水样提DNA步骤

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资源描述

OMEGA--D5525-01型水样中DNA提取试剂盒E.Z.N.ATMWaterDNAKitD5525-01试剂盒内含:HinbindDNA结合柱50个,2mL收集管100个,玻璃珠27g,HTR试剂10mL,BufferSLX180mL,SP2Buffer60mL,XP1Buffer40mL,ElutionBuffer30mL,DNAWashBuffer20mL。有关BufferGPS硅胶柱(即HinbindDNA结合柱)经BufferGPS预处理后可大大减少柱子中硅胶膜的憎水基团,提高核酸的结合能力。柱子在长期放置过程中会同空气中的电荷/尘埃发生反应而影响其核酸的结合能力。BufferGPS是强碱性溶液,若不小心碰到,请用大量自来水清洗。用完后需盖紧瓶盖,以免接触空气。室温保存BufferGPS。在保存过程中可能会有沉淀生成,请加热至37℃使沉淀完全消失。需要准备的:预定工作台(9:00—16:00)超净台在开紫外前先用75%的酒精棉擦拭以使台面尽量无菌,预定4℃离心机(10:00-(至少定3h),采水样,清洗抽滤装置(擦洗灭菌),(95%乙醇泡烧)无菌镊子、剪刀,水浴锅(先设定为70℃,冰盒(70℃水浴时制即可)、试剂盒,异丙醇,无菌锡箔纸、吸水纸、1000μL移液器及枪头,黄枪头,计时器,灭菌勺,离心管架,转速约14000g的离心机,灭菌50mL离心管,灭菌1.5mL离心管,ddH2O,0.22μm微孔滤膜,75%酒精及灭菌脱脂棉(用来擦洗已提过水样的漏斗),放镊子剪刀大离心管等的试剂架。BufferGPS对硅胶柱的前处理:(在超净台中操作,可以在第10步时处理柱子)1.取一个新的HinbindDNA结合柱装在收集管中,吸取合适体积的BufferGPS平衡缓冲液(小柱提取用200μL,中柱提取用1mL,大量提取用3mL)至柱子中。室温放置3~5min。2.室温下,12000g,离心2min。3.倒弃收集管中的滤液,把HinbindDNA柱子重新装在收集管中;加入700μLddH2O至柱子中。4.室温下,12000g,离心2min。5.倒弃收集管中的滤液,把HinbindDNA柱子重新装在收集管中。这就是平衡好的柱子。注意:该流程处理好的柱子可室温放置1~2周。DNA提取:(试剂盒内试剂的打开需要在超净台上)1.事先用80mL无水乙醇将DNAWashBuffer稀释后室温保存。2.在超净工作台中,将无菌滤膜打开,一手用灭菌的镊子夹住另一只手用剪刀沿滤膜滤膜外缘约减去1cm的圆环(以能盖住漏斗的孔径为宜),放入抽滤装置的无菌漏斗中。用0.22μm微孔滤膜过滤水样。(所用水样体积取决于所采集水样的浑浊度,对于浑浊度高的水样建议先用较大孔径的滤膜过滤以防阻塞微孔。)海水样提取时,需要保存的样品,有菌面对折后用无菌锡箔纸包住,装于一灭菌袋中,标记好后放于-60℃保存。3.用镊子将滤膜从漏斗中取出、折叠,用剪刀将其剪碎入一个50mL的无菌离心管中。4.向离心管中加3mLSLXBuffer和500mg玻璃珠(约3小勺)。5.最大转速涡旋震荡3min左右,使样品与溶液彻底混匀,使膜上菌体进入溶液。6.70℃或90℃水浴10min使菌体裂解涡旋震荡2~3次。(制冰盒)7.向管中加1mLSP2Buffer涡旋震荡30s。冰浴5min。8.4℃,4000g离心10min。(配平)9.在超净台中将上清转移至一新的15mL或50mL管中,加0.7倍体积的异丙醇。翻转混匀30~50次,在-20℃下至少放置30min。期间翻转几次。(将水浴锅调至65℃)10.4℃,10000g离心20min使DNA沉降。11.将离心管平放,使以沉降的DNA贴于壁上在室外将液相倒掉后将管倒扣在吸水纸上沥干,若还有残留,则在超净台中用移液器吸去。12.向管中有DNA沉降处加400μLElutionBuffer,吸打混匀,是DNA溶解后将其转入1.5mL无菌离心管中,涡旋震荡彻底混匀20s。在65℃水浴10~30min以溶解DNA。(如果想得到不含RNA的DNA,在这一步向样品中加10μLRNA酶A(25mg/mL)。13.向1.5mL离心管中,加100μLHTRReagent(试剂)。旋转震荡混合10s后室温放置2min。(注意:用HTRReagent(试剂)前要用涡旋仪将其彻底震荡混匀。)14.12000rpmin高速离心3min使HTRReagent沉降。(若转速达不到可以降低转速增加离心时间。注意:若经HTRReagent提取后样品仍然显棕色或深色,则用HTRReagent重复13~14步提取。)15.将上清(通常约400μL)转移至一新的1.5mL离心管中,加入等体积的XP1Buffer。通过旋转震荡充分混匀。16.将处理的DNA吸附柱放入一个2mL的收集管中(试剂盒中提供,该步已作)。17.将样品全部转入该DNA吸附柱中,室温下,10000rpmin离心1min。将离下的液相倒掉,重新将吸附柱放回收集管中。(该步重复)。18.向吸附柱中加300μLXP1Buffer,室温下,10000rpmin离心1min。弃去收集管和其中的液相。19.将吸附柱放入一个新的2mL收集管中,加750μLDNAWashBuffer(用无水乙醇稀释),10000rpmin离心30s。弃去液相,将吸附柱重新放回收集管中。20.最大转速空离2~3min,使吸附柱干燥。(空离完后在超净台中开盖晾干2min。该步对去除乙醇残余至关重要,乙醇残留可能会影响下游酶的使用。)21.将吸附柱放入一个新的1.5mL离心管中,将50~100μLDNAElutionBuffer垂直悬空加至吸附柱中央,65℃水浴3min。最大转速离心1min洗提回收DNA。(枪头不要碰触吸附柱,先加50μLElutionBuffer水浴离心完后换个1.5mL离心管,再加30μLElutionBuffer,水浴离心,将两次得到的DNA溶液合并后再分装,一个30μL、一个50μL,前者放4℃常用,后者-20℃低温储存)。22.得到的DNA洗提样品-20℃保存。注意事项:1.剪刀、镊子提前烧好冷却灭菌。2.抽滤时,将滤膜放于漏斗中后先加入少许水样将滤膜润湿,打开抽滤泵使滤膜紧紧吸附于漏斗底部,然后再将水样缓缓倒入。这样可以避免滤膜漂浮起来。3.水浴锅先开70℃

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