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基于结构的虚拟筛选与Maestro的使用朱孔凯2015-7-22药物发现面临的挑战化学空间1020类药化合物生物空间104~105蛋白药物发现先导化合物药靶正确的小分子+正确的药靶高通量筛选VS虚拟筛选优点：可进行大规模（上百万分子）筛选。缺点：费钱；有些体系不适合；命中率低。晶体结构已知未知基于配体的方法基于结构的方法分子对接已有活性化合物相似性搜索药效团模型机器学习没有活性化合物常用的分子对接程序有DOCK，AutoDOCK，Glide，Gold等。Maestro登陆：（Putty、Xshell）Maestroisthegraphicaluserinterface(GUI)forallSchrödingersoftware.Prime---蛋白质结构预测；Glide---配体-受体分子对接；Liaison---预测结合与亲和力；Qsite---研究蛋白质活性区域内的反应机制(QM/MM)；Phase---作基于配体的药效建模；QikProp---用于候选药物的ADME性状预测；LigPrep---用于小分子配体的准备；Epik---对生物环境中的配体质子化状态做精确枚举；Jaguar---高性能初始量子力学组件；MacroModel---应用于材料及生命科学等的化学研究；Strike---用于检查组织性能关系的化学方法统计程序；分子对接(Glide)蛋白准备•WorkflowsProteinPreparationWizard•加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。生成网格文件•ApplicationsGlideReceptorGridGeneration•定义小分子对接的区域，并生成网格文件。分子对接•ApplicationsGlideLigandDocking•把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。小分子准备ApplicationsLigPrep•优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。小分子准备ApplicationsLigPrep•优化小分子结构，预测其质子化状态，生成立体异构体。蛋白准备•WorkflowsProteinPreparationWizard•加氢原子，删除水和杂原子基团等，然后简单优化一下蛋白。生成网格文件•ApplicationsGlideReceptorGridGeneration•定义小分子对接的区域，并生成网格文件。分子对接•ApplicationsGlideLigandDocking•把准备好的小分子对接到定义好的网格文件中。分析对接结果•ApplicationsGlideXPvisualizer导出来用Pymol看谢谢！