分子生物学基本实验操作模板

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资源描述

原理利用强变性剂异硫氰酸胍迅速裂解组织(或细胞),促使核蛋白与核酸的解离,并迅速抑制细胞内的RNA酶;经酸性苯酚-氯仿抽提,异丙醇沉淀可获得完整的RNA。的塑料制品,如果没有开封使用过,可以直接使用。对于国产塑料制品,都必须处理方可使用,步骤如下:1)在玻璃烧杯中注入双蒸水,加入DEPC使其终浓度为0.1%,磁力搅拌0.5小时;2)用1)浸泡需要处理的塑料制品,在通风橱中处理过夜;3)弃将DEPC水,用铝箔封住处理过的塑料制品,高温高压灭菌至少30min;5)100℃烤至干燥,置于干净处备用。枪头必须在无菌操作台中,用镊子装入枪头盒。玻璃和金属制品的处理用去离子清洗干净,用锡箔纸包好,然后至烘箱中250℃烘烤3小时以上或者180℃烘烤8小时以上。1.1.2.3电泳槽的处理用于RNA电泳的电泳槽应用去污剂洗干净,再用水冲洗,用乙醇干燥,然后灌满3%的H2O2溶液,于室温放置10分钟,最后用0.1%DEPC水彻底冲洗电泳槽。酶很难被灭活,实验过程中要时刻注意防止RNA酶污染。实验操作者的手也是RNA酶最主要的潜在污染源之一,因此,在实验准备和RNA抽提过程中,都应戴手套,并尽可能勤换手套。实验室RNA相关实验用的仪器及试剂应该专用,包括移液器、玻璃器皿、塑料制品和电泳槽等,并存放在指定地点。,冰上充分研磨至看不见块状的组织,再补加900ulTrizol至1ml(适用肝、肾等组织)悬浮细胞贴壁细胞细胞液氮研磨棒组织倾去培养基,按10cmdish/ml的比例直接将Trizol加入到培养皿中消化、裂解细胞,用RNAsefree的枪头吹打数次,将样品转入无RNA酶的EP管中用液氮预冷研钵,将绿豆大小的组织直接置于液氮中敲碎,并迅速研磨至粉末状,小心转移至1mlTrizol中。在研磨的过程中,应不断补加液氮,直至样品成粉末状(适用于心、胃、主动脉等组织)4℃2000g离心5分钟收集细胞,用Trizol重悬、裂解,每1mlTrizol可裂解5-10*106个细胞相分离(1)匀浆好的组织,室温下静置5-10min以充分裂解,4℃、16000rpm离心10min,取800微升上清液转入一个无RNA酶的EP管中;若为细胞样本,可以省略此步,直接进行下一步操作;(2)按照1mlTrizol加入200µl氯仿,用手剧烈振荡混匀15-30S后室温静置10-15min,直至出现较为明显的分层;(3)4℃,16000r/min离心15min,小心吸取上层水相于一新管。*千万不可吸取到中间界面,一般吸取300微升上清,所得RNA产量足以进行一般的后续实验,过多上清很容易造成DNA污染;沉淀(4)加入等体积异丙醇,轻轻混匀,室温静置10min;(5)4℃,12000rpm离心10min,弃上清,此时可见RNA沉淀于管底。在离心之前,RNA沉淀是不可见的,常常在离心管的边缘或者底部形成凝胶状小球;(6)加入1ml75%DEPC-乙醇,悬浮沉淀;*此步一定要将RNA沉淀悬浮起来,才能保证残留的盐被洗去(7)4℃,12000rpm离心5min,弃上清,室温晾干,或者真空干燥5~10min,视沉淀量的多少加入DEPC-ddH2O溶解RNA,可用枪吹打数下以助RNA溶解;*沉淀不要过于干燥,否则将会大大降低RNA的溶解度;1.1.3.4RNA洗涤、溶解质量检测(1)完整性:可以用普通琼脂糖凝胶电泳分析RNA的质量。电泳所用的缓冲液必须是新配置的。如果电泳可见28S和18S两条主要条带,以及5S的带,并且28S的亮度在18S的两倍以上,认为RNA的质量很好。*RNA上样量应控制在300-400ng左右,过多或过少都影响电泳效果质量检测(2)纯度和产量分析:计算A260/A280的比值R来判定RNA的纯度:用DEPC-ddH2O溶解RNA,1.6R1.8,认为RNA的质量较好;R1.6时,溶液中蛋白或者时其他有机物的污染比较明显;R1.8时,说明RNA降解比较明显。根据1A260单链RNA=40ng/ul计算RNA产量。标本编号,贴标签,置于-80℃保存。做好RNA标本的贮存登记、RNA提取实验记录、RNA质量鉴定记录等,并由专人统一保管。(螯合二价阳离子以抑制DNase)存在的情况下,用蛋白酶K消化真核细胞或组织,用去污剂SDS溶解细胞膜并使蛋白质变性,通过酚-氯仿法去除蛋白质,而保留DNA于水相溶液,最后通过无水乙醇和高盐溶液沉淀基因组DNA。微升裂解液,充分研磨至看不见块状的组织,再补加900ul裂解液至1ml(适用肝、肾等组织),55℃裂解过夜悬浮细胞贴壁细胞细胞液氮研磨棒组织倾去培养基除,PBS洗涤细胞1-2次,按10cmdish/ml的比例直接将裂解液加入到培养皿中消化细胞,用枪头吹落细胞,转入EP管中55℃裂解过夜取黄豆大小的组织于盛有液氮的研钵内迅速研磨至粉末状。在研磨的过程中,不断补加液氮,直至样品成粉末状(适用于心、胃等组织),将其小心转入装有1ml裂解液的EP管中,55℃裂解过夜;4℃2000g离心5分钟收集细胞,PBS重悬浮洗涤细胞,按照1-5*107的比例加入裂解液,悬浮细胞,55℃裂解过夜;抽提步骤(2)匀浆裂解过夜的样本应清亮透明。加入等体积Tris-饱和酚,轻轻颠倒,充分混匀形成乳浊液,此步将离心管置于旋转器上,慢慢混匀10-30min;(3)室温,12000rpm,离心10min,取上清;(4)加入等体积的酚-氯仿,轻轻颠倒混匀;(5)室温,12000rpm,离心15min,小心取出上清;抽提步骤(6)加入1/10体积的3M醋酸钠(pH5.2)和2.5倍体积的预冷无水乙醇,混匀,此时可见絮状沉淀析出,置-80℃冰箱30min;(7)12000rpm离心15min,小心倾去上清;(8)加入1ml70%乙醇,悬浮沉淀;(9)4℃,12000rpm离心5min,弃上清,室温晾干5-10min,视沉淀量的多少加入灭菌双蒸水溶解DNA沉淀。倍(使OD260值位于0.1~1.0之间),检测样品的OD260,OD280,计算其比值R来衡量样品的纯度。一般R≈1.8,DNA质量较好;R>2.0,表明RNA污染明显;R<1.7,表明蛋白质、酚等污染较为明显。根据1A260双链DNA=50ng/ul,计算DNA产量。质检过关的DNA,若短期内需要进行下一步实验,可以暂存区-20℃,长期保存则应置于-80℃。做好样本贮存登记、具体的实验记录、质量鉴定记录等,并由专人统一保管。1.2.4DNA保存的强阴离子洗涤剂中,细胞壁破裂,染色体DNA及蛋白质变性,将质粒DNA释放到上清中。在裂解过程中,细菌蛋白质、破裂的细胞壁和变性的染色体DNA会相互缠绕成大型复合物,被SDS所包围,当用钾离子取代钠离子时,这些复合物会从溶液中进一步有效地沉淀下来,通过离心去除,利用异丙醇沉淀从上清中获得质粒DNA。的抽提步骤菌夜重悬裂解沉淀,洗涤,溶解质粒复性,蛋白沉淀氯仿抽提质量检测、取2ml过夜培养的菌夜于EP管中,4℃,离心收集菌沉淀;2、将细菌沉淀重悬于200μl预冷的溶液Ⅰ中,剧烈振荡,使菌体分散混匀;*一定要使细菌分散均匀3、加200μl新鲜配制的溶液Ⅱ,轻轻颠倒数次混匀(不可剧烈振荡),并将离心管置冰上2-3min,使细胞壁充分裂解(离心管中菌液逐渐变得透明且粘稠);*此步时间不宜过长,混匀不能剧烈,否则基因组DNA断裂,造成污染4、加入200μl预冷的溶液Ⅲ,将管温和颠倒数次混匀,见白色絮状沉淀,可在冰上放置3-5min;、加入500μl的氯仿,混匀,4℃,12000rpm离心10min;7、小心移去上请,加入等体积预冷的异丙醇,混匀,室温放置5min,4℃,12000rpm离心15min,可见质粒DNA沉淀;8、小心弃上清,1ml预冷的70%乙醇悬浮沉淀,4℃,12000rpm离心5min,重复此步一次;9、室温干燥沉淀5-10min,视沉淀多少加入灭菌ddH2O溶解沉淀倍,检测样品的OD260和OD280,计算其比值R来衡量样品的纯度。一般认为R≈1.8,DNA质量较好;R>2.0,表明RNA污染明显;R<1.7,表明蛋白质、酚等污染较为明显。根据1A260双链DNA=50ng/ul,计算质粒DNA产量。质检过关的质粒,若短期内需要进行下一步实验,可以暂存区-20℃,长期保存则应置于-80℃。做好质粒样本贮存登记、具体的实验记录、质量鉴定记录等,并由专人统一保管。1.3.4质粒DNA的保存、PCR技术2.1原理实验操作要求在三个不同的区域内进行,严格预防PCR的污染:1、标本处理区,包括扩增模版的制备;2、PCR扩增区,包括PCR反应液的配置和PCR扩增;3、PCR产物分析区,包括凝胶电泳分析,拍照及胶回收等。各工作区必须有一定的隔离,各区实验器材需专用,并且各区设置要有一定的方向性:标本制备—PCR扩增—产物分析—产物处理。切记PCR扩增产物及产物分析区的器材不要拿到标本处理区和PCR扩增区。×PCRbuffer5μldNTPMix(各2.5mM)4μl引物P1(10mM)1μl引物P2(10mM)1μl模板*Xμl酶(5U/μl)0.5μl灭菌双蒸水upto50μl2.3.150μl标准PCR反应体系

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