基因启动子序列的查找

一、基因序列查找NCBI—选择“Gene”—输入基因的名字（eg.p53）--Search基因序列查找选择特定物种的p53基因—eg.TP53(human)基因序列查找获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。下拉获得更多详细信息基因序列查找基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。基因序列查找基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBankGenBank:获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。基因序列查找FASTA:获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）查找P53的基因序列；启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）选择特定物种的P53基因，例如human.启动子序列的查找1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）获得humanp53基因的详细信息启动子序列的查找2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）；•在染色体上的位置：Chromosome17-NC_000017.11•转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：7668402-7687550bp.启动子区位于基因5’端2000bp，即7687550-7689550bp启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息，确定其在基因序列中的位置。启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp启动子序列的查找3、确定启动子区与第一外显子区的长度；•进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度：•第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（7687550-7689550bp）的左侧174bp：7687376--7687550bp；•第一外显子+启动子：7687376--7689550bp启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；数据保存为FASTA格式，用word打开。启动子序列的查找4、下载启动子区与第一外显子区的序列；去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换