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来自生物软件网谢谢jerry(xujz602@sohu.com)和Huang(candycat719@sina.com)辛苦的翻译工作翻译说明1原英文稿中附有许多示例如输出窗口序列等译文一般用参见英文稿表示在阅读此段时请参见英文中的图示对于一些较小的示例如等式的推导译文中保留2原英文稿中也给出了许多算法和程序的原始文献和网址译者认为这是BioEdit的一个优点如果想深入的学习不能不读一读原始的文献译文中用REFERENCE表示请参考英文原稿3译文中对专业的词汇采用以下办法处理即一般采用国内已有人使用的译法如果未见到则译者给出一种译法并在旁边列出英文译文中各节的标题都是这样处理的前者如昀简单的例子Aligment一词有比对对比对排等多种翻译郝柏林院士建议译做联配见生物信息学手册p175方舟子译做排列对比见新语丝网页本译文采用联配的译法后者如mask一词文中专门有一节解释其含义此词的普通含义有面具遮饰译文中使用屏蔽并在旁边写mask总之此类词汇使用多了自然明了其内在的含义4偶尔译者会对某处略做解释旁边用译者注表示表示译者的理解请注意5翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料A生物信息学手册郝柏林等著上海科学技术出版社2000年B生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南AndreasD.Baxebanis等原著李衍达等译清华大学出版社2000年6由于译者占有的资料不多水平有限在译文中肯定有漏译译的不全面甚至理解完全错误的地方(尤其是算法上)敬请指正Emailmeat:xujz602@sohu.com生命经纬www.biox.cn1关于BioEdit介绍BioEdit版本5.0.6版权©1997-2001汤姆霍尔当前版本制作于2001.12.2BioEdit是一个生物序列编辑器可在Windows95/98/NT/2000中运行它的基本功能是提供蛋白质核酸序列的编辑排列处理和分析1.0α版本是昀早的未完成的并有瑕疵的版本1.0α版本也一直未完成并有很多问题但是比较前一个还是增加了一点东西修正了一些问题在2.0版本中在增加和配置附加分析应用程序上增加了一个界面使其能通过BioEdit得到一个图形界面而且还增加了位置排列的信息基础动态描影版本3中增加了疏水亲水面互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法版本4为绘制和注解质粒载体增加了一个图形界面在4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储方法而且增加了一个二进制文件格式允许快速保存和打开大的排列序列容量增加到20,000在版本5中增加了自动注解序列或手动使用所有的标准Genbank功能部件定义而且在IsisPharmaceuticals公司的请求下增加了序列排序和分型组控制注解行以及残基和非残基字符的鉴别BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序但是打算成为一个序列分析的友好用户界面并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序它现在使用于大的排列2000序列文件界面昀初模仿于一个非常好的程序――DonGilbert编写的SeqAppandSeqPup印地安那州大学免费提供SeqApp(用于个人计算机)andSeqPup(用于交换平台)地址是ftp://iubio.bio.indiana.edu/molbio/seqpup/GeneDoc是一个特别的排列程序能够自由的在Windows9x和NT上使用也是一个非常专业的程序有很好的蛋白质排列注解和分析描影和结构定义功能部件就象一个反映排列的内在的进化树而这些在BioEdit中是没有的GeneDoc的网址是http://www.psc.edu/biomed/genedocGeneDoc有比BioEdit更好的描影和分类选项有助于手工排列序列还有更好的图形处理缠绕和伸展的排列视图选项动态共有序列和更平滑和更快速的排列卷曲和刷新BioEdit是用Borland'sC++Builder编写的C++程序我是北卡罗来纳州大学微生物系的研究生不是专业的程序员这是我学习C++语言的入门必然是个非专业的设计这不是我博士工作的一部分这个程序非常小而且很有效率BioEdit为序列排列输出和一些分析提供容易的工具BioEdit功能BioEdit的主要目的是为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使用方法的生物学家提供一个有用的工具BioEdit是直观的菜单式的并有大量的图示提供用户一个外部分析程序的图形界面主要功能是提供明显的容易使用的菜单选项5.0.6版本提供以下功能用于序列处理和编辑的简单的图形界面生命经纬www.biox.cn2使用编辑选项包括残基的selectanddrag选择和拖动和grabanddrag抓取和拖动变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗口的自动刷新固定序列框保护排列中的固定残基使用各种功能部件内含子外显子促进子CDS和所有标准GenBank功能部件类型自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同一排列中的其他序列序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组成员用户定义的适当功能部件能够设定考虑任何功能部件就像用于类似性描影序列同一性矩阵和保存图表视图的核酸或氨基酸序列中的相关碱基用户定义的基序搜索使用标准的Prosite命名法和IUPAC功能部件允许搜索核酸或氨基酸序列还有精确的文本搜索包括或忽略缺口程序行可以定义为DNARNA核酸蛋白质未定义或注解注解可以用于保存普通的注释或东西就象二级结构模糊定义但是不能保存计算根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列文件在一个排列末端添加另一个排列配置附件应用程序界面进入一个有BioEdit产生的图形界面的外部分析程序在外部应用程序中自动提供信息和找回文件外部应用程序进入分开的调度单位允许同步应用BioEdit外部程序的输出文件可以自动被其他程序打开在ABI自动序列模型3773733700中显示打印和编辑ABI痕迹文件在版本2和3中有SCF文件就象用Licor序列输出文件RNA比较分析工具包括共变可能配对和互交信息分析使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出2D矩阵图表关于互交信息矩阵行和框的互交式的1D图表用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列在排列中搜索保存的残基寻找好的PCR目标或帮助定义基序在核酸或蛋白质序列中搜索用户定义的基序或用通配符搜索精确的文本并选择包括或忽略缺口用支持昀多20,000序列每个文档进行循环存储器分配昀多可以成功测定四百六十万个碱基E.coli基因组核糖体数据库中的原核细胞16SRNA排列29Mb,6205个序列将会被单独处理在配置为Pentium233Mhz80MbRAM的计算机中用BioEdit计划文件格式昀多只需要10秒种可以写入一个16SRNA排列内部的读写GenBankFastaPhylip和NBRF/PIR文件用DonGilbert’sReadSeq导入输出一些其他格式的文件使用BioEdit计划文件格式快速读写大排列文件使用自动更新的排列蛋白质全标题和GenBank区域信息进行ClustalW多序列排列DesHigginset.al.编写的内部界面外部程序就象排列来自于核苷酸序列的蛋白质视图时的核苷酸编码序列将残基块状复制到剪贴板允许将全不排列或部分排列粘贴到文字处理器基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码RNAÆDNAÆRNA反转互补大写字母小写字母多文档界面昀多同时打开20个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表生命经纬www.biox.cn3用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解自动酶切位点和位置标记自动多接头视图和用户控制绘图工具将质粒文件保存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印氨基酸和核苷酸成分摘要和图表ReverttoSaved恢复保存和undo撤销功能编辑氨基酸和核酸序列简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置BioEdit能够读写GenBank,Fasta,NBRF/PIR,Phylip3.2和Phylip4格式能够读ClustalW和GCG格式.10个附加格式的导入输出过滤器使用DonGilbert的ReadSeq导入/添加一个文件到昀后的另一个文件上(不考虑文件格式)基本的多文本编辑器限制性内切酶图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状DNA选项游览限制性内切酶创造商自动连接到你喜欢的网页游览器如Netscape或InternetExplorer程序和程序组的概述BioEdit是用BorlandC++Builder3.0编写的(开始时是用C++Builder1.0)这是曾经是Borland公司的昀新C++产品它结合了BorlandC++5和Delphi的可视要素库VCL允许用户界面的可视开发使用快速申请开发RAD环境的好处在于它能够容易的创造出大量的图形界面它的缺点是编码不轻便BioEdit只能在Windows95,98,NTand2000中使用我原来计划可以使BioEdit在Win16使用但是自从Windows3.x过时了以后我就不再计划这样做了组织BioEdit当前支持同时编辑昀多50个文件主要的控制形式包括打开文件的菜单创建新文档调整球形选项如色彩表密码子表分析参数选择和一个窗口管理器昀初每个文档有它自己的整套处理菜单可以限制文档然而这被一个更传统的多文档界面所替代BioEdit没有使用额外的物理存储器除非编辑大的排列但是它看起来像占用了很多资源BioEdit每个文档昀多可以有20,000个序列但在序列大小上没有限制在80MbRAM的233MHz的个人计算机上可以很好的处理一个来自于核糖体数据库的完整的原核16SrRNA排列6205个序列每一个有3319个字符一旦用BioEdit格式保存这个文件可以在几秒钟打开用GenBank格式要几分钟才能打开程序文件(BioEdit.exe)可以在主安装目录中找到可能还有以下子目录apps附件程序网页和网页书签通常以下文件会出现在apps文件夹按名称排列accApp.ini(在首次安装时为accApp.def)Bblast.htmlBioEdit.htmlblast_adv.gifblast_form_0.gifblastall.exe(在没有BLAST的版本中不出现)生命经纬www.biox.cn4blastcl3.exe(在没有BLAST的版本中不出现)blast.txtbookmark.txtcap.doccap.execlear_inp.gifclustalw.execlustalw.txtcutter.htmlDnadist.docDnadist.exeDnamlk.docDnamlk.exeDos4gw.exe(PHYLIP程序需要)Expasy.giffastDNAml.docfastdnaml.exeFitch.docFitch.exeformatdb.exe(在没有BLAST的版本中不出现)IdPlot.exeisrecsmall.gifKitsch.docKitsch.exemod_ad.gifmod_submit.gifnnpredict.htmlNote.gifPFSCAN_form.htmlphi_blast.gifPHIBlast.htmlPhylip.mapProtdist.docProtdist.exeProtpars.docProtpars.exepsi_blast.gifPSIBlast.htmlReadseq.exeReadSeq.txtscnpsit1.htmlSiblogo.gifsmweb.gif生命经纬www.biox.cn5database(是局部的BLAST数据库安装的版本必须有BLAST工具).BioEdit(全版本)有以下文件在database文件夹Ecoli.phrEcoli.pinEcoli.psqEcoli_ORFs.txt(E.co