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生物分类学要想弄清楚生物的分类，首先要理解几个基本的名词：1．原核细胞、原核生物：原核细胞（prokaryoticcell）没有核膜，遗传物质集中在一没有明确界限的低电子密度区，故只有原核或称为拟核。DNA为裸露的环状分子，通常没有结合蛋白，环的直径约为2.5nm，周长约几十纳米。细胞结构含有：荚膜(capsule)，细胞壁（mureincellwall），细胞膜(cellsurfacemembrane)，脱氧核糖核酸分子(circularDNA),中膜体（mesosome）或间体,thykoloid,核糖体（ribosome）,鞭毛(flagellum)等，没有叶绿体(chloroplast)、线粒体(mitochondrion)等细胞器(organelles)。没有恒定的内膜系统，核糖体为70S型，不进行有丝分裂(mitosis)和减数分裂(meiosis)、无丝分裂，脱氧核糖核酸(DNA)复制后，细胞随即分裂为二。不发生原生质流动，观察不到变形虫样运动。原核细胞构成的生物称为原核生物（prokaryote），均为单细胞生物，原核生物主要包括细菌、放线菌（Actinomycete）、支原体（mycoplasma）、衣原体（chlamydia）、立克次体（Rickettsia）和植物中的蓝藻门（Cyanophyta），是现存生物中最简单的一群，以分裂生殖繁殖后代。原核生物曾是地球上唯一的生命形式，它们独占地球长达20亿年以上。如今它们还是很兴盛，而且在营养盐的循环上扮演着重要角色。原核生物界至少包括4000种生物。蓝藻细胞结构图2．真核细胞、真核生物：真核细胞（eukaryoticcell）指含有真核（被核膜包围的核）的细胞。其染色体数在一个以上，能进行有丝分裂，还能进行原生质流动和变形运动。在真核细胞的核中，DNA与组蛋白等蛋白质共同组成染色体结构，在核内可看到核仁。在细胞质内膜系统很发达，存在着内质网、高尔基体、线粒体和溶酶体等细胞器，分别行使特异的功能。而光合作用和氧化磷酸化作用则分别由叶绿体和线粒体进行。植物细胞模式图动物细胞模式图由真核细胞构成的生物称为真核生物（eukaryote）。包括原生生物、真菌、植物和动物。3．非细胞生物：没有细胞结构的一类生物，包括病毒（virus）、类病毒（viroid）、朊病毒（prion）、拟病毒（virusoid）等。生物分类生物分类学是研究生物分类的方法和原理的生物学分支。分类就是遵循分类学原理和方法，对生物的各种类群进行命名和等级划分.瑞典生物学家林奈将生物命名后，而后的生物学家才用域(Domain)、界(Kingdom）、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)加以分类。种(物种)是基本单元。随着研究的进展，分类层次不断增加，单元上下可以附加次生单元，如亚门（Subphylum）、总纲(超纲)、亚纲（Subclass）、次纲、总目(Superoder、超目)、亚目（Suborder）、次目、总科(Superfamily超科)、亚科（Subfamily）等等。此外，还可增设新的单元，如股、群、族、亚属（Subgenus）、组等等，其中最常设的是族，介于亚科和属之间。总界（域）、界、门、亚门、总纲、纲、亚纲、总目、目、亚目、次目、总科、科、亚科、族、属、亚属、种、亚种。例如，现代人类中的一个黄色人种，就是可以分为：真核生物域→动物界→脊索动物亚门→脊椎动物总纲（超纲）→哺乳纲→兽亚纲→真兽次亚纲→灵长总目（超目）→真灵长半目→直鼻猴亚目→人猿次目→狭鼻下目→真狭鼻小目→人超科（总科）→人科→人亚科→人族→人属→人亚属→智人种→现代人种→黄色人种（蒙丁利亚人种）。三域系统三域系统是由卡尔·沃斯（CarlWoese）在1977年提出的生物分类﹐根据细胞墙结构和化学性质、细胞膜结构、新陈代谢功能的差异，将原核生物分成了两大类﹐起初称为真细菌(Eubacteria)和古细菌(Archaebacteria)。Woese依据16SrRNA序列上的差别﹐认为这两组生物和真核生物从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来﹐因此将三者各划为一类﹐作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。1990年，CarlWoese为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，又把三域目前这三域改称为细菌(Bacteria)﹑古生菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)。在细胞结构和代谢上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因转录这两个分子生物学的中心过程上，它们并不明显表现出细菌的特徵，反而非常接近真核生物。比如，古菌的转译使用真核的启动和延伸因子，且转译过程需要真核生物中的TATA框结合蛋白和TFIIB。古菌还具有一些其它特徵。与大多数细菌不同，它们只有一层细胞膜而缺少肽聚糖细胞壁。而且，绝大多数细菌和真核生物的细胞膜中的脂类主要由甘油酯组成，而古菌的膜脂由甘油醚构成。这些区别也许是对超高温环境的适应。古菌鞭毛的成分和形成过程也与细菌不同。与真细菌主要区别：1、形态学上，古细菌有扁平直角几何形状的细胞，而在真细菌中从未见过。2、中间代谢上，古细菌有独特的辅酶。如产甲烷菌含有F420，F430和COM及B因数。3、有无内含子(introns)上,许多古细菌有内含子。4、膜结构和成分上，古细菌膜含醚而不是酯，其中甘油以醚键连接长链碳氢化合物异戊二烯，而不是以酯键同脂肪酸相连。5、呼吸类型上，严格厌氧是古细菌的主要呼吸类型。6、代谢多样性上，古细菌单纯，不似真细菌那样多样性。7、在分子可塑性(molecularplasticity)上，古细菌比真细菌有较多的变化。8、在进化速率上，古细菌比真细菌缓慢，保留了较原始的特性两界系统三界系统四界系统五界系统六界系统1．原核生物界KingdomMonera：具原核细胞结构的各类原核生物所组成的一大类群。它包括细菌门（其中也包括放线菌）、蓝藻门、原绿藻门、立克次氏体、支原体和衣原体等。蓝藻门和原绿藻门为绿色自养生物，细菌门中也有少数光能或化能自养细菌。但绝大多数细菌和其他各类均为异养，腐生或寄生。立克次氏体，是介于病毒和细菌之间的一类很小的专性细胞内的寄生物，球状或杆状。支原体也称类菌质体，是介于立克次氏体和细菌之间的营独立生活的微生物。它没有细胞壁，柔软，形态多变，呈球状或长短不一的丝状及分枝状。衣原体，是一类专性寄生物。2．原生生物界KingdomProtista：原生生物(protist/protoctists)是最简单的真核生物，大部分都是单细胞生物，亦有部份是多细胞的，但不具组织分化。这个界别是真核生物中最低等的。它们的细胞内具有细胞核和有膜的细胞器。全部生活在水中，没有角质。比原核生物更大、更复杂。有些原生生物可以利用光合作用制造食物，原生生物界至少包含5万种的生物。可分为三大类，藻类（如矽藻diatom等）、原生动物类（如变形虫amoeba、纤毛虫ciliate等）、原生菌类（如黏菌slimemolds、水霉watermolds等）。其中，原生菌类的外表特征与真菌界的成员相似，且皆为异营，储藏肝醣，细胞壁含纤维素与几丁质(chitin)，因此有些分类学家仍将它们归在真菌界。但他们与菌物界的成员的关系并不密切，如他们有游走细胞(swiwmingcells)，具鞭毛；或行变形虫运动，而与菌类不同；黏菌有吞噬作用，吞入固体食物，而菌类则分泌酵素，将食物分解而行吸收。此外，有些水霉会储藏一种碳水化合物一mycolaminarin，此物质很像褐藻中的储藏物质，但与菌类、植物、动物者不同。所以，原生菌类在传统上被视为菌类，但经由以上特征，他们较适合归在原生生物界。黏菌又分为原生质体黏菌(plasmodialslimemolds)和细胞性黏菌(cellularslimemolds)。水霉又分为单鞭毛可动细胞(uniflagellatemotilecells)和双鞭毛可动细胞(biflagellatemotilecells)原生动物门PhylumProtozoa鞭毛虫纲ClassMastigophora肉足虫纲ClassSarcodina纤毛虫纲ClassCiliophora孢子虫纲ClassSporozoa裸藻植物门PhylumEuglenophyta金褐藻植物门PhylumChrysophyta甲藻植物门PhylumPyrrophyta等等3．植物界KingdomPlantae：现存于地球上的植物,估计约为50余万种。（注：此处本应划分到原生生物界的藻类和原生动物类因早期藻类是植物的祖先，早期的原生动物是动物的祖先，所以人们对生物进行分类时，常把藻类归于植物界，把原生动物归于动物界。而原核生物界的细菌由于其也具有细胞壁而置于广义的植物界。）1．藻类植物（Algae）裸藻门Euglenophyta裸藻纲(Euglenophyceae)裸藻目（Euglenales）柄裸藻目（Colaciales）绿藻门Chlorophyta绿藻纲（Chlorophyceae）团藻目（Volvocales）四胞藻目（Tetrasporales）色球藻目（Chlorococcales）丝藻目（Ulotrichales）胶毛藻目（Chaetophorales）石莼目（Ulvales）溪菜目（Prasiolales）鞘藻目（Oedogoniales）刚毛藻目（Cladophrales）管藻目（Siphonales）管枝藻目（Siphonocladales）绒枝藻目（Dasycladales）双星藻目（Zygnematales）轮藻门Charophyta轮藻纲（Charophyceae）轮藻目金藻门Chrysophyta金藻纲(Chrysophyceae)金胞藻目（Chrysomonadales）根金藻目（Rhizochrysidales）金囊藻目（Chrysocapsales）金球藻目（Chrysosphaerales）金枝藻目（Phaeothamniales）甲藻门Pyrrophyta藻类纵裂甲藻纲（Desmophyceae）原甲藻目（Prorocentrales）横裂甲藻纲（Dinophyceae）多甲藻目（Peridi-niales）变形甲藻目（Dinamoebidiales）胶甲藻目（Gloeodiniales）球甲藻目（Dinococcales）丝甲藻目（Dinotrichales）褐藻门Phaeophyta（sporeplant）植物等世代纲不等世代纲无孢子纲红藻门Rhodophyta隐花植物低等植物红藻纲紫菜亚纲真红藻亚纲蓝藻门Cyanophyta（孢子植物）（无胚植物）蓝藻纲（Cyanophyceae）色球藻目（Chroococcales）管胞藻目（Chamaesiphonales）颤藻目（Osillatoriales）黄藻门（Xanthophyta）(Chromophyta)黄藻纲(Xanthophyceae)异鞭藻目（Heterochloridales）根黄藻目（Rhizochloridales）异囊藻目（Heteroglocales）柄球藻目（Mischococcales）异丝藻目（Heterotrichales）气球藻目（Botrydiales）硅藻门(Bacillariophyta)中心硅藻纲圆筛藻目根管藻目盒形藻目羽纹硅藻纲无壳藻目单壳藻目短壳藻目双壳藻目管壳藻目2．细菌门Bacteriophyta由于其也具有细胞壁而置于广义的植物界。3．粘菌门Myxomycophyta4．真菌门Eumycophyta5．地衣植物地衣门Lichens子囊衣纲（Ascolichens）担子衣纲（Basidiolichens）半知衣纲（Deuterolichens）6．苔藓植物苔藓植物门（Bryophyta）苔纲（Hepaticae）藻苔目地钱目美苔目囊果苔目叶苔目藓纲（Musci）泥炭藓亚纲（Sphagnidae）黑藓亚纲（Asdreaeidae