★序章游戏一开始,按惯例挑选、设定自己喜欢的主角,其中生日及血型对角色的能力有着很大的影响,在此提供两个最佳生日:10月20日O型血(适合主角),11月11日B型血(适合恋人)。前者一开始就有“努力”和“幸运”这两个最实用的精神指令,并有“勇者”的特殊能力,之后更有“奇迹”;后者则具备“奇袭”、“期待”、“舍身”、“战栗”、“大激励”以及“SP回复”这些回复、援助系能力。另外,1月19日O型血及11月14日B型血也很不错,前者的能力是“补给”、“再动”、“复活”、“爱”、“觉醒”、“铁壁”、“SP回复”;后者的能力是“手加减”、“铁壁”、“扰乱”、“友情”、“再动”、“大激励”、“SP回复”。人类进出宇宙已达2个世纪了,期间渐渐地分裂为2大势力:地球联邦政府、宇宙殖民卫星。原本殖民卫星亦是归属于联邦的管辖内,但是随着时光的流逝,殖民卫星开始独立起来,并产生了基奥公国。新西历179年,基奥军与联邦军之间爆发了大规模的战争,被称为一年战争。在最后的星一号作战时,由L5宙域至地球的南亚塔利亚岛落下一艘神秘的巨大战舰,令战争打上了休止符。比安·佐尔达克博士从中窥见到异星人的存在及隐患,他利用异星人的技术成立ETO机关及DC,并在联邦的支持下以2艘巨大宇宙战舰为中心建立了SDF部队。“人类已经无路可退了!”比安博士的警告并未令地球圈统一起来,新西历187年,新基奥再度崛起、联邦成立了对殖民卫星的特殊部队泰坦斯和OZ、恐龙帝国和妖魔帝国又开始活动,各种组织皆蠢蠢欲动。然而没有人知道,早在一年以前,位于遥远的第十行星雷王星,SDF部队零号舰EXCELION遭遇到大量宇宙怪兽、以及被称为“监察者”的???帝国军……★第一话钢铁のコクピット/钢铁的驾驶舱(超级系)日本东城学院,放学后主角与其恋人、甲儿走在一起,正在讨论考试等事情,此时突然传来警报声,阿修罗男爵带着机械兽来袭。甲儿匆忙去取自己的飞行机,主角和恋人正待躲避时,一架军用运输机被阿修罗男爵击落,正落在他们身边。在这场飞来横祸中,主角失去了恋人的身影,此时脑海中感应到坠落的运输机内有什么在呼唤着他,便上前查看。原来是一台蓝色的巨大机器人,于是主角便钻入驾驶舱内迎战敌人。(此时选择第二项,不要查看基本战斗方法,便可提升熟练度。另外,如果先前选择去找恋人的话,就不能在一开始出场了。)作为第一关并不难(事实上本作的难度偏低),敌人的运动性很低,基本上无法命中主角的格伦加斯特贰式,再加上主角机拥有念动防护盾,运气好的话可以无伤过版。第三回合时,甲儿驾驶飞行机增援,阿修罗男爵会以他为攻击目标。此时主角应将几个喽罗收拾得差不多了,攒足了气力值便可用大技来收拾阿修罗男爵。★第一话バニシング·トル-バ-/消失的骑兵(真实系)主角和恋人乃ETO伞下玛琳企业的驾驶员,此次奉命运送一编号为“RTX-010”的柯修拜斯特mk2前往月球。主角对此任务抱有怀疑,因为自己才接受训练没多久便被提升为候补驾驶员,再加上以前听说柯修拜斯特曾引起事故,之后该被人冠以“VANISHINGTROOPER”(消失的骑兵)这一不祥的绰号。虽然一心期望平安无事,但运输船还是遭到了不明的袭击,混乱中主角乘上柯修拜斯特被弹出运输船,在他脱离的瞬间,运输船爆炸了,与其恋人就此失去了联络。接着,主角发现前方有一队泰坦斯的MS,领头的雅桑下令夺取柯修拜斯特,于是战役就此展开(如超级系相同,选择不要确认操作说明即可提升熟练度)。敌人中只有雅桑比较难缠,其余的小喽罗不足为惧。再加上到了第二回合,黑肯的亚加玛、柯瓦特洛(夏亚)的利古迪亚斯、蕾歌娅的美塔斯等皆前来增援,应可轻松过关(基于原创故事的情节,大家想必会猜到有些人物将来是要离队的,比如蕾歌娅,所以培养角色时请注意。而本作中夏亚是不会逆袭的,大可放心培养)。★第二话マジンガ-Z绝体绝命/铁甲万能侠陷入危机(超级系)失去了恋人的下落,又带着格伦加斯特贰式,主角不知该如何是好,便与甲儿一同返回光子力研究所。此时,普洛肯男爵瞅准甲儿不在的机会攻打研究所,于是弓清华的爱美神及波士的大铁牛出击迎敌。当然无法指望这两人能击退敌人,只要让他们守住研究所即可。到了第三回,主角和甲儿登场负责对付敌主力。期间,甲儿是可以回研究所与铁甲万能侠合体的。不过,若以飞机状态过关是可以增加熟练度的。所以大家不妨先合体,等只剩下一个敌人时再分离。★第二话黑いガンダム/黑色的高达(真实系)主角被亚加玛所救后,暂时与反地球联邦组织艾干一同行动,他们接下来的任务就是前往泰坦斯的基地夺取其新型MS。此时在殖民卫星青色二号上,一段熟悉的剧情发生了:卡缪与花园丽一同前往港口,途中遇到捷利多,因为名字的关系双方争吵起来,结果卡缪被饱以一顿老拳。出于对泰坦斯的怨恨,主角与柯瓦特洛一同去夺取敌方的GUNDAM-MK2。在第二回合内赶到一台无人驾驶的MK2前即可提升熟练度,夺下该机后,第三回合时卡缪坐上去并向加克宁哥发起攻击。然后只要让卡缪往后退一退,主角与柯瓦特洛快速插上即可。结束战斗后,选择“ブリ-フィングルへ行く”,将关系到以后是否能取得G-3。★第三话ゲッタ-チ-ム出击せよ/盖塔队出击(超级系)主角突然感应到远处有敌人存在,便与甲儿他们一同赶往早乙女研究所。战斗一开始,盖塔队三机以分离状态迎击敌人,正好每个人消灭一个方向的敌人。然后等敌人的三个援军出现后,再合体分别以不同形态击倒敌人就能提升熟练度:盖塔1号VS空中的敌人,盖塔2号VS地上的敌人,盖塔3号VS水中的敌人。将这些机械兽打倒后,再度出现敌机,此时主角们亦赶到,只要在不让敌人接近研究所的前提下逐步消灭即可。★第三话ホワイトペ-ス救出/救出白色基地(真实系)应柯瓦特洛的要求,阿斯特纳治调查了主角的机体,发现其操作系统是类似脑波控制装置。接着,众人接到白色基地的求救信号,于是赶去救援。在出击前,主角感应到不祥的预感,此时如选择“出击せず样子を见る”,可提升熟练度,但主角要等第三回合敌增援出现后才能出击。此关中最棘手的敌人莫过于西洛克,不过他会在第6回合或HP降至80%以下时退却。★第四话ジオン再临/基奥再现(超级系)众人来到联邦军的极东支部见过冈长官,从他口中得知主角的格伦拜斯特贰式乃ETO开发的新机体,但一直没有找到合适的驾驶员。如今基奥军再度抬头、地球圈形势恶化的情况下,冈长官便让主角成为格伦拜斯特的测试驾驶员,其关系属于光子力研究所。主角正在犹豫间,突然传来基奥军来袭的消息,于是众人出击迎战(如果先前选择了“もう少し考える”的话,主角不会马上出击)。此时如果熟练度为3以上的话,主角会遭到黑色三连星的挑战,在三回合内击倒任何一架黑色三连星,熟练度就会提升。接着出现一大堆机械兽,这种笨拙的敌人应该不是对手。★第四话死神と呼ばれたG/被称为死神的高达(真实系)布拉度成为亚加玛的舰长后,探测到泰坦斯的信号,于是便赶去看个究竟,谁料正撞见法克斯与茜玛在秘密会晤。茜玛急忙离开,剩下来就要对付法克斯了。这关中有个人物要说得,那就是爱玛,只要让卡缪上前即可,还能因此提升熟练度。第三回合时,迪奥驾驶着死神高达登场,他会以泰坦斯为目标来与玩者抢经验值。而敌人的母舰HP降至70%以下时便会撤退。战斗结束后,迪奥出于监视艾干的目的,加入队伍。★第五话シ-クレット·ナンバ-ズ/秘密号码(超级系)返回极东支部的途中,主角再度感应到敌人(比雷达还管用),于是赶过去一看,发现勇者雷丁的两名成员正遭到化石兽的围攻。这一关敌人挺多的,会不断地在北、东、东南出现增援。我方的增援会在第四回合于东北方的小岛出现,那就是隶属ETO“SRX计划”的R-1(伊达隆圣)、R-2(莱)、R-GUN(英格拉姆)。主角见到R-GUN,立刻产生一种奇怪的感觉,而英格拉姆似乎亦早就知晓主角的事情。(事先提醒一下,这位《SUPERHERO大作战》的主角是千万不能培养的!否则后果自负!)战斗结束后,还没怎么聊(虽然隆圣这个机器人迷看到铁甲万能侠与盖塔等非常激动,甚至还拿照相机要留影),英格拉姆就带着两个手下离开了。★第五话ジオンの亡灵/基奥的亡灵(真实系)从爱玛处众人获知法克斯用毒气对付反抗泰坦斯的殖民卫星,于是决定追击至地球。但是当亚加玛准备降落地球时,却遭到基奥的马克白军攻击。如果熟练度在3以上的话,主角会遭受黑色三连星的时间差攻击。本关强制7回合结束,所以如果在7回合内干掉马克白的母舰,就能提升熟练度。★第六话ア-ガマ击坠命令/击坠亚加玛的命令(超级系)回到极东支部,众人获悉基奥军大量降落地球,而且集中在南亚塔利亚岛,还接到泰坦斯的指令,说有一支敌军靠近这里,要主角他们去歼灭。此时应选“敌だと思う”,才能提升熟练度。于是,赶到现场的主角们与亚加玛打了起来,迪奥率先冲出来。此时应不要还击,两回合后,基奥的马修曼率军杀到,亚加玛成为味方一同抗敌。战斗结束后大家相聚一起,察觉到泰坦斯有意让极东支部与艾干互相残杀。另一方面在机库里,甲儿看到死神高达居然说很象机械兽,迪奥听了立刻很生气,甲儿连忙道歉。这时,盖塔队三人走过来:“噢!看啊!那个很象机械兽的高达!”“真的呢!还拿着大镰刀!”迪奥差点气疯了。★第六话对决、极东基地(真实系)亚加玛降落至极东支部附近,与甲儿他们遭遇并发生口角。主角可以选择是否阻止迪奥,不阻止的话就要与甲儿他们打一会儿,然后再与马修曼战斗。基本上这一关与超级系是相同的。★第七话レッツ!コンバイン/合体!电磁侠(共通)又是非常熟悉的一话,在南原研究所,豹马他们前来报到,接着开始训练并遭到敌人攻击。因为敌人相距甚远,最初根本无须动弹,等到了第五回合合体成电磁侠后再行动也不迟。此时,亚加玛前来增援,正好离大将军加鲁达不远,可以一鼓作气收拾他。★第八话出击!その名はジャオアント·ロボ/出击!它的名字叫大铁人(共通)在战斗开始前,主角可选择与甲儿同行,这样能提升熟练度。初始与原作很相似,银铃他们带着安西博士逃脱BF团的追击,然后草间大作开着大铁人出现迎战维新龙·晓。这次大铁人被设定的很强,再加上武器不太耗费EN及弹药,虽然被围攻但也能取胜。在第二回合时,主角及甲儿登场援护,然后待亚加玛也赶到时,合力收拾伊汪的乌拉艾尼斯。★第九话岚を呼ぶ者/呼唤暴风的人(超级系)★第九话未知なる灾い/未知的灾害(真实系)这一话其实超级系与真实系并无多大分别,只有敌人出现场所略有些不同而已。且说众人回到极东支部,主角获知SRX计划是为了对抗外星人而设立的,且该计划的负责人乃是白河愁!接着,一股奇怪的冲击波传来,众人赶过去一看,原来是安藤正树的CYBASTER。当然此时的亚加玛众人并不认识正树,虽然是至今为止从未见过的机体类型,但主角察觉到对方并非敌人,而且紧接着外星人监察者的无人机及机械兽亦陆续过来搜集资料,于是主角们就要一边保护CYBASTER,一边击退敌人了。途中,英格拉姆也会驾驶着R-GUN跑来凑热闹,他似乎早已从白河愁处知晓魔装机神的事情。战斗结束后,正树向众人打听白河愁的事情,然后马上就离去。亚加玛则要选择是前往南亚塔利亚岛阻止基奥军(分支A1),还是去查布罗阻止泰坦斯夺取联邦总部(分支A2)。★第十话目觉めよ、勇者/觉醒吧!勇者(分支1A)众人决定往南亚塔利亚岛去后,极东支部接到SOS。此时如选“こっそり出击する”便可提升熟练度。原来是夏京率兵攻打姆研究所,而勇者雷丁还在沉睡中。一开始,只能以丽与神宫寺两人迎击,所幸敌人并不很强,基本上一枪一个。到了第二回合,SRX小队前来增援,第四回合时雷丁就能觉醒,击退夏京便告结束。★第十话アムロ再び/阿姆罗再来(分支1B)在前往查布罗的途中,柯瓦特洛、卡缪和主角前去一基地解救被软禁在那里的阿姆罗。如果熟练度至6,先前又选择了“ブリ-フィングルへ行く”,阿姆罗就会驾驶G3登场,否则他只能开略差的RX-78。将首批敌人消灭或踏入基地后,敌方便有增援出现,其中亦有强化人露莎美,不过此时并不能说得她,大可放心地将其击坠。★第十一话ガンダム强夺/高达强夺(分支1A)这一话的初期基本上是高达0083的剧情再现,“所罗门的恶梦”贾图袭击联邦军在澳洲的基地,夺取了携带核弹的GP-02,考则驾驶着GP