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感染性疾病的鉴别诊断细菌感染所致的感染性疾病占首位；病毒性感染在人群中的发生率最高，但不一定致病；真菌感染的发病率近年来显著上升；寄生虫，如隐孢子虫、卡氏肺孢子虫、滴虫等感染开始受到普遍关注。㈠细菌感染的检查1、涂片检查通过显微镜观察有无病原体及其大致数量，病原体形态、染色特征等，可以迅速作出初步诊断，如痰中的抗酸杆菌和脑脊液中的脑膜炎奈瑟菌等。⑴不染色标本的检查不染色标本一般用于观察细菌动力及运动情况。细菌未染色时呈无色透明，在显微镜下主要靠细菌的折光率与周围环境不同进行观察。⑵染色标本的检查①单染色法可观察其形态与排列、大小及简单的结构，但不能显示细菌染色特性。②复染色法可根据染色反应及着色深浅鉴别细菌的种类，故又称鉴别染色法。2、分离培养与鉴定⑴分离培养：①增菌培养：大部分细菌在24~48h内培养生长良好。②分离培养：划线接种到合适的选择性或非选择性固体培养基表面，使许多原先混杂的细菌在固体培养基表面分离，一般经过18~24h培养后形成由一个细菌繁殖而来的细菌集团—菌落（colony），供细菌计数和纯培养用。挑选单个菌落，转种至另一培养基中，生长出来的细菌均为纯种，称为纯培养（pureculture）。⑵鉴定：自动化细菌鉴定与药敏试验系统，可简便、快速、准确地鉴定各种分离培养的细菌，并同时完成抗菌药物的敏感性试验3、分子生物学诊断PCR技术直接扩增病原体基因的保守序列，配合DNA探针杂交、DNA序列分析、基因芯片（genechip）技术等，检测临床标本中或分离培养物中细菌的核酸，⑴细菌的快速鉴定：几乎所有致病菌的基因都可直接从标本中进行扩增后检测而不受非致病菌的影响，尤其是对分离培养比较困难的细菌（如结核分枝杆菌）更具特殊意义。⑵细菌的分类鉴定：通过对两菌株DNA杂交百分率判断其同源性，若＞70%为高度同源性，基因组差别很小；如果两菌株DNA杂交百分率＜25%为非同源性，两者不相关。⑶细菌毒素的检测：细菌的特异性毒素基因序列决定所产生毒素的种类，可用PCR扩增特异的毒素基因片段或直接用其特异性毒素基因探针检测致病菌的毒素基因⑷细菌耐药性检测：通过扩增细菌的耐药基因或直接用耐药基因的探针检测标本中或纯培养细菌有无耐药基因⑸流行病学调查：通过分析流行菌株基因的同源性，可作为流行病学或医院感染流行菌株调查的依据。㈡病毒感染检查1、病毒的形态观察：光学显微镜下只能观察到大型病毒（如痘病病毒）和病毒感染后人体细胞胞质或胞核内出现的包涵体，根据包涵体的特点，如巨细胞病毒感染后可在上皮细胞的核内周围绕有一轮晕似“猫头鹰眼”样的嗜酸性包涵体；电子显微镜可直接观察到临床标本或培养物中有特征性的病毒颗粒，如轮状病毒、疱疹病毒、冠状病毒等。2、病毒抗原检测：用免疫荧光或免疫酶等技术检测标本中的特异性病毒抗原，如血清中的乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）等。3、分子生物学诊断⑴病毒感染的诊断及疗效观察⑵病毒的基因分型⑶流行病学调查4、病毒培养：病毒的分离培养与鉴定比细菌更为复杂，一般实验室较少开展。㈢其他病原体感染的检查1、真菌感染的检查真菌（fungus）为真核细胞微生物。浅部真菌，如皮肤癣菌感染，直接涂片显微镜检查可见菌丝及孢子。真菌的培养要求低，但真菌繁殖一代时间较长，分离培养至少需要4周。根据真菌培养的菌落形态、菌丝和孢子、染色特点、生化反应可以进行鉴定。真菌的抗原检测可检查血清和脑脊液中隐球菌、念珠菌及假膜组织胞浆菌感染。分子生物学诊断在真菌感染的检查中应用较少，PCR与基因探针技术联合用于卡氏肺孢子菌感染.2、寄生虫感染的检查检查出寄生虫病原体是确诊寄生虫感染性疾病的最直接依据。涂片检查虫卵、虫体、包囊等是目前最可靠的确诊方法。例如，血涂片检查疟原虫，粪便涂片检查各种蠕虫卵、肠道原虫的滋养体和胞囊，阴道分泌物涂片检查阴道毛滴虫滋养体。部分较大的虫体，如蛔虫、绦虫节片等肉眼可以识别。3、螺旋体感染的检查螺旋体（spirochete）是一类细长、柔软、弯曲呈螺旋状、运动活泼的原分子生物学诊断螺旋体感染有一定意义，用PCR扩增可检出10条以上的钩端螺旋体。4、支原体感染的检查支原体（mycoplasma）是一类缺乏细胞壁、高度多形性的最小原核细胞型微生物。革兰染色时支原体不易着色，直接涂片检查无临床诊断意义，一般以分离培养进行鉴定。PCR结合核酸杂交试验与序列分析，可以敏感、快速诊断各类支原体感染。5、衣原体感染的检查衣原体（chlamydia）是一类专性细胞内寄生的原核细胞型微生物。涂片检查可在被感染细胞的细胞质内查到包涵体，有一定诊断价值。免疫荧光染色检查被感染细胞内的衣原体抗原，可以快速诊断衣原体感染和分型。6、立克次体感染的检查立克次体（rickettsia）是一类微小的杆状或球杆状的、除极少数外仅在宿主细胞内繁殖的微生物。免疫荧光染色可检查被感染组织标本中的立克次体抗原，PCR扩增产物分析可以敏感、早期诊断立克次体感染。