gaussview.ppt

•Gaussview是一种绘图工具，可以帮助用户输入Gaussian文件，检查输出文件的图形。Gaussview主要有以下三个用处：•1、大分子的构型，并通过简单的鼠标操作旋转，转换和移动分子。•2|、Gaussview可使Gaussian输入文件的建立变得非常简单，Gaussview拥有先进的可视化工具，可使用户迅速画出包括各种常规的计算任务和高级方法的计算。•3、Gaussview提供了一系列绘图工具检查Gaussian的计算结果。Gaussview基础•这些Gaussian计算结果包括：•优化的分子构型•分子轨道•电子密度面•静电势能面•磁学性质面•原子电荷•简振模式振动频率的三维图形•IR,Raman,NMR,VCD及其他光谱•集合构型的三维图形，IRC反应路径，势能面扫描，ADMP和BOMD曲线鼠标动作•左键•单击-选择或插入•向左/右拖动-绕Y轴旋转•向上/下拖动-绕X轴旋转•中键•拖动-移动分子•右键•向左/右拖动-绕Z轴旋转•向上/下拖动-放大或缩小分子•在空白区单击-显示快捷菜单GaussView的工具栏点击工具栏中的分子片断，currentfragment窗口会显示相应的构型及名称。•File选项•New打开新窗口•New-CreateMolgroup打开新的空窗口•New-AddtoMolgroup在当前活动窗口添加新窗口•Open打开文件•Save保存当前视窗的分子构型•Print打印当前视窗的分子构型•SaveImage制作当前视窗图形文件•Preferences修改Gaussview的默认选项•Exit关闭所有Gaussview窗口并退出•Eidt选项•Undo撤销输入，保留此前的输入•Redo撤销Undo操作•Cut剪切当前选项到剪贴版•Copy复制当前选项到剪贴版•Paste从剪贴版复制到当前模型•Paste-ReplaceMolecule移动当前分子到剪贴版•Paste-AppendMolecule将剪切版中的分子粘贴到当前窗口•Paste-AddtoMoleculeGroup在当前视窗中添加新窗口，并将剪切版中的分子粘贴新窗口•Delete删除当前选项•Imagecapture复制当前窗口到剪贴版•Atomlist编辑分子坐标及参数•Redundantcoordeditor对Gaussian中Modredundant选项指认冗余内坐标•Connectioneditor指认两个相关分子间原子的联系（如OST2和OST3输入文件）•Selectlayer对ONIOM计算将原子分层•Pointgroup指认、确定当前模型的对称性•PBC创建和修正周期性结构的晶格单元•MOs观看，并对分子轨道站举行进行重新排序和修正•Symmetrize对当前模型应用分子点群对称性•Rebond以间距算法为基础确认原子间距离•Clean根据默认的规则调整分子几何构型•View选项•Addnew-创建含有当前窗口分子的独立新窗口•Center-分子居中•Builder-关闭/打开工具栏•Hydrogens-控制氢原子的显示•Lables-显示原子标号•Symbols-显示原子种类•Bonds-显示化学键•Synchronize-同步处理•CartesianAxes-显示直角坐标系•DisplayFormat-显示设置•元素板块•在周期表中选择元素种类，以及原子的成键方式•端基板块提供了一些列已经过AM1方法优化的端基碎片，默认端基为羰基。•环形板块提供了一系列AM1方方优化后的环形结构，默认环为苯。•生物分子下拉菜单可选择所需的是氨基酸或核苷。•当选择氨基酸时，左边下拉菜单可选择氨基酸种类，右边下拉菜单选择分子片断作为中间部分、氨基端或酰基端。这样就制定了氨基酸的种类。•当选择核苷时，左边下拉菜单选择DNA的种类。使用InquireMode按钮，单击原子可查询分子结构信息。所选择的原子不需要直接相连。选择原子个数与所得信息1：原子种类的原子序数2：键长（原子间距）3：键角4：4-3-2-1所成的二面角BondSmartSlide对话框可以测量原子间距，并能够显示原子间键的类型，可以拖动划块改变原子间距，也可以在文本框中直接输入数字。在此窗口中，可以直接改变键的类型，而不影响化合价。BondSmartSlide对话框也可以在没有化学键相连的原子间添加化学键。当对话框打开时，可通过单击选择所需要的化学键类型。同样也可以取消原子间的化学键。•Displacement选项指认当键长改变时，原子所连接的基团的变化。•TranslateAtom：只移动原子，所连接基团的位置不变。•TranslateGroup：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。•Fixed：不允许原子或基团移动（只移动其他原子）•添加和删除化合价•TheAddValenceButton可以在指定中心原子上添加氢原子改变化合价。要求添加的氢原子与其他和中心原子相连的基团的距离达到最远。同样，TheDeleteAtomButton删除原子降低化合价。使用时会删除所选原子以及与其相连的氢原子，也可用来删除悬空的键。•TheAngleanddihedralSmartSlide•下图为测量键角的对话框，二面角对话框与其类似，但displacement只能选择原子1和原子4。•Displacement选项指认当键角改变时，原子所连接的基团的变化。•RotateAtom：原子位置改变，所连接基团的位置不变。•TranslateGroup：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。RotateGroup：原子所连接基团的位置随原子改变（即看作一个整体）。Fixed：不允许原子或基团移动（只移动其他原子）•CleanStructures•Clean按钮和Edit-Clean选项：按照一套默认规则调整分子构型。一些非经典的构型，如过渡态需要进项调整。调整后的构型只是近似结果。•RebondingStructures•Rebonding按钮和Edit-Rebond选项：以间距算法为基础确认原子间距离，Gaussian不用屏幕所显示的键长信息来计算，这些信息是为了便于我们观看。ImposingSymmetry对话框•ImposingSymmetry•Enablepointgroupsymmetry：使Gaussview图形具有对称性。•Constraintosubgroup：选择一个点群以限制结构变化。•For：选择Allchanges保证结构改变是保持对称性，选择None取消对称性限制。•Approximatehigher-orderpointgroups：允许应用更高级的子群。•Tolerance：当结构参数等与此数时降低对称性。•Symmetrize：对分子强加所选的对称性。•Alwaystrackpointgroupsymmetry：当结构变化时，不断计算分子所属点群，此选项与对称性限制为None联合使用，当改变键长的结构参数时，可以看到对称性的变化，通常来说，只有参数的改变完成后，对称性才会发生改变，对一些大的体系，此选项可能导致反应时间明显变长。•工具栏中的Symmetry和Edit-Symmetry菜单选项，会立即对所选分子强加可确认的最大点群。对称性由PointGroupSymmetry中Tolerance设置决定（或是默认Normal）。