miRNA目标位点预测工具介绍

miRNA目标位点预测工具介绍徐辉用于预测miRNA目标位点的工具1.TargetScan2.miRanda3.PicTar4.Microcosm5.microT-ANN6.miRDB7.Mirgen一、TargetScan介绍2种运行模式：本地运行1、程序用Perl语言编写2、程序和相关数据下载地址：=vert_50网页接口本地运行版本介绍1、需要2个输入文件1)包含了miRNAseedsequences的tab-delimited文件该文件包含了3列数据：NameofthemiRNAfamilyThe7nucleotidelongseedregionsequenceSpeciesIDofthismiRNAfamily例子：let-7/98GAGGUAG10090let-7/98GAGGUAG10116let-7/98GAGGUAG9031let-7/98GAGGUAG9606let-7/98GAGGUAG96152)包含了所需基因3‘UTRs多重比对结果的tab-delimited文件该文件包含了3列数据：GenesymbolortranscriptIDSpecies/taxonomyIDSequence例子：CDC2L610090CCCACUCCCU---CU------------…….CDC2L69615CCG-CCACGG--------------------…….LPHN110090GGGGC-CUCAUGGACCCGA…….ZNF1979606A-AGACACCACGAGAAACAG……2、运行命令行targetscan_50.plmiR_Family_info_sample.txtUTR_Sequences_sample.txtTargetScan_50_output.txt3、输出文件包含以下13列数据：GeneID、miRNA_family_ID、species_ID、MSA_start、MSA_end、UTR_start、UTR_end、Group_ID、Site_type、miRNAinthisspecies、Group_type、Species_in_this_group、Species_in_this_group_with_this_site_type实例如下：TargetScan网页接口界面TargetScan网页接口运行结果在UCSC上显示TargetScan运行结果二、miRandaTargetDetection介绍2种运行模式：本地运行1、运行在linux环境下2、程序和相关数据下载地址：网页接口本地运行版本介绍1、需要2个输入文件包含了miRNA序列的fasta文件包含了目标基因3’UTR序列的fasta文件2、运行miRandamirandafile1file2[options…]常用参数：[-scscore][-enenergy][-goX][-geY][-outfileout][-quiet][-trimT]miRandaTargetDetection本地运行结果实例miRandaTargetDetection网页接口界面miRNAsearchTargetmRNAsearchmiRandaTargetDetection查询结果界面miRandaTargetDetection结果详情界面三、PicTar介绍用户界面一PicTar搜索结果界面一PicTar搜索结果界面二PicTar用户界面二PicTar搜索结果界面三PicTar结果在UCSC上的数据展示从UCSC批量下载PicTar结果四、Microcosm界面MicrocosmEnter界面MicrocosmDownload界面五、microT-ANN结果界面TarBase:miRNA目标基因的可靠数据库，数据有实验支持。六、miRDB结果界面七、Mirgen结果界面根据具体的研究要求，综合考虑来自多个预测工具的结果。