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依照有根和无根来区别：树可分为有根树和无根树两类。有根树是具备方向树，MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面十个种18sRNA为例，构建系统发育树来阐明MEGA软件用法。1背景简介1.1MEGA（分子进化遗传分析）MEGA全称是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis。MEGAisanintegratedtoolforautomaticandmanualsequencealignment，inferringphylogenetictrees，miningweb-baseddatabases，estimatingratesofmolecularevolution，andtestingevolutionaryhypotheses.MEGA可用于序列比对、进化树推断、预计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA还可以通过网络（NCBI）进行序列比对和数据搜索。最新版本：MEGA5.1Beta(软件开发者建议其成果不用于刊登文章)建议下载版本：MEGA5.05forWindowsandMacOS。MEGA5hasbeentestedonthefollowingMicrosoftWindows®operatingsystems：Windows95/98，NT，，XP，Vista，version7，LinuxandMacOS[1.]MEGA5.05可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。1.2系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetictree）又称为演化树（evolutionarytree），是表白被以为具备共同祖先各物种间演化关系树。是一种亲缘分支分类办法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支近来共同祖先，而节点间线段长度相应演化距离（如预计演化时间）1.3系统发育树分类依照系统发生树可推断出物种来源包括唯一节点，将其作为树中所有物种近来共同要构建一种进化树（phyligenetictree）。构建进化树算法主要分为两类：独立元素法（discretecharactermethods）和距离依托法（distancemethods）。所谓独立元素法是指进化树拓扑形状是由序列上每个状态决定，而距离依托法是指进化树拓扑形状由两两序列进化距离决定。进化树枝条长度代表着进化距离。独立元素法涉及最大简约性法（MaximumParsimonymethods）和最大也许性法（Maximum祖先。最惯用拟定树根办法是使用一种或各种无可争议同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够信息，但又不能太近以至于和树中种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其她信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能拟定其树根。无根树是没有方向，其中线段两个演化方向均有也许。基于单个同源基因差别构建系统发生数应称之为基因树。由于这种树代表仅仅是单个基因进化历史。而不是它所在物种进化历史。物种树普通最佳是从各种基因数据分析中得到。例如一项关于植物进化研究中，用了100个不同基因来构建物种树，由于进化是发生在生物体种群水平上，而不是发生在个体水平上，虽然表面上不需要更多数据，但事实上还是有必要。基因树和物种树之间差别是很重要，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其她人分到一起。1.4构建办法Likelihoodmethods）；距离依托法涉及除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。2蛋白质序列分析用法2.1打开网址，将菌名输入到protein背面框内，点Search键，选取一种搜索成果点击进入2.2将搜索出来成果选取sendto下拉箭头内选项，AnalysisTool和BLAST,选取好后点击Submit进行搜索2.3进入BLAST页面，点击页面最下面BLAST按钮，进行blast,如图所示：2.4从成果中选取10个蛋白质序列，进行复制，粘贴到TXT文档内，然后将TXT文档后缀名改为FASTA2.5将保存好，以Fasta做后缀序列打开，如下图2.6点击菜单栏内Alignment选项，选取AlignbyClustalW选项。2.7弹出如下图对话框,选取OK键，对数据进行解决通过一段时间数据解决，数据解决完毕如下图所示：2.8选取菜单栏中Data选项中SaveSession选项进行保存。再选取ExportAlignment中MEGAFormat和FASTAformat进行保存。2.9选取菜单栏中Analysis选项中Phylogeny中Construct/TestMaximumLikelihoodTree选项进行数据解决。将数据按下表填写，点击Compute键数据将按下表方式解决:最大进化树如下所示：2.10点击菜单栏下一行Distance选项，选取下拉菜单中第一种选项，进行数据解决浮现如下对话框，按下图所示，点击Compute键即可得出最后成果：3核酸序列分析用法打开网址，别的办法同上，如下列图片所示，不再详述。