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重庆市植物园地处我国亚热带地区，地带性植被常绿阔叶林保存良好，特征典型，植物种类繁多，许多植物起源古老，如：香果树、钟萼木、八角莲等。据调查，植物园有高等植物246科，992属，1966种，其中属国家一、二、三级保护的珍稀植物50余种，如：银杏、鹅掌楸、桫椤等。以缙云山植物为模式标本命名的植物有38种，如缙云槭、缙云四照花、缙云猴欢喜等，还有胸径达136公分的古红豆杉，胸径100公分的古桂花、马尾松等。缙云山的植物区系丰富，成分复杂，全山共有6个植被类型、32个群系、54个群丛。缙云山黛湖水域现已鉴定的藻类植物有19属105种，其中有两个新种是《中国淡水藻类》尚未列入的，黛湖水域藻类植物为我国已有文献记载的淡水藻类植物的70%以上。缙云山部分珍稀特有植物展示八角莲秤锤树观光木白辛树伯乐树长果秤锤树齿叶黑桫椤鹅掌楸荷叶铁线蕨董棕杜仲峨嵋含笑厚朴红豆杉华南黑桫椤福建柏珙桐核桃绞股蓝金花茶金毛狗红椿红豆树红花木莲金荞麦金钱松连香树攀枝花苏铁青檀水杉木瓜红银鹊树香水月季四川苏铁苏铁天竺桂南方红豆杉任木桫椤秃杉喜树香果树香樟银杉银杏浙江楠木中华猕猴桃