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原位PCR：PCR在组织或细胞样本片上直接进行，用原位杂交找到目的基因的表达位置。递减PCR：每个循环降低1度退火温度，无需确定最佳退火温度即可反应。菌落PCR：不用提取基因组DNA，不用酶切鉴定，直接对把菌体热解后暴露的DNA跑PCR简并PCR：用氨基酸序列设计带有简并性的引物库，可以发现新基因或基因家族、多重PCR：也就是把许多种引物放进去，一次增殖多种DNA（省资源）。不对称PCR：两种引物含量不同（50或100:1），用于制作单链DNA（在前几轮循环中已把低浓度引物用完并搞出足够的模板链，之后便可以快速合成目标链）有色互补PCR（CCA-PCR）：用不同荧光染料标记引物5'端，如果是靶基因那会出现两头荧光（正反链都符合各自引物故出现两种荧光，只有一头荧光不是靶序列）。可用于检测靶基因是否存在荧光实时定量PCR：在反应前探针上荧光被淬灭基团，不外放荧光。而在反应过程中Taq酶会破坏探针，此时荧光不能被淬灭基团吸收，对外放出。显然同时复制的DNA越多，放出荧光越强，即荧光越强，DNA含量越多。用CT值代表发出荧光强度达到预先设定的阈值所需的循环数，那么CT值越大，DNA丰度越小（复制越多次才达到预计数量）。由于PCR的DNA可为cDNA，因而也可测出mRNA丰度热不对称交错PCR：为了用已知序列找未知序列。基本原理为：1.用简并性引物在未知序列上创造位点。2.用巢式PCR提高扩增产物特异性3.用2轮高温（特异性引物反应），1轮低温交替（非特异性引物反应）的超级PCR循环提高特异产物比例。（即不对称PCR的部分）4.通过稀释来降低非特异性产物比例