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第6节Gaussian计算法讲义内容提要绘制构型高斯计算数据查找Cp计算建模数据查找以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如图5。防止优化过程中，因初始构型不正确，变化成为其它结构。一.查错数据查找A.用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看图6所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。因为优化稳定构型时，不应该出现负频。二.查找数据数据查找B.查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格相应位置，见图8。二.查找数据数据查找往下拖动页面，应次得到：Ehomo:位于Alphaocc行最后一个数据，见图9。Elumo：位于Alphavirt行第一个数据，见图10.在Mullikenatomiccharges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见图11u:Dipolemoment行，选tot值，如图12α:Exactpolarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13二.查找数据数据查找C.查找关键词zero,如图14所示，即为ZPE值。如图15，SumofelectronicandthermalEnthalpies后为H值，SumofelectronicandthermalFreeEnergies后为G值。如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。二.查找数据数据查找D.查找关键词Mol,区分大小写，如图17所示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V.二.查找数据Cp计算将高斯计算得到的输出文件(如12.out)optfreq至freq之间的内容删除后保存即可。一.输入文件制作Cp计算把CP计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序—附件—命令提示符，输入DOS指令CD来更改目录至CP计算程序Thermo3.exe所在目录下，输入：thermo312.out,确认后出现“scalefactorforfrequency=?”,输入0.95，确认后得到CP计算输出文件THERMO.OUT，更改文件名为12THERMO.OUT即可。二.CP计算建模用SPSS12.0forwindows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如图18所示界面。在工具栏中选择Analyze—Regression—linear,如图19，选择相应的自变量和因变量，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如图20和图21。2D-QSAR方法活性数据分子结构、热力学参数实验方法Gaussian03W,DFT方法建立模型预测相关活性SPSS12.0forWindows交叉验证,F检验,VIF评价2D-QSAR基本原理课程作业内容及要求：1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关性质。化合物的个数尽量在15-20个以上，但不能少于10个。2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方法采用B3LYP。3、首先用Chemdraw程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述文件格式为*.cdx。采用Chem3D程序打开*.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，保存上述文件格式为*.gjc，用记事本方式打开文件*.gjc,得到化合物的空间坐标，加上Link0部分、限定多核计算、计算执行路径部分。4、采用Gaussian03程序分别优化计算系列化合物各分子，查找分子的结构、热力学参数数据。5、采用SPSS程序建模，并对模型进行验证。6、再采用上述计算方法，计算与本系列结构相近的、但没有实验数据的5个分子的结构，采用步骤5中得到的模型预测这5个分子的性质。课程作业时间及格式要求：1、12月1日布置。2、12月8日检查查找的系列化合物和性质。3、12月15日计算中遇到的问题答疑。4、12月29日-元月5日提交作业。5、作业的文件名：姓名-学号-建模课程作业6、作业的内容，参照科技论文的写作格式：前言（研究的性质的意义），化合物名称，计算方法，参数，建模及验证，预测，结论，参考文献。7、非环化和环生专业的同学，只要计算一个与本专业相关的、C原子数目大于10的分子，发送OUT文档。谢谢！