市级医院临床科研资源共享平台项目

第1页共21页上海市级医院临床科研资源共享平台建设项目共享情况临床遗传学平台项目批准号:SHDC12007701项目名称：以芯片比较基因组杂交（aCGH）技术为核心的多功能临床分子遗传学和分子病理学共享平台平台建设单位：上海市儿童医院项目负责人：方秉华包黎明曾凡一联系地址：上海市北京西路1400弄24号邮政编码：200040联系人：李嫔任兆瑞联系电话：62474880－2401，3058传真：62475476，62790494电子信箱：[e-mail]，[e-mail]平台介绍：上海市儿童医院拥有上海交通大学基础医学院博士点，临床医学院硕士培养点和博士后流动站，是上海交通大学《遗传学》国家重点学科和上海市重点学科的领衔和主持单位。医院所属的上海医学遗传研究所在遗传病的防治领域作出了许多在国内外颇具影响力的贡献，特别是在遗传病的诊断和治疗以及新生儿筛查和遗传咨询等方面形成了鲜明的特色和优势，是我国第一个获得美国国立卫生研究院科学基金的单位。在常见遗传病如地中海贫血、血友病、杜氏肌营养不良、苯丙酮尿症、亨廷顿舞蹈症、先天性肾上腺皮质增生症、性分化异常等的基因诊断和产前诊断方面处于国际先进水平。最近，与国外公司合作共同研发MLPA－微阵列芯片技术，并与国内多家单位合作和共享运用该技术对200多例DMD和染色体异常病人进行了准确的基因诊断，达到国际领先，相关论文已在国际著名杂志《HumanMutation》发表。在基因治疗方面，应用反义核酸结合RNA干扰技术在细胞和模型小鼠中对地中海贫血进行基因治疗获得成功，该成果获得上海市科技进步一等奖（2003年），相关论文已被国际著名杂志《HumMolGenet》和《Haemalologica》接受发表。医院拥有一批在医学遗传学领域作出杰出贡献的专家、教授，国家“973”第2页共21页项目首席科学家，中青年学术带头人和业务骨干，形成了实力强大的学术梯队。在技术方法上，采用美国PerkinElmer公司的SpectralGenomicsaCGH芯片及分析软件，冰岛NimbleGenSystems提供染色体断裂位点分析所需的高分辨率芯片和分析软件。aCGH分子病理项目中样本处理和全基因扩增法，将试用已商品化的试剂盒。芯片生物信息数据的分析将聘请美国辛辛那提儿童医学中心生物信息中心主任徐燕教授担任指导。表1－1临床遗传学平台可供共享的设备序号设备名称规格/型号主要用途1MLPA基因芯片检测仪FD10/Pamgene突变检测2流式细胞分析仪BDFACSAriaFlow细胞分型等3倒置式显微镜OLYMPUS5X71染色体检测4定量PCR仪RG3000基因检测表1－2临床遗传学平台可供共享的技术项目及收费价格序号技术项目名称收费价格（元）主要用途课题组自行支付项目经费支付1MLPA－微阵列芯片技术150300用于基因突变的检测2aCGH检测微小染色体异常10001000检测染色体微小异常3FISH图像分析（多色分析）500600染色体复杂异常的分析4染色体核型分析250100染色体异常检测5流式分析/管2020细胞分析6流式分选/小时500500/2way1000/3-4way细胞分选第3页共21页临床药理学平台项目批准号:SHDC12007702项目名称：临床药理学科研共享平台平台建设单位：曙光医院项目负责人：蒋健马越鸣联系地址：上海市普安路185号邮政编码：200021联系人：高月球联系电话：63857984传真：63857984电子信箱：[e-mail]平台介绍：曙光医院为卫生部首批中药临床药理基地，2006年通过了SFDA专家组的现场检查，至今承担了卫生部或国家食品药品监督管理局下达的新药临床试验任务200多项。医院下设的临床药理科由药物临床研究评价研究室，I期临床试验研究室，药物代谢动力学实验室和数据管理中心组成。是国家（教育部）重点学科中医内科学、国家（教育部）重点学科中药学、国家（教育部）省部共建实验室、上海市优势学科中医内科学、上海市浦东新区新药临床试验研究平台的重要组成部分。医院与中科院药物研究所药物代谢研究中心、上海中医药大学GLP实验室、上海中医药大学临床药理研究中心有良好的合作关系，具备开展药物代谢研究的软硬件条件和技术支撑。建在浦东张江的I期病房符合国际一流标准，至今已完成I期药物临床试验36项，药代实验室已经具备血药浓度检测方法确证及检测等基本技术，完成药代和生物等效性试验31项。医院承担的援非项目盐酸阿莫地喹生物等效性试验，是中国第一个接受WHO委托并监察的I期临床试验项目，已经通过WHO的验收。表2－1临床药理学平台可供共享的设备序号设备名称规格/型号主要用途1质谱仪LC/MS-2010EV血药浓度检测2高效液相色谱仪LC-2010血药浓度检测第4页共21页3液相色谱质谱联用仪API4000血药浓度检测4微型旋涡混合仪XW-80A混匀试剂5高速离心机AnKeTGL-18C-C离心6脉冲调制型超声波清洗器AS10200A清洗7超低温冰箱SANYO保存样品8分析天平XS105称量表2－2临床药理学平台可供共享的技术项目及收费价格序号技术项目名称收费价格（元）主要用途课题组自行支付项目经费支付1药代动力学研究（I期）（3个剂量+连续性给药）协商确定150000检测药物浓度，分析体内经时过程，评价药动学特征2药代动力学研究（I期）（单剂量）协商确定50000检测药物浓度，分析体内经时过程，评价药动学特征3新药人体生物利用度试验（I期）协商确定80000检测药物浓度，分析体内经时过程，进行生物等效性评价4治疗药物监测协商确定200/样检测治疗药物浓度，用药个体化5药代动力学研究（人或动物，除外I期）协商确定20000*+150/样检测药物浓度，分析体内经时过程，评价药动学特征6药物检测方法建立和确证协商确定200007样本检测协商确定150/样8生物利用度试验（人或动物，除外I期）协商确定20000*+150/样检测药物浓度，分析体内经时过程，进行生物等效性评价9药物检测方法建立和确证协商确定20000（30000）10样本检测协商确定150/样*为方法确证费用第5页共21页病原学平台项目批准号:SHDC12007703项目名称：病原微生物与传染病防治临床科研资源共享平台平台建设单位：公共卫生临床中心项目负责人：袁正宏联系地址：金山区漕廊公路2901号邮政编码：201508联系人：胡芸文联系电话：37990333－8330传真：57248769电子信箱：[e-mail]平台介绍：上海市公共卫生临床中心作为市政府2004年重大建设项目一号工程，建设目标是加强本市的公共卫生体系建设和传染病的临床诊治，构筑起一个可供国内外开放交流合作的公共卫生科研平台，为提升上海的公共卫生医疗与教学科研能力发挥作用。下属科研中心设有6个实验平台，分别为：分子生物学平台、药代动力学和蛋白质组学平台、免疫学平台、细胞生物学平台、高致病性病原微生物研究平台、实验动物平台。采用科学研究与临床医技一体化的管理模式，两者互为补充、相互促进、资源共享、共同提高。采用灵活多样的政策吸引国内外专家利用技术和设备平台共同开展传染性、感染性疾病病原学，病毒分离，免疫与病理，药物筛选与疫苗，临床诊断、治疗和预防等方面的研究，逐步建立“以我为主，广泛合作”的国际合作新模式。通过多种形式的国内外合作交流，科研共享平台将发展成为集传染病实验室诊断、科学研究、平台服务和人才培训为一体的设备精良、技术先进、运转高效的开放式现代化实验室平台。在传染病病原学和生物学特性、发病机制、诊断方法与技术、疫苗研究等方面形成特色，全面提高检验、检测及科研能力，为疾病预防控制、治疗、公共卫生监督、预防医学研究及突发事件应急处置等提供实验技术支持。通过国际合作，科研共享平台力争成为世界卫生组织西亚太区传染病与公共卫生研究合作中心之一，努力成为在国际相关领域有重要影响的传染病与公共卫生研究平台。第6页共21页表3－1病原学平台可供共享的设备序号设备名称规格/型号主要用途1DNA测序仪Megabace500主要用于各种生物物种的全基因组测序，质粒克隆测序，PCR产物直接测序，微卫星DNA基因型分析和单核苷酸多态性(SNP)基因型分析等。2流式细胞仪FACSAria主要应用于淋巴细胞亚群分析，多个细胞因子检测，胞内细胞因子检测，细胞周期及倍体分析，细胞凋亡等抗体标记物的细胞分析。3超速离心机OptimaL-XPSeries病毒及亚细胞组份分离；蛋白梯度分离；蛋白分离；RNA梯度沉淀；质粒DNA提纯等4共聚焦显微镜FV1000对细胞内蛋白、核酸进行荧光定位检测。5微生物鉴定系统AGILENT6890N通过分析每个菌株的脂肪酸图谱来鉴定细菌及酵母6ABI质谱仪岛津液相－API3200用于体内药物分析和药代动力学研究，组合化学大量样本分析，农药及降解产物分析及天然提取物分析。7二维液相ProleomeLabPF2D目标蛋白快速分离。8离子肼质谱EsquireHCT用于小分子药物、多肽及大分子蛋白质、核酸等的分析9生物信息系统InsightⅡ提供生物分子及有机小分子建模，功能分析工具，结构改造，动力学模拟等。10LuminexLuminex100™用于病原体高通量检测。11四级杆质谱Agilent1100SeriesLC/MSDSL主要应用于药物开发、农药、兽药残留分析、有机化学、配位化学研究等有机小分子领域；小分子药物代谢分析，也可应用于蛋白质组学（多肽、蛋白及其它生物活性物质）的定性、定量研究。12荧光显微镜Axiovert200用于观察基因表达,体外授精,显微镜解剖等。13小动物CTExploreLocus用于动物模式之建立、干细胞的研究神经科学的研究、心血管疾病的研究、肿瘤转移机制研究、新药开发及药物载体研究、纳米生物医药材料研发、骨质疏松及微骨结构的检测等。14蛋白多肽纯化系统BioLogicDouFlowTM用于全自动蛋白和肽的纯化。15小动物荧光影像分析系统NightOWL动物荧光扫描成像及分析和定量表3－2病原学平台可供共享的技术项目及收费价格序号技术项目名称收费价格（元）主要用途课题组自行支付项目经费支付第7页共21页1二维液相蛋白质分离48元/样品32元/样品蛋白质分离2二维电泳全套3200银染全套：4400考马斯亮蓝全套：4000蛋白分离3蛋白质谱鉴定/样品（NanoLC–MS/MS）2002DE胶点：600SDS胶带：800蛋白鉴定4蛋白多肽纯化1000元/样品300元/样品蛋白多肽纯化5病毒及亚细胞组分离（超速离心方法）100200元/样品病毒及亚细胞组份分离；蛋白梯度分离；蛋白分离；RNA梯度沉淀；质粒DNA提纯等6ELISPOT检测50元/样品200元/样品测定细胞毒T细胞和辅助性T细胞的数量和活性7流式分析/管1520细胞因子、细胞周期和凋亡分析8多抗制备3300500抗体制备9单抗制备120005000抗体制备10流式分选/小时500500/2way,1000/3-4way细胞快速分选11DNA测序15/样品35/样品DAN序列鉴定12细胞荧光观测及摄像服务24元/次40元/次观察细胞内基因表达,细胞图片解析13共聚焦显微镜观察和分析120元/样品200元/样品对细胞内蛋白、核酸进行荧光定位检测。14微生物鉴定100元/样品300元/样品菌株的脂肪酸图谱分析和鉴定15药物浓度分析180元/样品400元/样品药物开发、农药、兽药残留分析、有机化学、配位化学研究；小分子药物代谢分析16荧光定量PCR检测30元/小时50元/样品检测病毒载量及组织细胞基因表达水平17呼吸道病毒高通量检测（luminex）200元/样品800元/样品呼吸道病原体高通量筛查（8-10种同时检测）18病原体核酸鉴定20元/样品DNA检测：60元/样品RNA检测：80元/样品检测+测序鉴定：200元/样品呼吸道、神经系统和消化系统病原体（包括细菌、