耐药细菌基因组测序结果分析流程

耐药细菌基因组测序结果分析流程Illumina测序的短读序Reads1.拼接AssemblySpadesStatisticswithoutreferencescaffolds#contigs93#contigs(=0bp)151#contigs(=1000bp)69Largestcontig346920Totallength5297568Totallength(=0bp)5309406Totallength(=1000bp)5280561N50236790N75102743L509L7517GC(%)55.091.拼接Assembly组装后的ScaffoldNODE_1_length_346920_cov_44.5967_ID_1TTCGCCTTACCCGGCCTACGATCGCACTTTATTTGTAGGCCGGGTAAGGCGAAGCCGCCACCCGGCAAGTGTTTATTTAAACCCTACCACCGGATGCTGCTGATACGGCGTCTCCAGCTCGGCAATCTGCTCCGGCGTCAACGATAAGTCCACCGCACTTAACAACTCATCCAGCTGTTCTTCCCGCGACGTGCCCACAATCGGCGCGGCGACACCGCGCTTGCTCAGCAGCCACGCCAGCGCCACCTGCGCGCGCGTTGCACCGATATCGTCGGCGATCCCGGCTAAGCGTTCGGCAATTAACGCATCGCTGGCTTCTGTATCGTCATACAGGTTTTTACCCACTTCATCCGATACCAGCCGGGCGGTAGTTTCCCCCCACGGACGGGTTAACCTTCCGCGCGCCAGCGGGCTCCACGGGATCACCGCCACGCCTTCCTGGTAGCAGAGCGGCAGCATCTCGCGCTCTTCTTCCCGGTAAATCAGGTTGTAGTGATCCTGCATAGTGACAAAGCGCGCCCAGCCGTGCTGCGCCTGGAGATCGAGCGCCTGGGCAAACTGTGAGGCATGCATGGACGATGCGCCGATGTAGCGCGCTTTACCGGCTTTCACAACGTCGTTTAACGCTTCAAGCGTCTCTTCGATCGGGGTGTTGTAATCCCAGCGGTGGATTTGCAGCAGGTCGACGTAATCCATGTTCAGGCGTCTGAGGCTGTCATCAATGGAACGCAGGATCTGCGCGCGAGAAAGGCCTTCCGCCAGATCGCCTGACGGGTAGTACACCTTAGTGGCGACCACAATATCATCACGACGAGCAAAATCTCGCAGGGCGCGGCCCACAATCTCTTCGCTGCTGCCGTCTGAGTAGCTGTTGGCGGTATCGAAGAAGTTGATGCCGCCGTCAATGGCGCGCTTGATGATAGGGCGGCTGCTCTCTTCCGGCAGCGTCCAGGCATGATTTCCCCGGTCAGGCTCGCCAAACGTCATGCATCCCAGGCAAAGCCGGGACACCTTAAGGTCCGTTTTTCCTAATGTCGTGTATTGCATGGTTCCGCTCCTGCTGTTTAAACAATACGTTTAAGCATAGCAGGAGCAGAAAAGGGGAGGGATCAGGCCAGCCAGGTGCGGATTTTAGCTTCGATACCGGCGGCGTCCAGACTAATGTCGGCGCGCGCCTCATCCTGGGTGCCTTGCGGGATGAAGTGGTCAGGGAGGCCGAGATTAAGCACCGGAACGGCTTTACGGTTCGCCATCAGCACTLOCUSTransfer.ordered_gi.662712225.gb.CP005321794bpDNAlinear08-DEC-2014DEFINITIONGenusspeciesstrainstrain.ACCESSIONVERSIONKEYWORDS.SOURCEGenusspeciesORGANISMGenusspeciesUnclassified.COMMENTAnnotatedusingprokka1.7.2from=Genusspecies/mol_type=genomicDNA/strain=strainCDS627..1334/gene=pdhR_1/locus_tag=I_00001/inference=abinitioprediction:Prodigal:2.60/inference=similartoAAsequence:UniProtKB:P0ACL9/codon_start=1/transl_table=11/product=Pyruvatedehydrogenasecomplexrepressor/translation=MPLSAQQLAAQKNLSYVLAEKLAQLILAGKYAPGSILPSEMELGDQFGVSRTAVREAVKTLTAKGMVLPRPRIGTRVMPQGNWNFLDQELLTWWMTEDNFNQVVDHFLVMRSSLEPQACLLAATLGTAEQKAQLNTLMEEMVDLKKHFNRERWIAVDMAWHEHIYNMSGNPFLTSFASLFHSVYHTYFTSITQDEVVKLDLHQAIVDAIQESDGQRALSACQALLAAPTHQQVNKCDS1331..2764/gene=hsrA_1/locus_tag=I_00002/inference=abinitioprediction:Prodigal:2.60/inference=similartoAAsequence:UniProtKB:P31474/codon_start=1/transl_table=11/product=High-copysuppressorofrspA2.注释AnnotationProkka产生gbk和sqn等文件位于加拿大的BASys2.注释AnnotationBASys注释基因的利器Artimis主界面Artemis的主要用途1，基因注释2，基因预测3，基因比对ACT4，contigordering3.菌株信息1菌种鉴定Sequencetype序列类型（但不是所有菌种都有MLST方案）耐药基因毒力基因3.菌株信息4.菌株信息2Phylogeneticanalysis（进化分析），基于SNPHarvest软件5.菌株信息3独特基因分析（所测序的菌株是否有与其他菌株没有的独特基因）Gegenees软件6.质粒信息Replicontype（复制子类型，Inc）pMLST（质粒的多位点序列分型，只针对F、I1、H和N等少数几种）Illumina测序常无法给出质粒的全序列，而是数个片段，而细菌中可能会有多个质粒。拼接完整的质粒全序列需要做PCR和普通测序来补洞测序不能告诉质粒是否为接合性，需要接合实验验证15.033.548.563.582.097.0112.0130.5145.5160.5179.0194.0209.0227.5242.5M100186286118157224M134085250101098MS1酶切后PFGE用以估计质粒大小7.耐药基因的基因环境找到耐药基因所在的Contig或ScaffoldBLAST找到相近结构，以此为模版，用PCR拼接不同的Contigs细菌基因组学在感染和感控中的应用调查暴发（如海地霍乱、埃博拉、NIH临床中心KPC）明确病原学诊断（如肝移植后柯萨奇病毒感染、神经梅毒等）找出耐药基因，协助临床抗菌药物合理选择追踪病原体在体内的长期进化（如囊性纤维化患者的铜绿假单胞菌）解析优势克隆的起源和成因（如ST259肺克、ST131大肠）近期的进展1长读序测序平台BioPACMinIon近期的进展2深度测序——临床标本直接测序找病原体总结1，基本投入，工作站。Linux系统2，几种软件的用途。3，实验设计的着眼点。4，资源站点：wellcometrustsangerinstituteCambridgeUniversity