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作者简介罗昭锋，自2004年起开始在校内推广文献管理软件Endnote，之后每学期均举办多次培训讲座，参加培训的学员累计已超过2000人次。2006年编写了《EndnoteX中文用户手册（试用版）》，在网上广泛传播。2007年9月以来，在读者的支持鼓励下，以及五位热心朋友的直接参与下，编写了本书。作者供职于中国科学技术大学生命科学实验中心，主管蛋白质功能及药物研究平台。主要的仪器有BIACORE3000、等温滴定微量热仪（ITC）、液相色谱系统（分析和制备型）、圆二色谱仪、毛细管电泳、多肽N端测序仪、高通量药物筛选系统、生物发光光度计、动态光散射、紫外光谱、荧光光谱及红外光谱。作者的主要工作是为国内生命科学及相关科学研究提供技术支持和服务，欢迎校内外各单位前来交流、测试和合作。有关详细信息，请参考网站资料。本手册的下载地址：封面设计：朱巧云zhuqiao_yun@163.com内容概览Endnotez海量文献信息的管理z全文管理z笔记管理z自动编排论文或书籍的参考文献z利用杂志全文模版撰写论文z统计与分析RefVizz海量文献信息分析z文献自动分类z给出文献间相互联系z发现研究前沿和热点z1小时把握10000篇文献的主旨QuosazPDF全文信息分析软件z自动下载PDF全文z自动追踪最新文献绪言决定编写此书是缘于几年来的Endnote推广工作以及去年编写的一本小册子。去年国庆期间编写了《EndnoteX中文使用手册（试用版）》，10月8日发布在校园网上，当初希望通过校内读者的反馈进行修订之后再向外发布，后来由于种种原因，未能及时进行修改，而这本小册子也被转到了国内多个论坛上，逐渐开始在网上传播开来。在过去的这一年中，收到大量的信件，有提出建议的、有请教问题的，还有很多就是为了表示致谢和鼓励的。记得有位老师说，他们单位给每位老师印发了一本。这些信件给了我莫大的鼓励和安慰，非常感谢各位网友的支持。没有你们的支持、鼓励和期待，我很难下舍下手头的实验来编写此书。信息是一个人得以生存的基础。创新实际上是我们种到头脑中的种子开花之后结出的果实。没有输入信息的头脑，好比没有洒下种子的土地。不管土地有多肥沃，也结不出丰硕的果实。我曾考虑过一个问题，为什么现在的孩子比多年前的孩子要聪明；同时代而言，城市里同龄的孩子要比农村里的孩子聪明。我觉得关键就是他们接触的信息量不同。俗话说，种瓜得瓜，种豆得豆。要想我们的大脑结出丰硕的果实，就要种下大量而且饱满的种子。对科研工作者而言，这些种子就是文献信息。我们播种的信息决定了结出果实的质量。任何人的创新都是在前人的基础之上。科学工作者如果不能掌握前人已有的工作基础，所谓的“创造”不过是闭门造车而已。中国有过太多这样鲜活的实例。全面掌握前人的工作，就如同站到了巨人的肩膀上。对于一个科研工作者来说，关于文献信息我觉得要掌握三方面的能力：一是文献信息的获取能力；二是文献信息管理能力；三是文献信息分析和利用的能力。文献信息的获取能力相对来说比较容易，大致说来有以下一些途径：（1）综合性数据库（WebofScience，Pubmed等），（2）专题数据库（GeneBank，蛋白质结构数据库，分子相互作用数据库，化学反应数据库等），（3）专利数据库，（4）会议论文数据库，（5）学位论文数据库，（6）综合搜索引擎，（7）咨询和交流，（8）公司的网站及产品技术手册。文献信息管理能力在网络时代才变得复杂。多年前，我们只能获得很少量的信息，一般通过记录本或者记录卡就可以进行管理。如今每个人都可以获得大量的信息，管理就显得重要起来。本书中推荐大家利用Endnote进行文献管理。它可以帮助你进行全文管理和笔记管理等，便于大家进行检索和分析。提供一些杂志的全文模板，同时可以自动帮你编排参考文献信息。文献信息分析是在文献多到无法阅读的时候才显得重要的。如今随便用一个关键词就可以找到成千上万篇文献，我们不可能把这些文献一一阅读一遍，因此就要求我们能够从这些文献中找出最相关的信息来。过去我们习惯不断限制检索条件，将文献数限制在有能力阅读的范围内。如今通过本书，我们为你提供了一套更好的解决方案，那就是利用文献信息分析软件，它们能够帮你在短时间内把握大量文献的主旨信息。本书介绍的RefViz和Quosa就属于这类软件。作者真诚希望本书能帮你提高驾驭文献信息的能力，让你真正站到巨人的肩膀上。为自己的大脑种下优质的种子。如果你想在Nature或者Science上发表论文，首先就得学习Nature或者Science上别人所做的工作。如果我们每天只阅读那些下三滥的论文，决不会想出奇妙的点子，做出惊人的创新来的。要创造就要给大脑输入有用的信息。面对浩瀚的信息，如何快速找到最相关的信息，如何发现这些信息之间的相互关联，正是本书想为你解决的问题。本书介绍的三大软件，Endnote将教你如何管理数以万计的文献，如何管理全文，如何管理阅读笔记，以及如何利用Endnote来撰写论文，编排参考文献等。RefViz是一个文本信息分析软件，可以根据文献标题和摘要信息进行文献分类，并指出文献间相互关系。熟练掌握这个软件，你将会轻松驾驭海量的文献信息，快速获取最重要的信息，为你提供不竭的创新思路。Quosa是一款全文分析软件，可以自动下载全文，并对全文进行分析，还可以提取已下载的pdf中的引文信息。综合利用以上三个软件，基本可以满足你对文献分析与管理的需求。这本书不同于去年编写的手册。首先从内容上要丰富很多，去年的手册仅包括本书中第一部分的内容。此书中增加了Endnote高级功能部分和常见问题解答。Refviz和Quosa两个软件也是新增的内容。从编写的目的来看也是大不相同，去年只是满足于让大家学会使用Endnote，此书更希望为科研工作者的文献管理与分析工作提供一套解决方案。另外，此书还是集体智慧和经验的总结，避免了个人思路的局限，使其更具参考价值。参与编写的共有六人，分别是：文献管理版的版主，远在美国求学的王研，参考我去年的手册，编写了本书的第一部分；南京农业大学博士研究生韩敏义编写了Endnote高级功能部分的第四至第七章，其中很多是我所不熟悉的，使我获益良多；夏春智（山东大学博士研究生）、田二坡（汕头大学医学院研究生）和陈飞（重庆大学）三位编写了常见问题解答部分，他们分别搜集了我们的论坛、Endnote网站、以及QQ群众常见的问题，并一一给出了解决方案，具有重要的参考价值。一般新手碰到的常见问题都给予了很好的解决方案。我参与编写了高级功能部分中的主题列表和EndnoteWeb部分，以及RefViz和Quosa两个软件的介绍。RefViz和Quosa这两个软件目前国内应用的较少，很难找到有价值的参考资料。因此只好翻阅原版说明书，为此打印了RefViz说明书的全部内容，阅读过不止一遍，仍有很多地方不是很清楚。这个软件其实并不难学，难在灵活应用上，难在通过软件获得自己想要的信息。这部分内容书中只能通过举例来加以说明，读者只有通过不断练习和揣摩才能熟练掌握。Quosa是最近才开始学习的软件，尽管很不熟悉，但很多功能很重要也很实用，一并予以介绍，希望对大家入门起到一点指导作用。去写这些不太熟悉的内容是需要勇气的，总担心有误人子弟之嫌。好在此书读者都是高级知识分子，能够识别出一些显而易见的错误，才让我免了一份顾虑。在此真诚地恳请各位读者如果发现书中有什么错误请一一指出，我们会将发现的错误更正信息发布在论坛上，并且如果有机会在进行改进的话一一予以更正。反馈的方式可以给我发送email（smilesun@ustc.edu），或者将相关内容发布在论坛上（文献管理版）。如果你在文献管理和信息分析方面有好的经验，也希望你能发布到我们的论坛上，让更多人分享你的经验。关于本书的版权，如同我去年编写的手册，只要不用于商业目的，欢迎任何形式的传播和转载，希望尽量保持原始文件的真实性。在本书编写过程中，我们参考了一些网络资源，如在编写常见问题解答部分，参考了中科院植物研究所综合办公室周凌娟编写的《Endnote使用FAQ》。在我最初学习RefViz时，丁香园中一位网友写的《文献分析软件RefViz点点通》给我了一些帮助。还有些未能一一指出的，在此一并向原作者致敬。非常感谢各位网友给予我的鼓励，你们让我认识到这项工作的价值，让我愿意继续为此而努力。感谢参与编写本书的各位“战友”，尽管我们彼此素不相识，但几位战友都是经验丰富的热心人士，在QQ群以及论坛上，为各位新手排忧解难。他们无私的奉献，为我们搭建了一个交流的平台。感谢你们无私的付出，没有你们的付出，就不会有本书的面世。我还要特别感谢我的妻子，她对我的倾力支持，以及她对我生活的悉心照顾，才使我能忙里偷闲来撰写这些文字。罗昭锋于中国科学技术大学2007-11-25导读本书不是研究文献管理与信息分析的理论著作，而是通过介绍三个软件，希望能为科研工作者的信息管理与信息分析工作提供一套解决方案。本书介绍的三个软件分别是Endnote，Refviz和Quosa。Endnote是目前最受欢迎的文献管理软件。Refviz是Thomson公司和Ominiviz公司合作开发的针对文献信息挖掘的一款软件，可以对大量的文献信息进行分析和归类，并以可视化的图形界面将分析结果直观地显示出来，能帮助我们快速掌握一系列文献的主题内容，并且可以发现文献间的相互联系。是处理海量文献信息的得力工具；另外，还可以与Endnote实现无缝对接，对Endnote数据库的文献进行分析或将分析结果输出到Endnote。Quosa是一款全文文献分析软件，可以自动从网上下载PDF全文，并对全文进行分析，找出文献间的相互联系。也可以对文件夹中已有的PDF文件进行全文分析，还可以自动提取PDF文件中的文献信息。Quosa还能追踪最新的进展，发现新的文献能主动提醒。该软件缺点是目前支持的数据库资源较少，对生命科学数据库支持较多。本书分别以这三种软件的最新版本为例进行介绍，但由于软件以及所介绍的数据库随时都可能更新，你看到的界面可能会与书中的图有所不同。相信这些不会影响你学习和使用这些软件。书中的内容并没有按照软件原版的说明书那样面面俱到的介绍，而是根据个人使用经验进行提炼和总结，我们力求以最简单的方式表达出最重要的内容。由于个人的使用经验往往比较局限，这次编写这本书我们组织了六人的小组，希望能尽可能多地满足读者的需求。本书分为三部分，分别介绍Endnote、RefViz和Quosa。其中Endnote部分最为详细，分为基本功能和高级功能两部分。建议初学者认真学习基本功能部分，并熟练掌握。高级功能部分建议选择性学习，或者需要用到某一部分功能时再详细学习。但对高级功能部分的内容有个大致的了解还是有必要的。Endnote部分还编写了疑难解答，如果碰到问题可以查阅，如果该部分没有提供你想要的答案，可以到相关的网站/论坛或QQ群以咨询。RefViz的主要功能是用来处理大量的文献信息，以及发现文献间相互关系。第十一章是软件的基本功能介绍；第十二章介绍了界面及菜单，帮助大家熟悉软件的操作；第十三章翻译了原说明书中提供的部分应用实例。依据作者的经验，即使你熟悉了这几章的内容，并不代表你已经熟练掌握了这个软件。这个软件的操作并不难，关键在于你要能够理解Galaxy视图、Matrix视图、Topic以及SerachTool等相互间的关系。只有理解了各部分之间的内在联系，才能从软件中得到你想要的信息。所以学习这个软件，需要读者仔细揣摩。在WebofScience网站，以及Scoups网站上都提供了一定的分析功能，但均不能对文献内容进行分析，因此，RefViz有自己的特色和优势。Quosa是一款全文分析软件，可以下载的PDF文件进行分析，也可以对已经下载到本地的PDF文件夹中所有的P