DB11T 1053.3-2013 实验用鱼 第3部分遗传质量控制

ICS65.020.30B44备案号:40368-2014DB11北京市地方标准DB11/T1053.3—2013实验用鱼第3部分：遗传质量控制LaboratoryfishPart3：Geneticqualitycontrol2013-12-20发布2014-04-01实施北京市质量技术监督局发布DB11/T1053.3—2013I目次前言.................................................................................II1范围...............................................................................12规范性引用文件.....................................................................13术语和定义.........................................................................14遗传分类及命名原则.................................................................25实验用鱼的繁殖方法.................................................................26近交系实验用鱼的遗传质量监测.......................................................37封闭群实验用鱼的遗传质量监测.......................................................5附录A（资料性附录）斑马鱼相关基因的命名原则........................................6附录B（资料性附录）斑马鱼微卫星遗传标记的检测方法..................................8附录C（资料性附录）斑马鱼SNP遗传标记的检测方法...................................12DB11/T1053.3—2013II前言DB11/T1053的本部分按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。DB11/T1053《实验用鱼》分为六个部分：——第1部分：微生物学等级及监测；——第2部分：寄生虫学等级及监测；——第3部分：遗传质量控制；——第4部分：病理学诊断规范；——第5部分：配合饲料技术要求；——第6部分：环境条件。本部分为DB11/T1053的第3部分。本部分由北京市科学技术委员会提出。本部分由北京市科学技术委员会归口。本部分由北京市科学技术委员会组织实施。本部分起草单位：国家人口计生委科学技术研究所、中国科学院水生生物研究所、中国药品生物制品检定所、北京大学。本部分主要起草人：崔宗斌、岳秉飞、孙德明、张博、孙荣泽。DB11/T1053.3—20131实验用鱼第3部分：遗传质量控制1范围DB11/T1053的本部分规定了实验用鱼（斑马鱼和剑尾鱼）的遗传分类及命名原则、实验用鱼的繁殖方法、近交系和封闭群的遗传质量监测。本部分适用于实验用鱼（斑马鱼和剑尾鱼）的遗传质量控制。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB14923—2010实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制3术语和定义GB14923界定的，以及下列术语和定义适用本文件。3.1实验用鱼laboratoryfish指经人工饲养、繁育，对其携带的微生物及寄生虫实行控制，遗传背景明确或者来源清楚的用于科学研究、教学、生产、检定以及其他科学实验的鱼类。3.2近交系inbredstrain在一个鱼群内，任何个体基因组中98.6%以上的等位位点为纯合时定义为近交系。经过20代以上的全同胞兄妹交配培育而成，品系内所有个体都可以追溯到一对共同的祖先，其近交系数（inbreedingcoefficient）应大于99%。3.3封闭群(远交系)closedcolony(outbredstock)以非近亲交配方式进行繁殖的实验用鱼群体，在不从外部引入新的基因的条件下，经过4代以上的繁殖，该群体称为封闭群，亦称远交系。3.4杂交群hybrids由两个不同近交系杂交产生的后代群体。子一代简称F1。DB11/T1053.3—201323.5同源突变近交系coisogenicinbredstrain两个近交系，除了在一个指明位点等位基因不同外，其他遗传基因全部相同，简称同源突变系。一般由近交系发生基因突变或人工诱变（如基因剔除）形成的。4遗传分类及命名原则4.1遗传分类根据实验用鱼群体内个体间遗传差异的不同，将其区分为近交系、封闭群和杂交群。4.2命名原则4.2.1近交系近交系一般以大写英文字母命名，亦可以用大写英文字母加阿拉伯数字命名，符号应尽量简短。如AB系、TU系、WIK11系等。近交代数用大写英文字母F表示。例如当一个近交系的近交代数为87代时，写成F87。如果对以前的代数不清楚，仅知道近期的近交代数为25，可以表示为F?+25。4.2.2封闭群(远交系)封闭群由2~4个大写英文字母命名，种群名称前标明保持者的英文缩写名称，第一个字母须大写，后面的字母小写，一般不超过4个字母。保持者与种群名称之间用冒号分开。4.2.3杂交群杂交群应按以下方式命名：以雌性亲代名称在前，雄性亲代名称居后，二者之间以大写英文字母“X”相连表示杂交。将以上部分用括号括起，再在其后标明杂交的代数（如F1、F2/等）。例如：（ABXWIK）F1，表示AB系和WIK系杂交的子一代。4.2.4斑马鱼相关基因的命名有关斑马鱼相关基因的命名原则，参见附录A。5实验用鱼的繁殖方法5.1近交系的繁殖方法5.1.1原则选择近交系实验用鱼繁殖方法的原则是保持近交系的同基因性及其基因纯合性。5.1.2引种作为繁殖用原种的近交系实验用鱼必须遗传背景明确，来源清楚，有较完整的资料（包括品系名称、近交代数、遗传基因特点及主要生物学特征等）。引种的实验用鱼应来自近交系的基础群，数量不少于10对。5.1.3近交系的繁殖DB11/T1053.3—20133近交系的繁殖可分为基础群、血缘扩大群和生产群。当近交系实验用鱼生产供应数量不是很大时，可不设血缘扩大群，仅设置基础群和生产群。具体要求同GB14923—2010的4.1.4～4.1.6。生产群随机交配应不超过4代。5.2封闭群的繁殖方法5.2.1原则选择封闭群实验用鱼繁殖方法的原则是尽量保持封闭群实验用鱼的基因异质性及多态性，避免近交系数随繁殖代数增加而过快上升。5.2.2引种作为繁殖用原种的封闭群实验用鱼必须遗传背景明确，来源清楚，有较完整的资料（包括种群名称、来源、遗传基因特点及主要生物学特性等）。为保持封闭群的遗传异质性及基因多态性，引种实验用鱼的数量要足够多，封闭群实验用鱼引种数目一般不应少于50对。5.2.3封闭群的繁殖为保持封闭群实验用鱼的遗传基因的稳定，封闭群应大于100对，采取群体循环或随机交配法进行繁殖，具体方法可按照GB14923—2010的附录B。5.3杂交群的繁殖方法将适龄的雌性亲代品系与另一个品系的雄性亲代杂交，即可得到F1实验用鱼。雌雄亲本交配顺序不同，得到的F1也不一样。6近交系实验用鱼的遗传质量监测6.1遗传质量要求近交系鱼应符合以下要求：a)具有明确的品系背景资料，包括品系名称、近交代数、遗传组成、主要生物学特性等，并能充分表明新培育的或引种的近交系鱼符合近交系的定义。b)用于近交系保种及生产的繁殖系谱及记录卡应清楚、完整、繁殖方法科学。c)遗传检测(生化标记、微卫星分子标记、SNP分子标记等)质量合格。6.2遗传检测及方法6.2.1微卫星分子标记检测6.2.1.1抽样对基础群，凡在子代留有种鱼的双亲都应进行检测。对生产群，按表1要求从每个近交系中随机抽取成鱼，雌雄各半。DB11/T1053.3—20134表1抽检数量生产群中种鱼数量抽样数目100尾以下6尾100尾以上5%，最大取样量为30尾6.2.1.2微卫星分子标记的选择选择分列于近交系斑马鱼25对染色体、剑尾鱼24对不同染色体上的5个以上位点，作为遗传检测的微卫星分子标记。检测方法见附录B。6.2.1.3结果判断按表2要求执行。表2结果判断检测结果判断处理与标准遗传概貌完全一致未发现遗传变异，遗传质量合格有一个位点的分子或生化标记与标准遗传概貌不一致可疑增加检测位点数目和增加检测方法后重检，确实只有一个标记基因改变可命名为同源突变系两个或两个以上位点的标记基因与标准遗传概貌不一致不合格淘汰，重新引种6.2.2SNP分子标记检测6.2.2.1抽样按表1要求执行。6.2.2.2SNP分子标记的选择选择位于近交系斑马鱼25对染色体、剑尾鱼24对染色体上的10个以上位点，作为遗传检测的SNP标记。检测方法见附录C。6.2.2.3结果判断按表2要求执行。6.2.3生化标记检测法6.2.3.1抽样按表1要求执行。6.2.3.2生化标记的选择DB11/T1053.3—20135选择位于近交系斑马鱼25对染色体、剑尾鱼24对染色体上的5个以上位点，作为遗传检测的生化标记。6.2.3.3结果判断按表2要求执行。6.3检测频率每年至少对近交系鱼的生产群进行一次遗传质量检测。7封闭群实验用鱼的遗传质量监测7.1遗传质量要求封闭群实验用鱼应符合以下要求：a)具有明确的遗传背景资料，来源清楚，有完整的资料（包括种群名称、来源、遗传基因特点及主要生物学特性等）；b)用于保种及生产的繁殖系谱及记录卡应清楚完整；c)封闭繁殖，保持鱼的基因异质性及多态性，避免近交系数随繁殖代数增加而过快上升；d)经遗传检测(微卫星分子标记、SNP分子标记、生化标记等)证明基因频率稳定，为相同群体。7.2遗传检测及方法7.2.1抽样随机抽取雌雄各25尾以上进行基因型检测。7.2.2微卫星分子标记检测按照6.2.1.2方案进行。7.2.3SNP分子标记检测按照6.2.2.2方案进行。7.2.4生化标记检测按照6.2.3.2方案进行。7.2.5群体评价群体内遗传变异采用平均有效杂合度指标或群体平衡状态进行度量。所用分子标记或生化标记应能反映群体基因多态性。当平均有效杂合度在0.5～0.7时，群体为合格的封闭群实验用鱼群体。或用群体是否达到平衡状态来判定，如果没有达到平衡状态，说明群体的基因频率或基因型频率发生变化，该封闭群群体判为不合格。7.3检测频率封闭群实验用鱼每年进行一次遗传质量检测。ADB11/T1053.3—20136附录A（资料性附录）斑马鱼相关基因的命名原则A.1斑马鱼基因的命名原则A.1.1斑马鱼基因的全名一般用小写斜体英文字母表示，其对应的基因符号至少包含三个字母，所命名的字母组合不能与斑马鱼的已有基因突变体或基因名重复，基因名前不加“Z”和“Zf”，字母中间一般不加标点符号。A.1.2新基因的命名应该到国际斑马鱼信息网（）网站上注册登记。A.1.3斑马鱼的基因为哺乳动物的同源基因（orthologue）时，一般采用哺乳动物中所用的命名，并用小写斜体字母表示。A.1.4基因家族的不同成员按照发现时间的先后顺序用数字加以区别。例如，基因名：engrailed1a、engrailed2b，对应的基因符号：eng1a、eng2b。按照哺乳动物同源基因的命名原则，对于少数已经发表的斑马鱼基因，旧名可以附在新名后的括弧内，如shha(syu)，bmp2b(swr)。A.1.5斑马鱼中存在的重复基因（duplicatedgenes），在人或小鼠的同源基因名称后添加“a”或“b”字母标示，如hoxa13a、hoxa13b。如果用“a”或“b”