7.第七章LncRNA数据生物信息学分析

LncRNA数据生物信息学分析主讲人：唐婷婷Page2第一节LncRNA的定义及来源长链非编码RNA（Longnon-codingRNA，LncRNA）是一类转录本超过200nt的RNA，它们本身不编码蛋白。近年来LncRNA不断被发现其潜在作用，在多种层面上调控基因的表达水平。图一：LncRNA与基因组的关系图编码蛋白质的基因组2%可能转录成无意义编码RNA（ncRNA）的基因组转录成关键非编码RNA的基因组Page3第一节LncRNA的定义及来源目前ꎬ可以明确的是LncRNA与其附近编码基因的关系主要有以下６种:外显子同义重叠(exonsense-overlapping)、内含子同义重叠(intronsense-overlapping)、天然反义(naturalantisense)、内含子反义(intronantisense)、基因间(intergenic)和反向(bidirectional)。图二：LncRNA和附近编码基因的关系Page4第二节LncRNA相关信息查找如果知道一个LncRNA的SeqID便可从网站上查询到LncRNA。下面以SeqID为NR_027983的LncRNA进行详述，首先可以确定的是开头为NR_的LncRNA来源于NCBI的RefSeq数据库。（1）打开NCBI首页http：//（2）在检索窗口的数据库选择下拉菜单中选择Nucleotide，然后在检索栏中输入一、通过NCBI查找LncRNA信息Page5第二节LncRNA相关信息查找1、2步的图示：Page6第二节LncRNA相关信息查找(3)执行检索后，检索结果默认以Genbank格式显示注：通过Display菜单可以选择显示格式，常用的有Genbank和FASTA两种格式。Genbank格式显示较完整的基因序列记录及详细信息。FASTA格式仅包括该序列的简要特征。Page7第二节LncRNA相关信息查找Page8第二节LncRNA相关信息查找Page9第二节LncRNA相关信息查找Page10第二节LncRNA相关信息查找检索结果详解Page11第二节LncRNA相关信息查找二、通过NCBI查找转录该LncRNA的基因相关信息如果想了解转录该LncRNA基因的信息，可以点击链接GeneID：680254进入以下界面：Page12第二节LncRNA相关信息查找Page13第三节大鼠LncRNA全序列查找ＸＲ＿００６１５７ＸＲ＿００７２４３ＢＣ０８８３０１ＭＲＡＫ００７０７７ＭＲＡＫ００７０７７ＭＲｕｃ００７ｍｙｚＢＣ１０４６８７ＢＣ０８３８６８ＸＲ＿００７３２９ＡＢ０７３７１４ＭＲＡＫ０５３７４３Ｕ７５３９６SeqIDsourceRefSeq_XRRefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmouse_orthologmouse_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNARefSeq_XRmisc_lncRNAmouse_orthologmisc_lncRNAPage14第三节大鼠LncRNA全序列查找ＭＲＡＫ１５８０６４ＭＲＡＫ０８４８９５ＢＣ０９７２７３ＢＣ０９８７８６ＢＣ１６６５６２mouse_orthologmouse_orthologmisc_lncRNAmisc_lncRNAmisc_lncRNAPage15第三节大鼠LncRNA全序列查找网址为：具体操作方法如图Source为misc_lncRNA的查询方法Page16第三节大鼠LncRNA全序列查找Page17第三节大鼠LncRNA全序列查找Page18第三节大鼠LncRNA全序列查找网址为~jill/ultra.htmlSOURCE为UCR的lncRNA序列在人、小鼠、大鼠中同源，序列一样，因此以人为例。Source为UCR的查询方法Page19第三节大鼠LncRNA全序列查找Page20第三节大鼠LncRNA全序列查找网址为，在nucleotide中查找ID名即可source为RefSeq_XR、RefSeq_NR的查询办法Page21谢谢听讲