新版PubMed文献检索ppt课件

新版PubMed检索新版PubMed检索PubMed及NCBI相关数据库PubMed数据范围认识新版PubMedPubMed检索方法PubMedRSS学科跟踪PubMed及相关数据库NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心)NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibraryofMedicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。NCBI成立的主要任务为：提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言--DNA在健康与疾病中所扮演的角色发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。NCBI组织架构ComputationalBiologyBranch（CBB）InformationEngineeringBranch（IEB）InformationResourcesBranch（IRB）NCBI组织架构ComputationalBiologyBranch（CBB）处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。NCBI组织架构InformationEngineeringBranch（IEB）进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。提供软件与数据库设计咨询与建议。发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。NCBI资源NCBI目前提供的生物信息资源主要分为生物数据库生物信息工具NCBI资源生物数据库生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（OpenAccess）数据库包括如下：Entrez以及BLASTEntrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORFFinder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。Entrez可以检索的数据库Books出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库CancerChromosomes美国国立癌症研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据ConservedDomainDatabase（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库3DDomains，蛋白质功能区块立体结构数据Gene，包含许多物种的基因数据库Genome，包含超过800种物种的基因组数据库GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱GEODatasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据GEOProfiles，基因表现图谱HomoloGene，同源基因批注数据库Journals，期刊文献（包含PubMed）MeSH，医学主题词数据库NCBIWebSite，所有NCBI网页NLMCatalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录Nucleotidesequencedatabase，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）Entrez可以检索的数据库OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库PopSet，族群演化分析相关研究资料Proteinsequencedatabase，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）PubChemBioAssay，化学成分之生物活性筛选资料PubChemCompound，小分子化学物质结构PubChemSubstance，具生物活性之化学物质筛选数据PubMed，科学文献报导数据库PubMedCentral，科学文献数字全文数据库SiteSearch，可搜寻NCBI的网页与FTPSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)Structure，分子模型数据(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息UniGene，人类unique基因序列数据库UniSTS，unique序列卷标地址数据库PubMed数据范围数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。特点：免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取）提供检索词自动转换匹配操作简便、快捷PubMed数据范围MEDLINE4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。记录中用[PubMed-indexedforMEDLINE]标记表示[注]截止2006年3月15日PubMed公布的数据Inprocesscitation提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。获MeSH词后，再加入MEDLINE。记录中用[PubMed-inprocess]标记表示。PublisherSuppliedCitations出版商直接向PubMed提供电子记录包括MEDLINE未收录的部分记录记录中用[PubMed-assuppliedbypublisher]标记表示。OldMedline1950-1965年间发表的200多万篇文献没有MeSH字段和摘要记录中用[PubMed-OLDMEDLINEforPre1966]标记表示。PubMednotMedlinePubMed收录Medline不收录的文献。记录中用[PubMed]标记表示。PreMedlinePubMedMedlinePubMed与MEDLINE的区别收录范围广：MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）认识新版PubMedPubMed首页PubMed检索结果页PubMed结果显示PubMed摘要显示新版PubMed特色：简洁、清新检索速度较快常用工具WelcometoPubMed使用帮助更多服务检索词输入框出处SO篇名TI作者AU文献类型(状态)Summary结果筛选检索提示认识新版PubMed认识新版PubMed调整显示设置可改变显示模式，显示数量及检索结果排序显示设置显示摘要显示数量排序模式在摘要显示模式下可以看到详细的文献信息作者地址文献摘要文献作者文献篇名全文链接文献类型文献主题词认识新版PubMed出版社上传PreMedlinePubMedMedlinePubMed数据库收录的文献的状态，主要为Medline相关数据库检索检索详情认识新版PubMed非英文的文献篇名上有中括号[]且注明有语种英文文献土耳其语[篇名]英文文献认识新版PubMed电子优先即最新文献，一般比印刷出版提前三个月以上电子优先2009年5月2008年9月认识新版PubMedPubMed检索方法PubMed基本检索PubMed高级检索PubMed限定检索PubMed主题检索临床查询检索PubMed全文获取PubMed基本检索在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。例如：检索肿瘤(cancer)方面的文章。在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer”将自动转换为：neoplasms[MeSHTerms]ORneoplasms[AllFields]ORcancer[AllFields]自动转换匹配：PubMed对输入检索框中的检索词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据库中的各类术语匹配的原则。MeSHTranslationTable主题词注释表JournalsTranslationTable期刊注释表CommonPhraseList常用词组表AuthorIndex作者索引表NoMapping检索词拆分AND自由词检索时PubMed自动将不规范的词转换成规范的词进行检索自动词汇转换PubMed基本检索布尔逻辑组合检索，常用的逻辑关系词有AND，OR，NOT等ABAB逻辑与（AND）--检出记录中同时含有检索词A和检索词B.如：AANDB逻辑非（NOT）--在含检索词A的记录中，去掉含检索词B的记录。如：ANOTB逻辑或（OR）--检出记录中含有检索词A或检索词B或同时含有检索词A和B的文献。如：AORBABPubMed基本检索作者姓名检索按照姓+名缩写（不用标点）的格式键入作者姓名，如：smithja或jonesk,系统会自动在作者字段内进行检索。姓名第一个字母可用大写也可用小写，姓前名后,姓用全称，名字一般用缩写。考虑到作者姓名的不同形式，PubMed采用自动转换功能进行作者姓名检索，如：smithj将检索成smithja,smithjb,smithjr等。精确检索：可以用双引号将作者名引起来，再加作者字段限定[AU]，如：smithj[au