人类全基因组甲基化测序

1聚类分析DMR分析DMR相关基因功能注释DMR相关基因富集分析全基因组DNA甲基化测序全基因组Bisulfite测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing，WGBS）是将重亚硫酸盐处理方法和IlluminaHiSeq高通量测序平台相结合，进行全基因组范围内的精确甲基化研究。WGBS可以达到单碱基分辨率，精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态，从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。技术路线案例解析技术参数样本要求样品类型：基因组DNA样品总量：≥6μg样品浓度：≥100ng/ul建库测序测序策略：IlluminaHiSeq平台；PE125测序深度：≥30X数据量：90Gbdata项目周期90天（样本数小于50个）WenL,LiX,YanL,etal.Whole-genomeanalysisof5-hydroxymethylcytosineand5-methylcytosineatbaseresolutioninthehumanbrain[J].Genomebiology,2014,15(3):R49.参考文献基因组DNA制备、质检文库构建、上机测序数据过滤、质控参考基因组比对甲基化位点检测甲基化水平分析甲基化密度分析甲基化组间比较分析DNA甲基化是最早发现的修饰方式之一，能引起染色质结构、DNA构象与稳定性、DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而影响基因表达。北京大学和诺禾致源合作构建了人类脑组织单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱，揭示了5-甲基胞嘧啶及其去甲基化过程的中间产物在调控可变剪切和基因表达中的作用。案例一北京大学和诺禾致源联合构建人脑全基因组DNA甲基化图谱图1人脑基因外显子-内含子边界区域甲基化修饰水平