PubMed中国医科大学医学信息学院2019年8月PubMed()是由美国国立医学图书馆(NationalLibraryofMedicine,NLM)的国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)开发的医学文献检索系统,可通过互联网免费检索。概况1997-1983-1971-1879-PubMed网络数据库Medline光盘数据库Medline联机检索系统IndexMedicus(IM)检索期刊概况•收录世界上80多个国家和地区3万多种生物医学期刊(其中Medline收录5600多种)及部分在线图书的摘要信息3000多万条,绝大部分期刊文献可回溯至1946年,最早的可回溯至19世纪初(1809年)。•数据每日更新,检索功能强大,是当今国际上生物医学研究不可或缺的文献资源。概况PUBMED收录的文献来源包括4类:1.MEDLINE2.In-ProcessCitations3.Publisher-SuppliedCitations4.其他概况1.MEDLINE是PubMed主体部分,占总文献量90%。每条文献都进行了深加工,标引了MeSHTerms、PublicationTypes、GeneBankAccessionNumbers等。这些记录标注为:[indexedforMEDLINE]。概况2.In-processCitations临时库,保存尚未完成主题词标引等加工处理的最新文献。其中的数据经标引后加入到Medline数据库中。概况3.Publisher-SuppliedCitations记录由出版商以电子版形式直接传送到PubMed,标识为:[PubMed-assuppliedbypublisher]大部分出版商提供的文献处于正在加工状态,经标引后加入到MEDLINE中。而少部分不进行标引(如综合性期刊中的非生物医学文献)。出版商在印刷版期刊出版之前向PUBMED传送的电子版内容也显示[Epubaheadofprint]标识。概况4.其他包含部分NIH资助的研究人员提交的authormanuscript、NCBI在线图书检索系统Bookshelf电子书、研究报告、PubMedCentral收录的期刊文献等信息。概况PubMed整合在NCBI的统一检索平台上:多个数据库,包括Literature、DNA&RNA、Genes&Expression、Genomes&Maps、Proteins、Chemicals、Data&Software等类,免费跨库检索。概况个性化功能--MyNCBIMyNCBI:提供个性化服务,非常实用的文献管理工具PubMed主页的右上方有登录MyNCBI按钮注册MyNCBI并登录后,可以对NCBI网站的服务进行个性化设置,可实现如下操作:保存检索策略建立内容更新的e-mail提醒(需确认)保存检索结果选择过滤器对检索结果进行分组个性化页面定制:如检索词高亮、结果中显示网站链接等Mybibliography;Collections;RecentActivity个性化功能--MyNCBIPubMed中MyNCBI主页面PubMed检索基本检索在检索框中输入一个或多个检索词,单击“Search”执行检索。在多个检索词间可使用布尔逻辑运算符“AND”、“OR”、“NOT”,需注意的是,逻辑运算符须用大写字母,逻辑运算符的优先顺序为从左向右的顺序,可通过加括号提高运算的优先级。检索词可以是主题、作者名或期刊名等。智能检索:自动词语匹配对于输入检索框中未加标识的检索词,PubMed依次在下列词表中查找匹配的内容:1.MeSHtranslationtable2.Journalstranslationtable3.FullAuthortranslationtable4.Authorindex5.FullInvestigator(Collaborator)translationtable6.Investigator(Collaborator)index如果在6个词表的任何一个中找到匹配的内容,则匹配结束。例如:如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词,则使用该主题词进行检索并结束匹配,不会在其他词表中进行匹配。无论输入的单个词在6个词表中是否找到匹配的内容,其将被在allfields中进行检索;如果输入的是词组,该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。自动词语匹配是智能化检索过程,能保证较好的查全率。智能检索:自动词语匹配输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过Advancedsearch页面中的details选项查看或在检索结果页面右侧的Searchdetails栏中查看。如:heartattack智能检索:自动词语匹配myocardialinfarction[MeSHTerms]OR(myocardial[AllFields]ANDinfarction[AllFields])ORmyocardialinfarction[AllFields]OR(heart[AllFields]ANDattack[AllFields])ORheartattack[AllFields]智能检索:自动词语匹配智能检索:自动词语匹配词组检索对于输入PubMed的多词词组,PubMed会查询词组索引,如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组,则将其拆分成单个词,分别进行检索并以逻辑和(AND)进行组配,如:singlecell相当于检索singleANDcell。可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索:1.加双引号,如:“singlecell”2.加标段标识[tw]:singlecell[tw]3.使用短横线“-”将两词连接起来:single-cell4.使用截词符*:singlecell*(SingleCell)截词检索截词检索:可通过在词干后加“*”检索以该词干开头的所有词的文献。注意:截词检索将关闭PubMed的自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功能。如:输入heartattack*,不会启动自动匹配功能检索与之匹配的Mesh主题词“MyocardialInfarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。截词功能最多可使用600个词形变化。超过600个会显示如下图的提示信息。停词(Stopwords)PubMed在检索时忽略一些常用的英语词汇,即停词限定字段检索两种方式:1.通过“AdvancedSearch”页面的“Builder”选择字段并构建检索式,详见“AdvancedSearch”。2.检索式:检索词[字段标识]例:SmithJ[au]Chi[la]hypertension[mh]2000:2011[dp]2011/01/01:2011/01/31[edat]注:时间格式:YYYY/MM/DD检索字段及标识符AD(Affiliation):第一著者单位和地址ALL(AllFields):全部字段AU(Author):作者姓名DP(PublicationDate):出版时间EDAT(EntrezDate):录入时间1AU(FirstAuthorName):第一作者姓名FAU(FullAuthorName):作者姓名全称(2002年以后)LASTAU(LastAuthor)最后一名作者(通讯作者)IP(Issue):期号、部分号、增刊号IS(ISSN):国际标准刊号LA(Language):原文语种限定字段检索检索字段及标识符MH(MeshTerms):主题词MAJR(MeshMajorTopic):主要主题词NM(SupplementaryConcept):补充概念PG(Pagination):页码(起页)PT(PublicationType):出版类型SB(Subset):文献子集SH(MeshSubheadings):副主题词TA(Journal):刊名缩写、全称或刊号TI(Title):文章题名TIAB(Title/Abstract):题名摘要TW(TextWords):文本词,TI\AB\MH\SH\PT\NM等VI(Volume):卷号限定字段检索作者检索作者检索有自动截词功能(不使用截词符号的截词),可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识[au]关闭该功能,如:SmithJ[au]作者检索两种方式:1.输入作者姓名全称或姓全称加名首字缩写的格式,PubMed通过自动词语匹配自动在作者字段进行检索。2.通过AdvancedSearch页面中的“SearchBuilder”下拉列表选择作者相关字段,在字段后的检索框中输入作者姓名,姓名的输入具有自动完成属性。如果只输入作者的姓,则PubMed会在所有字段中对其进行检索,如只想将其作为作者检索,需加作者字段标识[au]。2002年以后的论文,如果提供作者全名,可使用作者全名进行检索。作者姓名可正序或倒序,如:juilaswong或wongjulias。为了区分姓名全称与首字缩写,需加标全名字段标识[fau],如:petersondo[fau]作者检索期刊检索三种方式:1.直接在检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN,PubMed通过自动匹配自动在刊名字段进行检索。2.通过AdvancedSearch页面中的“Builder”下拉列表选择“Journal”字段,在字段后的检索框中输入刊名全称、Medline缩写及ISSN3.使用PubMed资源的“JournalsDatabase”查询特定期刊上的文章。输入刊名关键词“physiology”期刊的详细信息如果刊名是Mesh词(如:GeneTherapy、Science、Cell),或刊名是单个单词(Scanning),如只想将其作为刊名检索,需加刊名字段标识[ta]。推荐使用刊名全称或缩写查找,因为有些过早的文献没有ISSN。期刊检索高级检索PUBMED的AdvancedSearch页面整合了多种对检索有用的辅助功能,可实现如下操作:•Searchingbyaspecificfield(Builder)•Browsingtheindexofterms•Combiningsearchesusinghistory•Previewingthenumberofsearchresults•EdittheSearching1.限定字段检索(Builder)高级检索页面的“PubMedAdvancedSearchBuilder”可以进行特定字段的限定检索。可方便实现多个字段的组合检索,完成复杂的布尔逻辑运算。首先在下拉列表中选择要检索的字段,然后在检索框中输入检索词,再选择“AND”、“OR”、“NOT”三种逻辑关系之一,即可将输入的检索词在所选字段中检索的策略以相应的逻辑关系加入到检索框中。高级检索检索Watson发表在《nature》上的论文2.浏览词索引(Showindexlist)通过“Builder”检索框后面的“Showindexlist”选项可查询在所有字段或某一特定字段中的索引,可以从索引中选择一个或几个词来完善检索策略。高级检索3.检索历史(History)检索史按检索式运行的顺序列出各检索式,包括检索式序号、检索策略、检索时间、检索到的文献条数。检索史最多保存100条检索式,检索史将在离开PubMed或其他Entrez数据库8小时后消失。单击检索式后的文献数链接可显示该检索式的检索结果。可通过检索策式的序号对检索策略进行组配,如:#2AND#6,#3AND(drugtherapyORdiettherapy)单击检索史窗口下方的ClearHistory按钮可将所有检索式删除。高级检索3.检索历史(History)点击检索式序号将弹出一选项菜单,提供的选项包括布尔逻辑操作符AND,OR,NOT,点击