LncRNA介绍及相关数据库及预测软件汇总 20150723

目录一.LncRNA简介...............................................................................................................................2二、长链非编码RNA（lncRNA）靶标数据库及预测软件汇总...................................................21.ChIPBase................................................................................................................................22.LNCipedia..............................................................................................................................23.lncRNABase...........................................................................................................................24.lncRNAdb...............................................................................................................................35.LncRNADisease......................................................................................................................36.NONCODE..............................................................................................................................37.NRED.....................................................................................................................................38.Arraystar................................................................................................................................3三.LncRNA调控网络数据库.........................................................................................................31.starBase平台（....................................................................................................................32.starScan软件工具................................................................................................................43.DIANA-LncBase数据库.........................................................................................................44.miRcode数据库....................................................................................................................45.linc2GO数据库.....................................................................................................................4四.lncRNA研究思路.........................................................................................................................4五.LncRNA研究策略.......................................................................................................................7一.LncRNA简介LncRNA(longnon-codingRNA)是一类转录本长度大于200nt的非编码RNA，最初被认为是基因组转录的“噪音”，通常伴随着mRNA协同转录，而转录水平往往低于mRNA，被当成是RNA聚合酶II转录的副产物。（lncRNA的平均长度比mRNA的3‘UTR长，而CLIP-Seq支持的lncRNA上的靶点却比3’UTR上的少了非常之多）。然而，近年来的研究表明，lncRNA能够通过多种方式发挥调控作用，参与了转录调控、组蛋白修饰、入核转运、染色体失活等过程，其转录和功能失调可能导致多种疾病的发生。它代表了基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。鉴于其功能的重要性和多样性，越来越多的科研人员参与到对其的研究中来，引用BioTechnicques2013最新通讯上的话：Longnon-codingRNAs(lncRNAs)areeverywherethesedays，各种高端杂志上发表了大量的综述性和研究性文章。目前，对lncRNA功能的发掘1%都不到，而且发现新lncRNA的数量还在急剧增长，各种lncRNA的数据库诸如noncode，LncRNADisease等对lncRNA种类和功能进行收录和更新，而一些新的机制，比如ceRNA也在围绕lncRNA展开，可以看到，在这个领域的研究呈现出一幅如火如荼的场景。二、长链非编码RNA（lncRNA）靶标数据库及预测软件汇总1.ChIPBase提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站：更新：2012年11月2.LNCipedia对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站：更新：2012年7月3.lncRNABase提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站：更新：2013年11月4.lncRNAdb提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。网站：更新：2011年7月5.LncRNADisease提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。网站：更新：2012年7月6.NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到第三版。网站：更新：2012年1月7.NRED提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是Johnmattick实验室构建的网站。网站：更新：2009年8.Arraystar(RNA结合蛋白)与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA,protein-lncRNA,ceRNA调控网络资源包括1.starBase平台（）：构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA,Protein(RNA结合蛋白)和lncRNA(包括了lncRNA，pseudogene，circRNA)的调控关系网络,构建了ceRNA调控网络和提供了长非编码RNA功能预测工具。此外，starBase还构建了最全面的包含了14癌症类型（6000个样本）Pan-Cancer（泛癌）表达图谱和互作网络。[NucleicAcidsRes.2014Jan;42:D92-7.]2.starScan软件工具（）：基于降解组测序数据预测动植物的各类小RNA(miRNA，piRNA和内源的siRNA)靶向的lncRNA，circRNA，pseudogene和mRNA的软件服务平台。目前已经整合了20个动植物的物种的降解组测序数据[NucleicAcidsRes.2015;43:W480-6.]。3.DIANA-LncBase数据库（）：构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。[NucleicAcidsRes.2013Jan;41:D239-45.]4.miRcode数据库（）：瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。5.linc2GO数据库（~liuke/Linc2GO/index.html）：清华大学整合的lncRNA功能注释数据库，以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。四.lncRNA研究思路1.lncRNA筛选：（1）通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行lncRNA表达谱分析；（2）通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA，构建共表达网络，预测lncRNA的靶基因；（3）通过PCR或NorthernBlot技术对候选lncRNA验证，确定其表达差异。2.lncRNA确定：通过5'RACE获取lncRN