酶的命名和分类

酶(Biocatalytics)酶的命名和分类酶的作用特性酶促反应动力学酶的抑制剂与与药物分子设计核酸酶和抗体酶寡聚酶、同功酶和固定化酶酶的应用生物催化剂的发现和发展酶活力的测定学习要求学习要求•了解酶的命名和分类•弄清酶的化学本质•掌握理解活性中心、酶活性、反应初速度、比活性、Km最适PH、最适温度、酶原、竞争性抑制•弄清影响酶促作用的各种因素•掌握酶促作用的动力学和结构基础•对比酶的几种不同类型的抑制作用•酶的作用机制与药物分子的设计•了解核酸酶、抗体酶的相关知识•了解同功酶、诱导酶、别构酶、固定化酶的本质和应用章首5.1生物催化剂的发现和发展•一、生物催化剂的发现1、ferment2、淀粉糖化酶：18333、enzyme1878年4、1926年，脲酶结晶，提出酶的蛋白质的本质5、1963年，牛胰核糖核酸酶的一级结构1965年，鸡卵清溶菌酶的三维结构1969年，人工合成核糖核酸酶二、生物催化剂的发展1、Ribozyme1982年2、抗体酶（abzymes)3、生物酶工程4、人工酶5、模拟酶酶的本质？章首5.2酶的命名和分类国际系统命名法：1、名称由两部分组成：底物＋反应名称如：ATP:己糖磷酸转移酶2、不管酶催化正反应还是逆反应，都用同一名称。如：DH2:NAD氧化还原酶习惯名或常用名：1、根据酶所作用的底物命名如：淀粉酶，蛋白酶2、根据酶所催化的反应命名如：转氨酶，脱氢酶3、在底物、反应基础上加上酶的来源或其它特点命名如：胰蛋白酶、碱性磷酸酶国际系统分类法酶的六大类：1.氧化还原酶类（oxido-reductases)2.转移酶类（transferases)3.水解酶类（hydrolases)4.裂合酶类（lyases)5.异构酶类（isomerases)6.合成酶类（ligases)如：SOD（超氧化物歧化酶）——EC1.15.1.1（EnzymeCommission)章首5.3酶的作用特性•酶的催化作用特性•与酶的催化特性有关的因素•酶的非蛋白组分——辅酶和金属离子章首酶的催化作用特性（一）酶是自然界中催化活性最高的一类催化剂比普通催化剂效能高107～1013倍Movie.decreaseenergy（二）酶是具有高度选择性的催化剂•反应专一性(reactionspecificity)只催化一种或一类反应，几乎不产生副反应•底物专一性(substratespecificity)(1)结构专一性(structurespecificity)如：脲酶：只催化水解尿素(2)立体专一性(stereospecificity)手性底物，如：淀粉酶只水解D－葡萄糖形成的1,4-糖苷键(3)几何专一性(geometricspecificity)只催化某种几何异构体底物的反应酶的催化作用特性返回酶的催化作用特性（三）酶促反应遵循米氏动力学方程•1酶分子的结构•2酶与底物分子之间的相互作用•3酶与底物分子之间的定向效应•4酶与反应过渡态的结合作用•5酶与底物的手性选择性结合作用与酶催化特性有关的因素返回（一）酶分子的结构酶的活性中心结合部位：专一性空间形状和氨基酸残基组成上，利于酶－底物复合物的形成。催化部位：高效性•与结合部位重叠或非常靠近；•含有多种具有活性侧链的氨基酸残基；•有的含有辅酶或金属离子；•激活底物或降低过渡态活化能。Movie.EScomplex酶分子的结构•必需基团：与酶的催化活性有关•活性中心的必需基团：与底物结合•非活性中心的必需基团：具有空间支撑或结构维持作用•非必需基团：与酶的其它活性有关，如识别、定位、免疫等Movie.enzymereaction1返回（二）酶与底物分子相互作用•酶－底物中间复合物（enzyme-substratecomplex)E+SESE+PMovie.Enzymereaction2返回•1、静电引力•2、氢键•3、疏水键相互作用：活性中心是相对的疏水环境酶－底物结合力（三）酶与底物的定向效应•底物分子结合到酶的活性中心：1)底物在酶活性中心的有效浓度大大增加2)活性中心的立体构型和相关基团的诱导和定向作用，使底物分子中参与反应的基团相互接近，并被严格定位3)是酶促反应具有高效率和专一性的原因返回（四）酶与反应过渡状态的结合作用•酶与反应过渡状态的亲和力远大于酶与底物或产物的亲和能力Movie.ESPcurve返回（五）酶与底物的手性选择结合作用•不对称催化作用•大多数天然产物都具有旋光性•酶分子的活性中心部位，含有多个具有催化活性的手性中心，对底物分子起诱导和定向作用，使反应按单一的方向进行。返回三、酶的非蛋白组分——辅酶和金属离子返回（一）辅酶和辅基1、辅酶和辅基的区别与酶蛋白结合的强弱——透析2、辅酶和辅基的功能本质：小分子有机化合物具有氧化还原性或转移基团的能力3、辅酶和辅基的作用特点直接参与反应——“第二底物”•全酶中的辅酶决定酶反应专一性——同一辅酶或辅基可以和多种不同的酶蛋白结合形成不同的全酶。•全酶中的酶蛋白决定底物专一性4、辅酶和维生素大多数辅酶或辅基的前体是维生素，主要是水溶性B族维生素。（一）辅酶和辅基返回（二）酶分子中的金属离子•金属酶（mentalloenzymes)，如SOD1）酶蛋白与金属离子结合紧密2）过渡金属离子：如Fe2+/Fe3+,Cu2+/Cu+，Zn2+，Mn2+等3）通过配位健与氨基酸残基侧链基团相连或作为酶的辅助因子•金属激活酶（metal-activedenzymes)1）结合较松散2）碱金属离子或碱土金属离子，如K+,Na+,Mg2+,Ca2+等返回•什么是酶促反应动力学?•米氏方程•米氏方程的推导•影响酶促反应的因素5.4酶促反应动力学章首酶促反应动力学研究酶促反应的速度以及各种因素对反应速度的影响，其中酶与底物之间的作用问题是研究酶促反应的核心问题。返回酶促反应动力学•米氏方程（MichaelisMenten方程）Km的意义？返回米氏方程的推导酶促反应历程Movie.equation1ES降解速率Movie.equation2反应平衡时Movie.equation3米氏方程Movie.equation4米氏曲线Movie.double-curveES形成速率Movie.ESk1返回影响酶作用的因素(1)温度对酶作用的影响(2)pH对酶作用的影响(3)酶浓度对酶作用的影响(4)激活剂对酶作用的影响(5)抑制剂对酶作用的影响返回1)温度对酶作用的影响•酶的最适温度（optimumtemperature,Tm）在一定范围内，反应速度达到最大时的温度称为酶的最适温度（optimumtemperature,Tm）。最适温度不是酶的特征物理常数。返回2)pH对酶作用的影响•pH对酶促反应速度的影响，主要有下列原因：–1影响酶和底物的解离–2影响酶分子的构象返回3)酶浓度对酶作用的影响返回4)激活剂对酶作用的影响•凡能提高酶的活性，加速酶促反应进行的物质都称为激活剂或活化剂(activator)。•一般认为，激活剂的作用主要有以下几个方面：–1．解除抑制剂的抑制作用–2．辅酶和辅基是构成某些有活性的全酶的必要组成成份–3．无机离子激活许多酶类返回4.5酶的抑制剂与药物分子设计返回酶的作用机理movie•什么是抑制剂？•抑制剂的作用机理？•抑制剂的分类及特点？•抑制剂的作用机理与药物分子设计抑制剂定义能够降低酶的活性，使酶促反应速度减慢的物质。抑制剂作用机理1.底物类似物－－活性中心结合2.非底物类似物－－不与活性部位结合，但和酶活性部位以外的必需基团结合，从而影响酶促反应过程。抑制作用分类抑制作用分类：根据抑制剂与酶作用方式的不同不可逆抑制可逆抑制不可逆抑制（irreversibleinhibition)概念：抑制剂与酶活性中心必需基团以共价键结合，阻碍了底物的结合或破坏了酶的催化基团，不能用透析或超滤等方法去除抑制剂。结合部位：活性中心必需基团结合方式：共价键分类：根据抑制剂对酶选择性的方式非专一性不可逆抑制专一性不可逆抑制非专一性不可逆抑制•概念：一种抑制剂可作用于酶分子上的不同基团或作用于几种不同的酶例如：烷化剂类：碘乙酸酰化剂类：酸酐、磺酰氯专一性不可逆抑制Ks型：一种抑制剂只作用于酶分子中一种氨基酸侧链基团，该氨基酸残基属于酶的必需基团。如：有机汞：专一作用于巯基有机磷农药：专一作用于丝氨酸羟基如乐果、敌百虫等Kcat型：结构及作用特点：抑制剂为底物的类似物，但其结构中潜藏着一种化学活性基团，在酶的作用下，潜在的化学活性基团被激活，与酶的活性中心发生共价结合，不能再分解，酶因此失活。用自杀性底物对付抗青霉素的菌株青霉素分子耐药性产生的原因解决耐药性的方法青霉素分子诱导酶，耐药性β－内酰胺环与噻唑环融合对青霉素酶具有抑制作用的青霉素产品clavulanicacid本身没有显著的抗菌活性，但它对青霉素酶来说，因此，将clavulanicacid与对青霉素酶敏感的青霉素可以组合成新的青霉素制剂。现在这种类型的青霉素产品己经被广泛应用。cefoxitin，先锋霉素(或称为头抱菌素）类抗生素，其结构为:由链霉菌产生，稳定性好的原因主要是其分子中β-内酰胺环上连接的噻唑侧链基团和甲氧基的空间位阻作用，影响了与青霉素酶的结合。对青霉素酶不敏感的青霉素新品种可逆抑制（reversibleinhibition)概念：抑制剂与酶蛋白以非共价键结合，具有可逆性，可用透析、过滤等方法将抑制剂除去。结合部位：活性中心，非活性中心结合方式：非共价键分类：可逆抑制的分类抑制剂与底物是否竞争与酶的结合1.竞争性抑制(Competitiveinhibition)2.非竞争性抑制(uncompetitiveinhibition)3.反竞争性抑制(anticompetitiveinhibition)1.竞争性抑制(Competitiveinhibition)概念：抑制剂的化学结构与底物相似，与底物竞争性的与酶的活性中心结合。概念：酶可以同时与底物及抑制剂结合，两者没有竞争作用。2.非竞争性抑制(noncompetitiveinhibition）3.反竞争性抑制(anticompetitiveinhibition)概念：抑制剂能与酶与底物的复合物ES结合，不再分解，从而降低形成产物的数量。Vmax减小，Km不变磺胺类药物显效结构——对氨基苯磺酰胺与对氨基苯甲酸产生竞争性拮抗节首结构类似物对氨基苯磺酰胺对氨基苯甲酸（PABA）节首与PABA产生竞争性拮抗竞争酶表面返回FH2L-Glu+对氨基苯甲酸＋喋啶FH2合成酶--------FH4FH2还原酶安全：人体可从食物获取FH2，而微生物不能从外界环境获得，故磺胺类药物对人体无害。抗菌谱广：凡需自身合成FH2的微生物，均易受到磺胺药的抑制。6.6酶活力的测定概念：酶活力、比活力、酶活力单位掌握：测定酶活力时需要注意的问题酶活力及其测定•酶活力（activity):酶催化一定化学反应的能力•酶活力测定中需要注意的问题1、最适条件2、底物量3、反应初期测定，保持反应速度恒定酶的活力单位（enzymeunit)•定义：标准条件下，1min内催化1微摩尔底物转化为产物的酶量定义为一个酶活力单位。•实质：酶所催化反应的初始速度•单位：µmol/min返回酶的比活力（specificactivity)•定义：每毫克酶蛋白所含的酶活力单位数•单位：u/mgpr•实质：表示酶纯度5.7核酸酶和抗体酶核酶（Ribozyme）抗体酶(abzymes)核酶返回•核酶的发现•核酶的催化性质•核酶的研究中的两个问题核酶的发现•Altman发现RNase-P的蛋白部分不具催化功能，而RNA部分在有足够浓度Mg2+离子存在下，能起核酸水解酶的作用。•Cech发现RNA原生动物四膜虫的Pre-rRNA是一种具有自催化性能的核酶。•证明了核酸既是信息分子，又是功能分子节首退回核酶结构图催化过程图退回转酯作用转酯作用核酶的催化性质•RNA作用于RNA•核酸酶催化的反应主要包括:水解反应(RNA