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深沪湾自然保护区所发现的海底古森林遗迹主要分布于距海岸100m～200m外，通常水深约2～3m的潮间带，呈三片分布，已发现有60余棵以上。原始直立状态保存良好。据中国科学院华南植物研究所、华南农业大学和福建师范大学地理所等多家单位鉴定，这些海底古森林遗迹以裸子植物油杉为主，夹有皂荚树、桑树、南亚松等多个属种。据多个品种14C同位素年龄测定，其年龄在距今6761±193年至距今7620±130年之间。保护区以保护已有7000多年历史的海底古森林遗迹为核心，还包括海湾内的牡蛎礁和海岸自然地质地貌、名胜古迹、防风林带以及石圳海岸海蚀变质岩自然剖面。目前，已发现24株古树桩，其中22株在中潮区、2株在低潮区。最大树桩面直径达100厘米，最小为30厘米。树桩露出滩面1—30厘米，时有些被沙淹没，据地震仪测定，古树桩埋藏部分的长度可能为20—25米。保护区不但具有重大的科学价值，而且还是旅游胜地。保护区气候条件优越，名胜古迹甚多，在其周围有清朝率兵统一台湾名将”施琅博物馆”，有在闽台一带名闻遐尔供奉妈祖娘娘的“深林寺”、“镇海官”、“百公庙”、“崇真殿”、“宝泉庵”，有壁山栈道、烟墩山峰火台、狮峰石刻等。国务院1992年批准建立的保护湾海底古森林遗迹自然保护区，其保护对象为海底古森林、杜蛎礁、海蚀变质岩等，这种类型的保护区不仅在我国独一无二，即便在世界上也是少有的。