环境科学高级建模方法(第5节)-Chemoffice使用

1/21环境科学高级建模方法(计算机在环境化学中的应用)教师：王遵尧[e-mail]@nju.edu.cn南大科学楼603室第5节Chemoffice使用2/2122D-QSAR方法活性数据分子结构、热力学参数实验方法量子化学计算建立模型预测相关活性SPSS12.0forWindows交叉验证,F检验,VIF评价3/213五、ChemOffice程序的使用1、内容简介2、ChemDraw的使用3、Chem-3D的使用4、在ChemDraw中画出分子的结构5、在WORD文档中画出分子的结构6、第四次作业4/214五、ChemOffice程序的使用1、内容简介：在信息技术日益发展的今天，化学化工软件已成为相关专业工作者日常工作中不可或缺的基本工具。它不仅可以解决化学计算中的复杂问题，而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构，并可以将微观结构的光谱形态等形象直观地展示出来，因此熟悉常用化学化工软件并掌握其使用方法便成为相关专业工作者必备的技能之一。ChemOfficeUltra是美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件，是目前世界上最优秀的桌面化学软件之一。它集强大的应用功能于一身，提供了优秀的化学辅助系统，可使化学工作者的日常工作更加便捷。经过多年的发展，ChemOffice系列软件已经成为国内、外化学化工领域的常用软件。迄今为止，该软件已经发布了11个版本，目前最新版本为CambridgeSoftChemOfficeUltra2008（简称ChemOffice2008）。5/215五、ChemOffice程序的使用1、内容简介：ChemOffice主要包括三个模块:ChemDraw（化学结构绘图）Chem3D（分子模拟分析绘图）ChemFinder（化学信息搜寻整合系统）此外还加入了E-Notebook、BioAssayPro、量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面，ChemSAR、ServerExcel、ClogP、BioViz、CombiChem/Excel等一系列完整的软件。6/216五、ChemOffice程序的使用1、内容简介：ChemDraw是世界上最受欢迎的纯粹化学结构绘图软件，是各论文期刊指定的格式；Chem3D模块是提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道的特性分析，并能和数种量子化学软件结合在一起的软件；ChemFinder模块是进行化学信息搜寻整合系统的软件，它既可以建立、储存及搜索化学数据库，也可以与ChemDraw、Chem3D联合使用，还可以使用现成的化学数据库。7/217五、ChemOffice程序的使用2、ChemDraw的使用：公具栏的使用网格的显示选定，旋转，质量分裂化学键：单，双，叁…等等箭头，轨道，括号，电荷常用特殊结构8/218ChemDraw的使用9/219ChemDraw的工具工具栏10/2110ChemDraw的工具11/2111ChemDraw的工具12/2112ChemDraw的工具13/2113ChemDraw的工具14/2114ChemDraw的工具15/2115ChemDraw的使用元素周期表16/2116ChemDraw的使用17/2117ChemDraw的使用文档设置18/2118ChemDraw的使用页面规划页眉页脚绘图标题原子标记颜色19/2119ChemDraw的使用国外化学期刊默认文档格式20/2120五、ChemOffice程序的使用2、ChemDraw的使用：画出α-萘磺酸的分子结构图。画出乙酸乙酯的分子结构图。21/2121五、ChemOffice程序的使用2、ChemDraw的使用：画出α-萘磺酸的分子结构图。画出乙酸乙酯的分子结构图。查找资料，画出维生素D的结构式。SOOOHH3CCH2CCH322/2122五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：原子的更改半经验方法等设置输出文件位置的指定根据计算结果画分子结构图23/2123五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：原子更改:双击原子,出现长条框,输入需要的元素符号后,回车。24/2124五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：显示元素符号25/2125五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：显示棒球形状26/2126五、ChemOffice程序的使用27/2127五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：半经验方法等设置:计算类型,理论,参数,输出文件的位置。28/2128五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：输出文件的格式：标准生成热，键长，键角，二面角，原子电荷。文件名.log29/2129五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：文件名.logGEOMETRYOPTIMISEDUSINGEIGENVECTORFOLLOWING(EF).SCFFIELDWASACHIEVEDHEATOFFORMATION=-24.909748KCAL=-104.22238KJELECTRONICENERGY=-397.685089EVCORE-COREREPULSION=-97.320236EVDIPOLE=0.00653DEBYESYMMETRY:C2vNO.OFFILLEDLEVELS=10IONIZATIONPOTENTIAL=11.385862EVHOMOLUMOENERGIES(EV)=-11.3863.858MOLECULARWEIGHT=44.096SCFCALCULATIONS=21COMPUTATIONTIME=3.47SECONDSFINALGEOMETRYOBTAINEDEFGNORM=0.100MMOKGEO-OKAM1MULLIKEPS=ESPEPS=78.501GRAPHESRHYPERFINE+POLARC0.00000000.00000000.0000000-0.2335C1.50727610.00000000.00000001-0.1741C1.5072061111.75552110.000000021-0.2332H1.1172211110.647659159.80308011230.0784H1.1172611110.6578921-60.11018411230.0785H1.1170031110.4301251179.84630511230.0799H1.1227301109.4637571-178.70516012140.0836H1.1227011109.4848641-61.68737412140.0837H1.1170231110.4436551179.15468313210.0798H1.1172901110.634962159.08385813210.0789H1.1172341110.6279811-60.80826413210.078030/2130五、ChemOffice程序的使用3、Chem-3D的使用：请同学根据log文件，画出分子在空间的结构。注意：1、二面角0°和180°的定义。2、二面角正负的定义。文件名.log31/2131五、ChemOffice程序的使用4、在ChemDraw中画出分子的结构：32/2132五、ChemOffice程序的使用4、在ChemDraw中画出分子的结构：OOOHOHOOO-OHOOO-O-OOOO-H(1)(2)(3)pKa1(1)=4.775pKa1(2)=10.708pKa2(1)=21.074pKa2(2)=15.141TypeITypeII33/2133五、ChemOffice程序的使用4、在ChemDraw中画出分子的结构：更改化学键和圆的粗细：右键，选“ObjectSettingsfor文件名”34/2134五、ChemOffice程序的使用4、在ChemDraw中画出分子的结构：更改化学键和圆的粗细：右键，选“ObjectSettingsfor文件名”，“LineWidth”加上键角等35/2135五、ChemOffice程序的使用5、在WORD文档中画出分子的结构：点击”插入”-“对象”36/2136五、ChemOffice程序的使用5、在WORD文档中画出分子的结构：选择“MicrosoftWord图片”37/2137五、ChemOffice程序的使用5、在WORD文档中画出分子的结构：38/2138五、ChemOffice程序的使用5、在WORD文档中画出分子的结构：注意：原子、化学键、键长、键角、叠放次序39/21396、第四次作业第四次设模作业1、熟悉ChemDraw的下拉菜单。2、画出α-萘磺酸的分子结构图。3、画出乙酸乙酯的分子结构图。4、查找资料，采用ChemDraw画出维生素D的结构式。5、使用Chem3D中的AM1方法，计算一个有机分子，将输出文献发给教师。40/2140五、ChemOffice程序的使用41/21