肠道菌群研究方案设计汇总

肠道菌群研究方案设计汇总研究菌群与疾病，从整体上看，无外乎三种模式：关联关系探究、因果关系探究和应用菌群干预疾病的研究。其实这三点即独立也相互关联。一、疾病与菌群关联关系类研究①特征菌群类研究此类研究目的主要是客观地描述人体菌群组成的特征，解释某种疾病或现象与其共生菌群的关系。研究思路：此类研究方法相对比较简单，设立疾病组和健康组，通过大样本量对比研究，确定特定人群的特征微生物组成。目前此类文章已经发表了很多很多，几乎各种疾病与肠道菌群的关系都有涉及，如今想发高分文章，选题角度一定要新颖，而且一般需要的样本量较大，最好能再结合代谢组学等其他组学做多组学关联分析，在找到差异菌群的同时，对差异的代谢通路进行关联分析，这样文章相对比较容易上档次。②菌群影响因素类研究影响肠道菌群的因素有很多：遗传、生活方式、饮食习惯、运动、生活环境等都是影响肠道菌群平衡的重要原因。例如：对新生婴儿菌群组成影响因素的研究，比如分娩方式、孕期饮食、喂养方式（母乳、提前添加辅食、配方奶粉）、早产儿等，研究对婴儿肠道菌群影响的因素，对后续指导和维护婴儿健康有重要的作用。关联因果干预如：研究长寿人群家族肠道菌群特征研究目的严格明确研究对象范围样本收集16SrRNA或宏基因组测序研究方法二、疾病与菌群因果关系类研究①细菌功能验证及疾病机理研究潜在致病菌或有益菌的功能验证及疾病机理研究思路：1.确定一种或几种目标菌，利用动物实验对该菌进行验证，通过分析临床理化指标，探讨该菌与疾病的关系。2.收集处理后动物模型粪便样本，测序，探讨该菌如何影响肠道菌群致病或改善疾病；3.结合临床指标、理化结果、微生物结果，综合分析作用机制。②疾病的发生发展与菌群相关性研究研究思路：•设计健康组和疾病组，通过比较健康组和疾病组的微生物组成，找出疾病与健康状态下差异的微生物，结合临床指标，确定与疾病显著相关的微生物1.研究疾病是否与微生物有关联•研究是疾病的发生导致菌群失调，还是菌群失调促进了疾病的发展。•通过比较不同疾病进程目标样本中微生物的组成，研究随着疾病的发展，微生物的变化趋势，找出随疾病进程变化一致的驱动菌，继而确定微生物对疾病是否有促进作用2.研究疾病与微生物之间的因果关系•将患者和健康人的粪便菌群移植到无菌小鼠中，结合临床理化指标，观察患者菌群是否能促进小鼠疾病的发生和发展，研究小鼠菌群的改变以及菌群对其疾病的作用3.验证是否仅改变菌群就可以促进疾病的发生发展•利用细胞实验和小鼠模型进行验证，研究关键菌在疾病发生发展中的作用和机制4.研究菌群对疾病发生发展的促进作用是多个菌共同作用的结果，还是有关键菌在起主导作用•通过生信和统计方法构建疾病预测模型，研究微生物和传统疾病诊断方法对疾病的诊断效果，筛选出灵敏度和特异度都较好的诊断模型，确定最佳诊断疾病的单菌或混合菌标记物5.研究关键菌在临床应用的意义三、菌群干预类研究肠道菌群研究常用的干预手段：研究思路：1.研究治疗手段（不同药物干预、同药物不同剂量干预、干预不同天数、益生菌、粪菌移植等）对疾病的治疗效果（临床指标、理化指标等）。基于临床指标判断治疗效果。2.比较疾病组、疾病干预组、及健康对照组微生物组成的差异3.验证治疗手段是否是通过改变菌群后治疗效果至于具体的研究方法，其实现在研究肠道菌群的方法无外乎16SrRNA测序/宏基因组学测序+代谢组学，可以说这是目前最流行的做法了。代谢组学相对更接近表型，基因测序与代谢组学的结合，能够更全面的阐述深层次的机制问题。常规药物治疗中草药干预益生菌干预粪菌移植