现代分子诊断技术

第七章现代分子诊断技术酶联免疫吸附测定DNA诊断系统DNA指纹遗传性疾病的分子诊断技术基因诊断基因蛋白质性状生化诊断基因诊断临床诊断传统的诊断程序先要对病原物质进行培养，培养后再分析它的生理学特性确定它到底是哪一类的病原物，是病毒、细菌，还是其他物质实践证明:比较有效,检测到病原微生物相对比较特异诊断成本高、速度慢、效率低如砂眼衣原体、朊病毒方法优点缺点显微镜镜检简单易行，可直接观察到寄生虫的形态速度慢，灵敏度低，对经验水平要求高费时费工，无法辨别形态相近的寄生虫体外培养、接种能检测到活的寄生虫，并可检测感染性和感染程度速度慢、花费高，寄生虫可能难以进行体外培养，且必须使用动物材料抗体检测简单、快速、能够实现自动化，可用于检测大量的样品无法区分活的寄生虫与处在潜伏状态的寄生虫。有时会有非特异反应发生DNA杂交及PCR快速灵敏，能够实现自动化，可以分辨不同种的寄生虫，不需要以前有寄生虫感染病史花费高，步骤多，无法区分活的和死的寄生虫，有时会有假阳性或假阴性检测寄生虫感染的诊断方法的比较现代分子诊断技术主要是指应用免疫学和分子生物学的方法对病原物质进行诊断检测一种有效的诊断方法应具备：1、专一性（specificity）强，诊断只对某一种病原菌分子产生阳性反应2、灵敏度(sensitivity)高3、操作简单(simplicity)基因诊断的特点特异性高检测目标是基因，为原始的致病因素灵敏度高待测标本往往微量，目的基因只需pg水平稳定性高基因的化学组成为核酸，比蛋白质稳定，且不需处于活性状态诊断范围广，适应性强确切的诊断，也能确定与疾病的关联状态临床应用前景好基因诊断优点从基因水平彻底揭示疾病的病因及发病机制显著提早产前诊断的时间无需对组织、器官或细胞进行选择快捷准确、安全基因诊断常用的技术•核酸分子杂交•PCR（聚合酶链式反应）•限制性酶切分析•SSCP（单链构象多态性分析）•DNA测序•DNA芯片技术DNASouthernblot,FISH,PCR,Sequencing,micoarray,restrictionanalysis,RFLP，SSCPRNANorthernblot,RT-PCR,micoarraysProteinWesternblot,Immuno-histochemistry,microarraySouthernblotNNTTNTTFISHPCR技术DNA测序指在固相支持物上原位合成寡核苷酸或者直接将大量探针以显微打印的方式有序地固化于支持物表面，然后与标记的样品杂交，通过对杂交的检测分析，得出样品的遗传信息（基因序列及表达的信息）由于在制备过程中运用了计算机芯片的制备技术如显微光蚀刻、显微打印等，且常用硅芯片作为固相支持物，所以称为DNA芯片技术DNA芯片技术的概念DNA芯片技术原理大规模集成的固相杂交基本原理是核酸分子杂交，即依据DNA双链碱基互补配对、变性和复性的原理以大量已知序列的寡核苷酸、cDNA或基因片段作探针，检测样品中哪些核酸序列与其互补，然后通过定性、定量分析得出待测样品的基因序列及表达的信息DNA芯片技术流程BiologicalSampleAnalyzedataScannermicroarray“Hybridize”arrayerMicroarrayfabricationSamplepreparationMolecularhybridizationDetectionandanalysis基因诊断的原理利用分子生物学和分子遗传学的技术，从DNA或RNA水平检测、分析基因的存在、变异和表达状态，从而对疾病做出诊断的方法策略检测已知的能产生某种特定功能蛋白的基因检测与某种遗传标志连锁的的致病基因检测表型克隆基因基因治疗的机理基因置换：正常基因取代致病基因基因修正：纠正致病基因的突变碱基序列基因修饰：目的基因表达产物补偿致病基因的功能基因抑制：外源基因干扰、抑制有害基因的表达基因封闭：封闭特定基因的表达“自杀基因”的应用免疫基因的治疗耐药基因的治疗美国医学家W·F·安德森等人对腺甘脱氨酶缺乏症（ADA缺乏症）的基因治疗，是世界上第一个基因治疗成功的范例1990年9月14日，安德森对一例患ADA缺乏症的4岁女孩谢德尔进行基因治疗。这个4岁女孩由于遗传基因有缺陷，自身不能生产ADA，先天性免疫功能不全，只能生活在无菌的隔离帐里。他们将含有这个女孩自己的白血球的溶液输入她左臂的一条静脉血管中，这种白血球都已经过改造，有缺陷的基因已经被健康的基因所替代。在以后的10个月内她又接受了7次这样的治疗，同时也接受酶治疗。经治疗后，免疫功能日趋健全，能够走出隔离帐，过上了正常人的生活。谢德尔，1999分子诊断利用PCR技术或PCR与分子杂交标记相结合，可以快速准确地检测出病原性物质。分子诊断遗传性疾病的诊断羊水和胎盘绒毛膜检测第一节酶联免疫吸附测定抗体高度特异地与抗原分子结合通过抗原-抗体的特异识别反应进行检测酶联免疫吸附测定(enzyme-linkedimmunosorbantassay,ELISA)一、酶联免疫吸附测定的原理工作原理：主要是利用了一抗与目标分子的特异性结合假定目标分子是一种蛋白质，那么要得到可用于检测的抗体，则首先需要纯化出这种蛋白质，然后用纯化的蛋白质免疫动物（一般是兔子），在免疫过程中兔子的血清就会产生多克隆抗体二、检测过程：①将待测样品结合在固相支持物（如96孔的微量滴定板）上②加入可以与目标分子特异反应的抗体，即一抗（primaryantibody）,反应后冲洗，将未结合上的一抗洗去③加入二抗（secondaryantibody），二抗通常只特异地识别一抗，而不识别目标分子（二抗上还连着一种酶，如碱性磷酸酶、过氧化物酶或脲酶等，这些酶都能够催化一种化学反应将无色底物转变成有色物质），一抗与二抗反应完成后，再次冲洗将未与一抗结合的二抗洗去④加入无色底物双抗体夹心法检测大分子抗原间接法检测抗体竞争法测定小分子抗原或半抗原，也可测定抗体双夹心法测定大分子抗原特异性相同，来源不同3、使用多克隆抗体的缺点①同一抗体混合物中不同抗体的含量会有差异，而且每次制备的抗体的量之间也会有差异②无法区别相类似的目标分子：如果病原分子与非病原分子之间只相差一个抗原决定簇，这时多克隆抗体就无法区分，因为在ELISA检测中都会发生颜色变化单克隆抗体特异性强只结合抗原上某一单一位置4、酶联免疫吸附测定的局限性仅凭ELISA结果容易造成误诊，ELISA检测只能作为一种初步的检测手段，要进一步确诊还必须进行western检测要提高ELISA检测的准确度,就必须提高一抗的特异性在使用抗体时，要求其抗原的编码其目标识别位点的基因要表达，而且目标位点不能够以任何方式被覆盖或阻断，否则都将影响抗体与抗原的结合第二节DNA诊断系统DNA诊断的理论基础：任何一个决定生物学特性的DNA序列都应该是独特的，都可以作为专一性的诊断标记一、核酸杂交1、工作原理：◆两条DNA链之间可以通过碱基配对而形成氢键2、3个关键要素：★探针DNA★目的DNA★信号检测主要依据：碱基互补、变性和复性DNA与DNA杂交：A=T、G≡C;DNA与RNA杂交:A=U、G≡C;变性：在一定温度下，使核酸双链解开为两条单链；复性：随温度逐渐恢复，变性的两条单链重新形成互补双链碱基互补核酸分子杂交（固相杂交）操作程序制备待测核酸样品分离、变性、转移、固化DNA片段杂交加入标记核酸探针检测杂交信号标记核酸探针预杂交制备核酸探针漂洗去除未参与杂交的标记探针3、杂交探针必须是高度特异性的DNA片段种级探针：区分两个或多个物种亚种级探针：区分物种内特定的株系DNARNA化学合成或克隆的完整基因基因的一个片段利用核酸双链的碱基互补、变性和复性的原理，可以用已知碱基序列的单链核酸片段作为探针，与待测样本中的单链核酸互补配对，以判断有无互补的同源核酸序列的存在核酸探针是指带有标记的某一特定DNA或RNA片断，能与待测样本中单链核酸分子互补配对结合，进而检测同源序列探针标记物有放射性核素或非放射性核素（生物素、地高辛、荧光素等）两大类分离杂交探针的方法：1.提取某一病原微生物株系的染色体DNA2.限制性内切酶进行酶解3.得到的酶解片段克隆进一质粒载体，构建质粒文库4.文库中重组质粒的插入片段即可用来分别同病原性微生物和非病原性微生物的核DNA进行杂交、筛选核酸杂交的灵敏度和可靠性极高用探针直接同粪便样品、尿样、血样、喉洗液和组织样品中的目标DNA进行杂交，且无需预先纯化DNA若样品中的目标分子非常少，则需通过PCR将目的序列扩增，再进行杂交检测从理论上讲，用DNA杂交来诊断疾病可用于对所有的致病微生物的检测4、非同位素标记探针32P的缺点：⑴半衰期短，仅13天⑵操作起来比较危险⑶必须要有特殊的实验室设备进行操作⑷放射性垃圾的处理繁琐非放射性杂交检测系统：通过酶促反应将某种底物转变成生色物质或化学发光物质而达到放大信号的目的采用将生物素（biotin）标记的核苷酸掺入DNA的方法制备探针生物素标记的DNA在室温下至少可保存一年检测发光和颜色变化可在几小时内完成BBBBAPBBAP生物素加入链霉素抗生物蛋白加入生物素标记的碱性磷酸酶探针目的DNA加入不同的生色或化学发光底物荧光标记的引物直接进行PCR检测DNA引物1引物2荧光染料PCR层析荧光检测游离引物分子夹心探针检测发出荧光分子夹心探针(没有荧光)荧光团猝灭剂目的DNA与目的DNA杂交TaqMan探针技术原理：利用Taq酶的3′5′外切核酸酶活性，切断探针，产生荧光信号，由于探针与模板特异性结合，荧光的强弱就代表了模板的数量3′5′5′3′QR上游引物下游引物5′3′3′5′QRTaqMan探针的荧光信号产生机制疟疾的分子诊断：检测是否存在疟原虫1.抽取血样进行镜检2.免疫诊断:ELISA检测疟原虫蛋白或抗体无法区分是以前感染还是现在感染3.DNA杂交诊断例一：DNA的杂交探针是一段疟原虫的高度重复的DNA序列具体的分离过程：1.构建一个疟原虫的核基因文库2.用标记的疟原虫核DNA作探针去筛选核基因文库3.选出那些杂交信号最强的克隆4.用这些选出来的片段作探针，与疟原虫及其同属中不导致疟疾的种的核基因作杂交，以检查该片段作为DNA探针的可靠性锥虫的检测锥虫在人体中可侵入肝、脾、淋巴结、中枢神经系统，在其中大量繁殖并杀死寄主细胞显微镜检新鲜血液取新鲜血液感染未携带锥虫的寄生虫,30-40天后杀死昆虫,镜检昆虫的肠道免疫检测:假阳性高例二：PCR检测针对锥虫特有的一段188bp的DNA序列设计引物，特异地从锥虫基因组中扩增得到188bp的条带二、细菌性传染病及病毒性疾病的分子诊断技术抗生素的不合理使用DNA杂交PCR检测噬菌体介导DNA杂交设计16SrRNA为探针16SrRNA在细菌中拷贝数极高，高度的保守性特异性不是很好必须结合PCR技术PCR检测nestedPCR针对目的病原菌的不同保守区段设计多对引物每对引物都能特异的扩增出一段目的片段，病原菌存在的可能性大大增加模板使用外引物，进行第一次PCR扩增使用内引物，进行第二次PCR扩增第一次PCR扩增产物第二次PCR扩增产物巢式PCR原理示意图PCR技术也会产生假阳性1.新扩增的目的DNA特异性不强2.退火温度过低3.模板中杂质的污染假阴性1.存在Taq酶的抑制剂2.模板量过少3.模板DNA纯度不够原位PCR(insituPCR,ISPCR)在细胞或细胞切片上对待测的低拷贝数基因进行扩增，并通过原位杂交进行检测不仅能检测出病原微生物的存在，且能够在组织细胞中定位原位杂交（nucleicacidhybridizationinsitu）将标记探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交，进而检测特异的DNA或RNA序列细胞原位杂交组织切片原位杂交DNA-DNARNA