有改善(如1-3及1-4描述)。重复此步骤，直到所有离子合乎分辨率范围。Analyst软件基本操作培训教程第14页共104页1-6质量校准当offset值设定合适，所有PPG离子的分辨率在范围内后，进行昀后的质量校准。再采集一次PPG校准数据并计算分辨率及质量偏差(重复1-3及1-4)。如所有离子的质量偏差在士0.1amu范围内，新的校准应视为通过，不用重新校准。如有离子的质量偏差超出0.1a